More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CJJ81176_0028 on replicon NC_008787
Organism: Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008787  CJJ81176_0028  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
355 aa  704    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.207832  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0002  DNA polymerase III subunit beta  98.59 
 
 
355 aa  697    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0002  DNA polymerase III subunit beta  97.46 
 
 
355 aa  692    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0002  DNA polymerase III subunit beta  74.08 
 
 
355 aa  540  9.999999999999999e-153  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2055  DNA polymerase III subunit beta  54.96 
 
 
355 aa  404  1e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1851  DNA polymerase III subunit beta  53.54 
 
 
355 aa  386  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0004  DNA polymerase III, beta subunit  48.17 
 
 
355 aa  355  6.999999999999999e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000263126  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0003  DNA polymerase III subunit beta  48.45 
 
 
356 aa  333  2e-90  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0675072  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0002  DNA polymerase III subunit beta  50.85 
 
 
356 aa  330  3e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.54 
 
 
355 aa  314  9.999999999999999e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  27.64 
 
 
362 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.61 
 
 
375 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.01 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.34 
 
 
375 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.27 
 
 
372 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.08 
 
 
376 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.94 
 
 
373 aa  127  3e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.34 
 
 
375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.13 
 
 
373 aa  125  9e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  25.67 
 
 
375 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.54 
 
 
372 aa  123  4e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  23.85 
 
 
367 aa  122  7e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.19 
 
 
372 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
372 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  25.33 
 
 
372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 
372 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.08 
 
 
367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.7 
 
 
375 aa  119  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.08 
 
 
367 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.66 
 
 
369 aa  119  7.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 
372 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.08 
 
 
367 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.25 
 
 
366 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000008266  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.27 
 
 
367 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.66 
 
 
372 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.06 
 
 
372 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  23.04 
 
 
367 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.43 
 
 
367 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  22.99 
 
 
366 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.04 
 
 
367 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.92 
 
 
367 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.8 
 
 
372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  24.32 
 
 
375 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  20.95 
 
 
390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  22.76 
 
 
367 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.45 
 
 
365 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.53 
 
 
367 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.37 
 
 
367 aa  112  7.000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  26.27 
 
 
386 aa  112  8.000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.62 
 
 
365 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.08 
 
 
366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
372 aa  112  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.2 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.73 
 
 
397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.284448  normal  0.0167825 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.59 
 
 
372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  25.07 
 
 
371 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  22.97 
 
 
367 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.98 
 
 
366 aa  110  3e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  26.93 
 
 
386 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.79 
 
 
372 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  23.1 
 
 
374 aa  110  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  0.00000116577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  23.14 
 
 
373 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
372 aa  110  3e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  24.4 
 
 
374 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  22.79 
 
 
372 aa  110  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  23.39 
 
 
372 aa  109  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  22.79 
 
 
372 aa  109  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.82 
 
 
370 aa  109  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  20.97 
 
 
382 aa  109  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  21.93 
 
 
367 aa  109  9.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 
367 aa  109  9.000000000000001e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000146926  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.78 
 
 
366 aa  108  1e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.71 
 
 
366 aa  108  1e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.31 
 
 
368 aa  108  1e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.68 
 
 
369 aa  108  1e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.7 
 
 
367 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  21.8 
 
 
371 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.89 
 
 
366 aa  108  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000158001  unclonable  0.00000341195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  22.34 
 
 
371 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.57 
 
 
366 aa  107  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.06 
 
 
366 aa  107  3e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.27 
 
 
365 aa  107  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 
366 aa  107  4e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  23.32 
 
 
366 aa  106  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1009  DNA polymerase III, beta subunit  24.32 
 
 
369 aa  105  8e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.32 
 
 
366 aa  106  8e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.57 
 
 
387 aa  105  9e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.93 
 
 
373 aa  105  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  23.73 
 
 
371 aa  105  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
366 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.25 
 
 
373 aa  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
366 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  24.79 
 
 
385 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.93 
 
 
368 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  19.88 
 
 
366 aa  105  1e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.43 
 
 
371 aa  105  1e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25 
 
 
366 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.79 
 
 
385 aa  105  1e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>