More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3219 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3219  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 		 242 aa  503  9.999999999999999e-143  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4712  pseudouridine synthase  54.09 
 
 		 229 aa  252  3e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  53.85 
 
 		 243 aa  250  2e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1533  pseudouridine synthase  55.45 
 
 		 215 aa  248  5e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0707  pseudouridine synthase  52.56 
 
 		 228 aa  240  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265923  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10688  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.97 
 
 		 232 aa  235  4e-61  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.359462  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  53.5 
 
 		 248 aa  228  8e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2721  pseudouridine synthase  43.32 
 
 		 246 aa  188  7e-47  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0403839  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1153  pseudouridine synthase  38.84 
 
 		 255 aa  166  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00899348  normal  0.812865 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0405  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 258 aa  166  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0278  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.6 
 
 		 231 aa  162  3e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2431  pseudouridine synthase  35.62 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0461  pseudouridine synthase  37.67 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2609  pseudouridine synthase  36.48 
 
 		 237 aa  153  2e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000148831  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  38.18 
 
 		 226 aa  152  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0631  pseudouridine synthase  35.47 
 
 		 269 aa  145  8.000000000000001e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.299089  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1191  pseudouridine synthase  36.97 
 
 		 242 aa  143  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.8752  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3766  ribosomal pseudouridine synthase C, large subunit  34.93 
 
 		 223 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.695694  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2869  pseudouridine synthase, RluA family  31.63 
 
 		 308 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00082597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1041  pseudouridine synthase  31.98 
 
 		 237 aa  109  3e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2195  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.93 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3480  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.47 
 
 		 348 aa  108  7.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0583016 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2576  RNA pseudouridylate synthase family protein  31.62 
 
 		 244 aa  106  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0224111  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1065  pseudouridine synthase, RluD  35.11 
 
 		 328 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.901288  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.5 
 
 		 338 aa  103  2e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  30.9 
 
 		 376 aa  103  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  30.73 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  30.56 
 
 		 305 aa  103  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  28.76 
 
 		 347 aa  103  3e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.22 
 
 		 320 aa  101  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  30.09 
 
 		 302 aa  100  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2370  pseudouridine synthase  30.66 
 
 		 243 aa  100  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  28.7 
 
 		 348 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.36 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  28.44 
 
 		 211 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.44 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.18 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29.35 
 
 		 307 aa  99.4  4e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  27.96 
 
 		 211 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1063  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.69 
 
 		 323 aa  99.8  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0781222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  30.8 
 
 		 339 aa  99  5e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2642  pseudouridine synthase, RluA family  31.73 
 
 		 339 aa  99.4  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.704369  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.39 
 
 		 350 aa  99  5e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  29.22 
 
 		 346 aa  99  6e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.36 
 
 		 319 aa  99  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2358  pseudouridine synthase  32.41 
 
 		 225 aa  98.6  7e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0324179  normal  0.496956 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  31.36 
 
 		 319 aa  98.6  7e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 		 296 aa  99  7e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  29.55 
 
 		 344 aa  98.2  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.88 
 
 		 320 aa  98.2  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.73 
 
 		 301 aa  98.6  9e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2192  RluA family pseudouridine synthase  30.43 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.677227  normal  0.0743981 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1798  pseudouridine synthase, RluA family  27.71 
 
 		 349 aa  97.8  1e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  27.66 
 
 		 363 aa  97.8  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  32.34 
 
 		 346 aa  98.2  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  29.86 
 
 		 311 aa  97.8  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  32 
 
 		 343 aa  97.8  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.49 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2789  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 		 346 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.63 
 
 		 332 aa  97.1  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.23 
 
 		 300 aa  97.1  2e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5281  RluA family pseudouridine synthase  31.9 
 
 		 362 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0773013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  26.29 
 
 		 334 aa  97.1  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  28.44 
 
 		 211 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.15 
 
 		 330 aa  97.1  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.78 
 
 		 332 aa  97.1  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1557  pseudouridine synthase  32.6 
 
 		 311 aa  97.4  2e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.343366  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1708  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.03 
 
 		 477 aa  96.7  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.127697  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  30.7 
 
 		 299 aa  96.7  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.86 
 
 		 338 aa  96.7  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.122309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  31.25 
 
 		 306 aa  96.7  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.29 
 
 		 334 aa  96.3  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2801  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  4e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000617612  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0521  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.107606  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2792  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000449267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2862  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  5e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0569131  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2490  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000151813  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1813  RluA family pseudouridine synthase  31.03 
 
 		 335 aa  95.9  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0797823  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1174  RluA family pseudouridine synthase  33.05 
 
 		 399 aa  95.5  6e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.539633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0704  pseudouridine synthase, RluD  31.44 
 
 		 312 aa  95.9  6e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 370 aa  95.9  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.7 
 
 		 314 aa  95.5  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1070  RluA family pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 316 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0527141  normal  0.0360601 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0632  pseudouridine synthase, RluD  28.45 
 
 		 334 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00978655  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  27.01 
 
 		 211 aa  95.5  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1112  RluA family pseudouridine synthase  28.45 
 
 		 334 aa  95.5  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.594641  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  27.96 
 
 		 211 aa  95.1  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  28.12 
 
 		 356 aa  95.1  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.58 
 
 		 296 aa  95.1  9e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1563  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.38 
 
 		 322 aa  95.1  9e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.151804 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  29.65 
 
 		 299 aa  95.1  9e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0087  RluA family pseudouridine synthase  28.44 
 
 		 344 aa  95.1  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  29.03 
 
 		 304 aa  95.1  9e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0713  tRNA pseudouridine synthase C  31.89 
 
 		 263 aa  95.1  9e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.772217  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2917  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.03 
 
 		 477 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00370322  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0992  RluA family pseudouridine synthase  28.26 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3085  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 		 398 aa  94.7  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.780286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.65 
 
 		 344 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3796  tRNA pseudouridine synthase C  30 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000461215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.73 
 
 		 335 aa  94.7  1e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>