More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3172 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_3172  50S ribosomal protein L1  100 
 
 		 232 aa  461  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4480  ribosomal protein L1  76.29 
 
 		 232 aa  374  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0192233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3452  50S ribosomal protein L1  74.14 
 
 		 232 aa  360  7.0000000000000005e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00102084  normal  0.0363138 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0846  50S ribosomal protein L1  73.28 
 
 		 232 aa  349  3e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.408948 
 
 
-
 
NC_002950  PG0391  50S ribosomal protein L1  69.43 
 
 		 232 aa  333  2e-90  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1940  50S ribosomal protein L1  69.43 
 
 		 229 aa  332  4e-90  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.559759  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1399  50S ribosomal protein L1  66.81 
 
 		 232 aa  331  7.000000000000001e-90  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0423  50S ribosomal protein L1  69 
 
 		 229 aa  322  4e-87  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000383524  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00040  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 		 232 aa  320  9.999999999999999e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1707  50S ribosomal protein L1  66.67 
 
 		 229 aa  299  2e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00384997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0316  50S ribosomal protein L1  62.61 
 
 		 229 aa  293  1e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000103871  hitchhiker  0.000950319 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0193  50S ribosomal protein L1  59.01 
 
 		 229 aa  266  2e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000225522  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0179  50S ribosomal protein L1  53.95 
 
 		 231 aa  265  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000606052  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1105  ribosomal protein L1  58.1 
 
 		 236 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0193805  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0354  50S ribosomal protein L1  57.99 
 
 		 229 aa  265  5.999999999999999e-70  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000103528  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0616  50S ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 234 aa  261  4e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000217065 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0561  50S ribosomal protein L1  53.07 
 
 		 230 aa  261  6e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000069455  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0575  50S ribosomal protein L1  53.07 
 
 		 230 aa  261  6e-69  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000352195  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0285  50S ribosomal protein L1  58.56 
 
 		 229 aa  259  3e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.0000000105773  hitchhiker  0.00394818 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2723  ribosomal protein L1  53.04 
 
 		 233 aa  259  3e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.302793  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0923  50S ribosomal protein L1  51.53 
 
 		 233 aa  257  9e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3338  50S ribosomal protein L1  51.97 
 
 		 233 aa  257  1e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000142685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4019  ribosomal protein L1  53.28 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.534035 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2866  50S ribosomal protein L1  52.84 
 
 		 234 aa  255  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0230  50S ribosomal protein L1  58.11 
 
 		 229 aa  255  4e-67  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000338743  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0691  50S ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 233 aa  255  5e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4447699999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1058  50S ribosomal protein L1  53.98 
 
 		 233 aa  255  5e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.30711  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1336  50S ribosomal protein L1  53.71 
 
 		 233 aa  255  5e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.167533  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2682  50S ribosomal protein L1  59.36 
 
 		 229 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286692  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2657  50S ribosomal protein L1P  51.33 
 
 		 235 aa  252  3e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.106941  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01060  ribosomal protein L1  55.11 
 
 		 235 aa  252  4.0000000000000004e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.745230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0388  ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 241 aa  251  8.000000000000001e-66  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4354  ribosomal protein L1  51.3 
 
 		 236 aa  249  2e-65  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0577  ribosomal protein L1  52.59 
 
 		 236 aa  249  4e-65  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0677262  hitchhiker  0.00322479 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1965  50S ribosomal protein L1  57.66 
 
 		 229 aa  249  4e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0834753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1373  50S ribosomal protein L1  50.64 
 
 		 242 aa  248  5e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00191675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0095  50S ribosomal protein L1  54.35 
 
 		 233 aa  247  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2283  50S ribosomal protein L1  50.44 
 
 		 229 aa  247  1e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00159003  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2675  ribosomal protein L1  50.86 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1173  ribosomal protein L1  49.57 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  unclonable  0.0000000262625 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0837  50S ribosomal protein L1P  54.59 
 
 		 229 aa  246  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0423664  normal  0.0981496 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1510  ribosomal protein L1  51.56 
 
 		 235 aa  246  3e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000430301  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0670  50S ribosomal protein L1  51.97 
 
 		 233 aa  244  6e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.759589  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0275  50S ribosomal protein L1  51.29 
 
 		 232 aa  244  6e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000501108  hitchhiker  0.000549627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29860  LSU ribosomal protein L1P  50.86 
 
 		 238 aa  244  6.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2471  50S ribosomal protein L1  51.11 
 
 		 231 aa  244  6.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000180886  hitchhiker  0.00777473 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2345  ribosomal protein L1  51.12 
 
 		 233 aa  244  8e-64  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0238114  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3160  ribosomal protein L1  50.86 
 
 		 238 aa  243  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.496068  normal  0.206569 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2993  50S ribosomal protein L1  51.09 
 
 		 235 aa  244  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00693  ribosomal protein L1  51.53 
 
 		 282 aa  243  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000527661  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4679  50S ribosomal protein L1  52.17 
 
 		 235 aa  243  9.999999999999999e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000682303  decreased coverage  0.0030741 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1546  ribosomal protein L1  51.97 
 
 		 234 aa  243  9.999999999999999e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.826154 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5963  50S ribosomal protein L1  50.22 
 
 		 236 aa  243  1.9999999999999999e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2851  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441128  normal  0.418553 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1589  50S ribosomal protein L1  53.49 
 
 		 234 aa  243  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0238  50S ribosomal protein L1  49.13 
 
 		 232 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.629603  normal  0.0137855 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3936  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 238 aa  243  1.9999999999999999e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0697  50S ribosomal protein L1P  52 
 
 		 259 aa  243  1.9999999999999999e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0592  50S ribosomal protein L1  49.14 
 
 		 232 aa  243  3e-63  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0784244  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2644  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0687921  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3819  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3789  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.042669  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0099  50S ribosomal protein L1  53.48 
 
 		 233 aa  242  3e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000132548  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0316  50S ribosomal protein L1  49.13 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00176824  normal  0.225661 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3079  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.22613  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1911  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00000000299291  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3181  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000145836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2770  50S ribosomal protein L1  49.13 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0337  50S ribosomal protein L1  49.13 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29393  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3757  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0092623  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3466  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 232 aa  242  3e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0147067  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2274  50S ribosomal protein L1  53.02 
 
 		 234 aa  242  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3655  50S ribosomal protein L1  49.57 
 
 		 232 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0381514  hitchhiker  0.000000879291 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2362  50S ribosomal protein L1  53.02 
 
 		 234 aa  242  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.193513  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3436  50S ribosomal protein L1  48.7 
 
 		 232 aa  241  5e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1865  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 232 aa  241  6e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000283442  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0324  50S ribosomal protein L1  50.88 
 
 		 232 aa  241  7e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0128196  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0303  50S ribosomal protein L1  49.57 
 
 		 232 aa  241  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4328  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 238 aa  241  7.999999999999999e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0265  50S ribosomal protein L1  48.7 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.516489  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2705  50S ribosomal protein L1  54.22 
 
 		 235 aa  241  7.999999999999999e-63  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0280715 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0256  50S ribosomal protein L1  48.7 
 
 		 232 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0257763  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0912  ribosomal protein L1  49.78 
 
 		 237 aa  240  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.911951  normal  0.174852 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1209  ribosomal protein L1  50 
 
 		 231 aa  240  1e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000136712 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1530  50S ribosomal protein L1  51.58 
 
 		 230 aa  240  2e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000127232  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23970  LSU ribosomal protein L1P  51.11 
 
 		 239 aa  239  2.9999999999999997e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0702955  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0868  ribosomal protein L1  47.16 
 
 		 231 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1633  50S ribosomal protein L1  50.22 
 
 		 235 aa  239  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.858056  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0744  50S ribosomal protein L1  50.87 
 
 		 233 aa  239  4e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00583178 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2224  50S ribosomal protein L1  51.9 
 
 		 234 aa  238  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.009605 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1236  50S ribosomal protein L1  52.86 
 
 		 235 aa  238  5e-62  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.988417  normal  0.475189 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1624  50S ribosomal protein L1  50 
 
 		 230 aa  238  8e-62  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002170  LSU ribosomal protein L1p (L10Ae)  48.03 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000179792  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0212  50S ribosomal protein L1  48.48 
 
 		 231 aa  237  1e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0231088  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2075  ribosomal protein L1  51.09 
 
 		 234 aa  237  1e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00228  50S ribosomal protein L1  48.03 
 
 		 233 aa  237  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0357  50S ribosomal protein L1  48.44 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000538139 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2784  ribosomal protein L1  48.91 
 
 		 234 aa  236  2e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0008683  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4286  50S ribosomal protein L1  50.67 
 
 		 233 aa  236  2e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185505  hitchhiker  0.000000513776 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2564  50S ribosomal protein L1  50.22 
 
 		 232 aa  236  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0511824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>