More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3138 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_3138  30S ribosomal protein S11  100 
 
 
135 aa  276  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0205896  normal  0.555314 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5762  30S ribosomal protein S11  82.2 
 
 
131 aa  211  2.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0627  30S ribosomal protein S11  73.44 
 
 
129 aa  203  6e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0172  30S ribosomal protein S11  71.88 
 
 
130 aa  197  3e-50  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183798 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0373  30S ribosomal protein S11  70.4 
 
 
127 aa  196  1.0000000000000001e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1913  30S ribosomal protein S11  76.52 
 
 
128 aa  192  2e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4368  30S ribosomal protein S11  82.96 
 
 
131 aa  190  5e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.276482  normal  0.438194 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05840  30S ribosomal protein S11  73.68 
 
 
137 aa  183  9e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0407415  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1640  ribosomal protein S11  71.9 
 
 
133 aa  177  4.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.218651  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2039  30S ribosomal protein S11  61.16 
 
 
127 aa  172  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00000000528036  normal  0.276902 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2271  30S ribosomal protein S11  59.5 
 
 
127 aa  172  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0715573  hitchhiker  0.00306589 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2204  30S ribosomal protein S11  59.5 
 
 
127 aa  170  6.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000733078  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1171  30S ribosomal protein S11  72.81 
 
 
133 aa  170  6.999999999999999e-42  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1826  30S ribosomal protein S11  63.72 
 
 
127 aa  168  2e-41  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0205  30S ribosomal protein S11  62.83 
 
 
127 aa  168  3e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000759645  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0314  30S ribosomal protein S11  61.06 
 
 
127 aa  165  2e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000333021  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2398  30S ribosomal protein S11  61.06 
 
 
127 aa  164  2.9999999999999998e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000513173  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2833  30S ribosomal protein S11  63.72 
 
 
131 aa  160  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.279532  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2990  30S ribosomal protein S11  55.56 
 
 
129 aa  160  6e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.319049 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2037  30S ribosomal protein S11  55.56 
 
 
129 aa  160  6e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.594548  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19730  SSU ribosomal protein S11P  55.56 
 
 
131 aa  160  7e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000382809  normal  0.755388 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0651  30S ribosomal protein S11  62.83 
 
 
131 aa  159  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.5695  hitchhiker  0.00000456607 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1931  30S ribosomal protein S11  56.3 
 
 
129 aa  158  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.194194  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0330  30S ribosomal protein S11  56.3 
 
 
129 aa  158  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.726774  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1806  30S ribosomal protein S11  56.35 
 
 
129 aa  157  4e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.533264  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4938  30S ribosomal protein S11  59.29 
 
 
137 aa  157  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000118735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0704  30S ribosomal protein S11  53.33 
 
 
131 aa  157  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000283991  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2252  30S ribosomal protein S11  56.35 
 
 
129 aa  156  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0467149  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2293  30S ribosomal protein S11  56.35 
 
 
129 aa  156  8e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1090  30S ribosomal protein S11  61.06 
 
 
131 aa  156  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.258039  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1160  30S ribosomal protein S11  58.96 
 
 
139 aa  155  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000271221  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1637  30S ribosomal protein S11  56.25 
 
 
129 aa  155  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0662534  normal  0.0192025 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1371  30S ribosomal protein S11  61.26 
 
 
130 aa  155  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.202358  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1772  30S ribosomal protein S11  53.33 
 
 
129 aa  155  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.586668  normal  0.347372 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2141  30S ribosomal protein S11  55.56 
 
 
129 aa  154  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2759  ribosomal protein S11  54.07 
 
 
129 aa  153  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.27094 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0438  ribosomal protein S11  60.71 
 
 
183 aa  153  8e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00108118  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1112  30S ribosomal protein S11  56 
 
 
130 aa  152  1e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000169024  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1549  ribosomal protein S11  54.81 
 
 
131 aa  152  1e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0624  30S ribosomal protein S11  57.03 
 
 
129 aa  152  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.000665656  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001719  SSU ribosomal protein S11p (S14e)  54.69 
 
 
129 aa  152  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000259501  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16910  SSU ribosomal protein S11P  61.07 
 
 
134 aa  152  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2151  30S ribosomal protein S11  54.69 
 
 
129 aa  152  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000057735  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2193  30S ribosomal protein S11  54.81 
 
 
129 aa  152  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0789543  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00752  30S ribosomal protein S11  54.69 
 
 
129 aa  152  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1012  30S ribosomal protein S11  54.07 
 
 
130 aa  151  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00012191  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0082  30S ribosomal protein S11  54.62 
 
 
129 aa  151  2e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000625128  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1116  ribosomal protein S11  58.21 
 
 
134 aa  151  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.625499  normal  0.619073 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3897  30S ribosomal protein S11  62.79 
 
 
135 aa  151  2.9999999999999998e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4001  30S ribosomal protein S11  55.8 
 
 
138 aa  151  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000341479  hitchhiker  0.000619325 
 
 
-
 
NC_004310  BR1210  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  150  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.286667  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1173  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  150  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.067515  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1009  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  150  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  0.191083 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1979  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  150  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.38607  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0591  30S ribosomal protein S11  65.77 
 
 
136 aa  150  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.648378  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0498  ribosomal protein S11  60.36 
 
 
126 aa  151  4e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.423848  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4288  30S ribosomal protein S11  62.02 
 
 
135 aa  150  4e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000331944 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0604  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  5e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650942  normal  0.687917 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5047  30S ribosomal protein S11  53.33 
 
 
129 aa  150  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0249835  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3892  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000147745  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1655  30S ribosomal protein S11  58.93 
 
 
129 aa  150  5e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0306  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  5e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000963543  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0608  30S ribosomal protein S11  66.67 
 
 
134 aa  150  5.9999999999999996e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0731  ribosomal protein S11  55.2 
 
 
128 aa  150  5.9999999999999996e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000706792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3643  30S ribosomal protein S11  54.07 
 
 
129 aa  150  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360656  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3671  30S ribosomal protein S11  57.78 
 
 
135 aa  150  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0342  30S ribosomal protein S11  54.69 
 
 
129 aa  150  7e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00110784  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0428  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.684596  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3977  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.300038  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6024  30S ribosomal protein S11  66.67 
 
 
134 aa  150  8e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.170324 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3799  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  150  8e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0744309  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2301  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  149  8.999999999999999e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.598814  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0276  30S ribosomal protein S11  58.59 
 
 
132 aa  149  8.999999999999999e-36  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5151  30S ribosomal protein S11  59.7 
 
 
134 aa  149  8.999999999999999e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.589824 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0424  ribosomal protein S11  57.66 
 
 
132 aa  149  1e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0477  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
129 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000237439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0510  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
129 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109106  normal  0.0188454 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3613  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00134375  normal  0.497735 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3612  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000648166  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0612  ribosomal protein S11  59.26 
 
 
135 aa  149  1e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0076  30S ribosomal protein S11  49.63 
 
 
135 aa  149  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3783  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0247375  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3384  30S ribosomal protein S11  57.66 
 
 
137 aa  149  1e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3728  30S ribosomal protein S11  54.69 
 
 
129 aa  149  1e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00156058  hitchhiker  0.00442603 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1866  30S ribosomal protein S11  51.85 
 
 
129 aa  149  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04250  SSU ribosomal protein S11P  58.21 
 
 
135 aa  149  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.333159  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4726  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
129 aa  149  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.49415  normal  0.352381 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3685  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00109954  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0870  30S ribosomal protein S11  51.11 
 
 
131 aa  149  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000918972  hitchhiker  0.00608711 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3720  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0247296  normal  0.144698 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0416  ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000707305  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0649  ribosomal protein S11  54.26 
 
 
129 aa  149  2e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3752  30S ribosomal protein S11  52.55 
 
 
133 aa  148  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.347959  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2302  30S ribosomal protein S11  54.4 
 
 
127 aa  149  2e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.12621  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3425  30S ribosomal protein S11  52.59 
 
 
129 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.185884 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0351  30S ribosomal protein S11  52.55 
 
 
133 aa  148  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.161221 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1948  30S ribosomal protein S11  52.55 
 
 
133 aa  148  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.666677  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3683  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000095493  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0506  30S ribosomal protein S11  53.49 
 
 
129 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00290118  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3592  30S ribosomal protein S11  55.47 
 
 
129 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00516698  normal  0.0514386 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>