More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2706 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_2706  ribonuclease HI  100 
 
 
159 aa  332  1e-90  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3655  ribonuclease H  62.16 
 
 
151 aa  198  1.9999999999999998e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00499502  normal  0.0620959 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2969  Ribonuclease H  57.33 
 
 
157 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1098  hypothetical protein  57.72 
 
 
152 aa  180  7e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.26429 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1103  ribonuclease H  54.32 
 
 
170 aa  176  1e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1135  ribonuclease H  55.7 
 
 
158 aa  176  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1906  Ribonuclease H  54.97 
 
 
241 aa  174  4e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000526772  normal  0.35014 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2456  ribonuclease H  55.41 
 
 
159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000408734  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1584  RNase HI  54.3 
 
 
157 aa  171  2.9999999999999996e-42  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.590507  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  54.3 
 
 
156 aa  169  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10510  ribonuclease HI  52.83 
 
 
161 aa  167  4e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000169175 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  50.98 
 
 
158 aa  161  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0037  Ribonuclease H  54.9 
 
 
156 aa  161  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1992  ribonuclease H  53.29 
 
 
156 aa  159  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000066103  hitchhiker  0.00000132763 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1094  ribonuclease H  49.68 
 
 
158 aa  159  2e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0989345  hitchhiker  0.0000000000000128694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2608  ribonuclease H  50.99 
 
 
161 aa  157  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000274708  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2019  ribonuclease H  52.98 
 
 
159 aa  157  4e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0600903  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2382  ribonuclease H  53.69 
 
 
158 aa  157  5e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1779  ribonuclease H  53.29 
 
 
156 aa  157  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000616595  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2025  ribonuclease H  57.46 
 
 
143 aa  156  1e-37  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4372  Ribonuclease H  49.01 
 
 
163 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  50.97 
 
 
158 aa  155  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0484  ribonuclease H  50.33 
 
 
157 aa  155  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.416034 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2014  ribonuclease H  52.63 
 
 
156 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000135342  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4434  Ribonuclease H  49.01 
 
 
163 aa  155  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.10837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2062  ribonuclease H  52.63 
 
 
156 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000221835  decreased coverage  0.0000999459 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1999  ribonuclease H  52.63 
 
 
156 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  51.61 
 
 
158 aa  155  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2324  ribonuclease H  52.63 
 
 
156 aa  155  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000039246  decreased coverage  0.0000234426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  50.98 
 
 
157 aa  155  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  50.97 
 
 
158 aa  155  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  51.33 
 
 
185 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  50.97 
 
 
158 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2274  ribonuclease H  50.67 
 
 
156 aa  154  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.933446  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  49.67 
 
 
154 aa  152  2e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0262  Ribonuclease H  49.33 
 
 
158 aa  151  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4709  ribonuclease H  51.68 
 
 
236 aa  151  5e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  49.35 
 
 
155 aa  149  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  46.41 
 
 
154 aa  148  2e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2669  ribonuclease H  51.33 
 
 
156 aa  147  5e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046845 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  49.02 
 
 
154 aa  147  5e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  50.67 
 
 
156 aa  147  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  49.02 
 
 
154 aa  146  9e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1189  ribonuclease H  47.62 
 
 
245 aa  146  1.0000000000000001e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.842568 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1976  ribonuclease H  53.73 
 
 
142 aa  144  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2924  ribonuclease H  49.29 
 
 
159 aa  144  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1808  ribonuclease H  50.75 
 
 
146 aa  144  5e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1627  ribonuclease H  50.75 
 
 
146 aa  144  5e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0579562  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0474  RNase H  50.33 
 
 
153 aa  144  6e-34  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.357306  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  46.05 
 
 
156 aa  144  6e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  47.68 
 
 
173 aa  144  6e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  48.67 
 
 
154 aa  142  2e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2729  ribonuclease H  48.34 
 
 
192 aa  142  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  48.67 
 
 
154 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  48.67 
 
 
154 aa  142  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1996  ribonuclease H  50 
 
 
146 aa  142  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1495  ribonuclease H  52.99 
 
 
146 aa  141  3e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1612  ribonuclease H  51.85 
 
 
141 aa  141  4e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  49.01 
 
 
155 aa  141  4e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0604  ribonuclease H  48.37 
 
 
154 aa  141  4e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1373  Ribonuclease H  49.28 
 
 
154 aa  140  5e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000016883  hitchhiker  0.00000157044 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2115  ribonuclease H  47.83 
 
 
146 aa  140  5e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.111638  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  46.41 
 
 
155 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  46.41 
 
 
155 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  46.41 
 
 
155 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  46.41 
 
 
155 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  46.41 
 
 
155 aa  140  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0844  ribonuclease H  48.2 
 
 
150 aa  139  9.999999999999999e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0204  RNase HI  49.32 
 
 
152 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  45.7 
 
 
154 aa  138  3e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  4.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  47.06 
 
 
155 aa  137  7e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1663  ribonuclease HI  51.45 
 
 
148 aa  137  7.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.835825 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  48.55 
 
 
150 aa  136  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2399  ribonuclease H  47.33 
 
 
157 aa  135  2e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  51.11 
 
 
166 aa  135  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1085  ribonuclease H  48.92 
 
 
143 aa  135  2e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1616  ribonuclease H  52.17 
 
 
155 aa  135  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000113365  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  45.03 
 
 
154 aa  134  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2365  ribonuclease H  47.68 
 
 
153 aa  134  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2941  ribonuclease H  51.47 
 
 
154 aa  134  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  48.18 
 
 
147 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  48.89 
 
 
151 aa  133  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0446  Ribonuclease H  49.28 
 
 
145 aa  132  9.999999999999999e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  46.43 
 
 
164 aa  133  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0600  ribonuclease H  47.1 
 
 
146 aa  132  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.42246  normal  0.0270163 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2864  DNA polymerase I  45 
 
 
480 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2939  ribonuclease H  44.93 
 
 
163 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191934  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  46.1 
 
 
149 aa  131  3e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  47.14 
 
 
147 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  47.14 
 
 
147 aa  132  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2066  ribonuclease H  45.95 
 
 
149 aa  131  3e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  47.1 
 
 
148 aa  132  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>