More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2407 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_2407  RNA binding protein  100 
 
 
143 aa  266  1e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1303  RNP-1 like RNA-binding protein  69.72 
 
 
114 aa  134  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2980  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 
241 aa  115  3e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0728065  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1392  RNP-1 like RNA-binding protein  57.3 
 
 
89 aa  106  8.000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000190115  unclonable  0.00000764419 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1023  RNA recognition motif-containing protein  52.22 
 
 
90 aa  105  1e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000000024568  normal  0.0362085 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0127  RNP-1 like RNA-binding protein  61.04 
 
 
90 aa  103  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00042932  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2119  RNP-1 like RNA-binding protein  54.76 
 
 
90 aa  100  9e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1394  RNP-1 like RNA-binding protein  53.85 
 
 
95 aa  98.6  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000346845  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2100  RNP-1 like RNA-binding protein  48.84 
 
 
90 aa  97.1  8e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0106  RNP-1 like RNA-binding protein  57.14 
 
 
90 aa  95.9  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1551  RNA recognition motif-containing protein  51.16 
 
 
90 aa  96.3  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000189829  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0093  RNP-1 like RNA-binding protein  54.67 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.249238  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2673  RNP-1 like RNA-binding protein  53.33 
 
 
90 aa  93.6  8e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000512984  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1236  RNP-1 like RNA-binding protein  53.49 
 
 
90 aa  93.6  9e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.05811 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1927  RNP-1 like RNA-binding protein  52.94 
 
 
88 aa  92  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1753  RNP-1 like RNA-binding protein  54.55 
 
 
87 aa  92.4  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.787076 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2264  RNP-1 like RNA-binding protein  51.76 
 
 
101 aa  92.4  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000000683035  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 
85 aa  92  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.296791  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0014  RNA-binding region RNP-1  47.67 
 
 
196 aa  89.7  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0890039  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1273  RNP-1 like RNA-binding protein  48.72 
 
 
90 aa  89.4  2e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000138361  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0088  RNA recognition motif-containing protein  54.67 
 
 
99 aa  89  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1340  RNA recognition motif-containing protein  46.51 
 
 
250 aa  88.2  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00121  RNA recognition motif-containing protein  46.51 
 
 
250 aa  88.2  3e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0705626  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2332  RNP-1 like RNA-binding protein  49.38 
 
 
108 aa  88.6  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.200874 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2901  RNP-1 like RNA-binding protein  46.39 
 
 
102 aa  88.6  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1175  RNA-binding region RNP-1  52.44 
 
 
114 aa  87.8  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00471275  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1670  RNP-1 like RNA-binding protein  47.17 
 
 
105 aa  87.4  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.976785 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0191  RNP-1 like RNA-binding protein  51.76 
 
 
87 aa  86.7  9e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000794742  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4702  RNA-binding region RNP-1  44.76 
 
 
102 aa  86.3  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.000166798  normal  0.614105 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2769  RNA-binding protein, RNP-1  45.45 
 
 
119 aa  85.9  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  unclonable  0.00000000000135251  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00131  RNA recognition motif-containing protein  45.35 
 
 
202 aa  85.5  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1024  RNP-1 like RNA-binding protein  50.57 
 
 
89 aa  85.1  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.107096  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4128  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
149 aa  84.7  4e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4342  RNP-1 like RNA-binding protein  47.73 
 
 
92 aa  84.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.621123  hitchhiker  0.00155097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3646  RNP-1 like RNA-binding protein  46.81 
 
 
115 aa  84.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0170125  normal  0.308444 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1240  RNA-binding region RNP-1  54.55 
 
 
82 aa  84.3  5e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2141  RNP-1-like RNA-binding protein  49.51 
 
 
116 aa  84  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.253985  normal  0.55091 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3805  RNA-binding region RNP-1  47.56 
 
 
162 aa  83.6  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.169382 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0493  RNP-1 like RNA-binding protein  50.59 
 
 
88 aa  83.6  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.547596  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4105  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
152 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.21043 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1489  RNP-1 like RNA-binding protein  51.19 
 
 
86 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000000000319103  unclonable  0.0000000000203081 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0027  RNA-binding region RNP-1  44.55 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.128331  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0186  RNP-1 like RNA-binding protein  48.78 
 
 
157 aa  83.2  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2389  RNP-1 like RNA-binding protein  44.21 
 
 
102 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175672  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0050  RNP-1 like RNA-binding protein  47.06 
 
 
88 aa  82  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0627  RNA-binding protein  44.32 
 
 
97 aa  82.4  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.236494 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2962  RNP-1 like RNA-binding protein  44.21 
 
 
102 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.177581  normal  0.715358 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4731  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
150 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.384433  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5290  RNP-1 like RNA-binding protein  45.88 
 
 
181 aa  82  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4781  RNP-1-like RNA-binding protein  47.56 
 
 
176 aa  82  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1587  RNP-1 like RNA-binding protein  45.68 
 
 
146 aa  82.4  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4579  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
148 aa  82.4  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1038  RNP-1 like RNA-binding protein  45.83 
 
 
98 aa  82  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4663  RNP-1 like RNA-binding protein  43.14 
 
 
101 aa  81.6  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.783898  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4701  RNA-binding region RNP-1  47.37 
 
 
97 aa  82  0.000000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  hitchhiker  0.000966249  normal  0.61972 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3486  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
155 aa  81.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6047  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.240011  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4894  RNA recognition motif-containing protein  45.24 
 
 
151 aa  80.9  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000987848  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0014  RNA recognition motif-containing protein  41.67 
 
 
173 aa  80.9  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00131  RNA recognition motif-containing protein  43.75 
 
 
245 aa  80.5  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00821888 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09671  RNA-binding protein RbpD  48.05 
 
 
104 aa  80.1  0.000000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0401  RNP-1 like RNA-binding protein  51.95 
 
 
92 aa  80.1  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000557638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0084  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
122 aa  79.7  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000718119  unclonable  0.00000880793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0793  RNA-binding region RNP-1  45.24 
 
 
87 aa  80.1  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.000000000000424033  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0195  RNP-1 like RNA-binding protein  45.45 
 
 
88 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00308169 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1999  RNA-binding region RNP-1  47.31 
 
 
95 aa  79.7  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1932  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
132 aa  79  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4780  RNP-1-like RNA-binding protein  45.24 
 
 
123 aa  79  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0150  RNP-1 like RNA-binding protein  46.34 
 
 
175 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1679  RNA-binding region RNP-1  45.88 
 
 
94 aa  79  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4234  RNA-binding region RNP-1  43.53 
 
 
140 aa  79  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.020378  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0251  RNA-binding protein, RNP-1  46.25 
 
 
107 aa  79  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.425967  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2093  RNP-1 like RNA-binding protein  49.35 
 
 
91 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1603  RNP-1 like RNA-binding protein  47.5 
 
 
103 aa  78.6  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.799719 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1806  RNP-1 like RNA-binding protein  43.18 
 
 
90 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2518  RNP-1-like RNA-binding protein  47.56 
 
 
85 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0020786  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0624  RNA recognition motif-containing protein  42.35 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  42.11 
 
 
99 aa  77.4  0.00000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1050  RNP-1 like RNA-binding protein  45.12 
 
 
111 aa  77  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.423415  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4705  RNP-1 like RNA-binding protein  37.84 
 
 
99 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.433444  normal  0.441649 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1085  RNP-1 like RNA-binding protein  43.53 
 
 
96 aa  77  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.239557 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0252  RNP-1 like RNA-binding protein  46.15 
 
 
90 aa  77  0.00000000000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.313784 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2964  RNP-1 like RNA-binding protein  49.41 
 
 
88 aa  77  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00121  RNA recognition motif-containing protein  45 
 
 
222 aa  76.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.239184  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11941  peptidylprolyl isomerase  44.79 
 
 
97 aa  76.3  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.408542  normal  0.27768 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1404  RNA-binding region RNP-1  48.05 
 
 
95 aa  76.6  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.187524  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2020  RNP-1 like RNA-binding protein  46.59 
 
 
88 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.0000000834021  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2364  RNP-1 like RNA-binding protein  48.68 
 
 
89 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000400721  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0803  RNP-1 like RNA-binding protein  50.67 
 
 
88 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3132  RNA-binding region RNP-1  46.34 
 
 
103 aa  75.5  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1645  RNA recognition motif-containing protein  48.05 
 
 
95 aa  75.9  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0565  RNA-binding region RNP-1  46.84 
 
 
81 aa  75.5  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6046  RNP-1 like RNA-binding protein  44.71 
 
 
124 aa  75.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35961  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0149  RNP-1 like RNA-binding protein  48 
 
 
122 aa  75.5  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4532  RNP-1 like RNA-binding protein  43.3 
 
 
98 aa  75.5  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.319676 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0319  RNP-1 like RNA-binding protein  41.18 
 
 
137 aa  75.1  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3413  hypothetical protein  48.75 
 
 
83 aa  74.7  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.212369  normal  0.0411196 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3438  RNP-1 like RNA-binding protein  44.87 
 
 
125 aa  74.3  0.0000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0963576  normal  0.0234751 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1525  RNP-1 like RNA-binding protein  43.37 
 
 
92 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1552  RNP-1 like RNA-binding protein  43.37 
 
 
92 aa  74.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.863608 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>