More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2405 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_2405  recombination factor protein RarA  100 
 
 		 420 aa  863    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0165  AAA ATPase central domain protein  66.91 
 
 		 419 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0184  AAA ATPase central domain protein  63.68 
 
 		 426 aa  566  1e-160  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.858304 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1440  recombination factor protein RarA  62.17 
 
 		 426 aa  559  1e-158  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05640  putative ATPase, AAA family protein  62.32 
 
 		 425 aa  560  1e-158  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.721032  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0410  recombination factor protein RarA  62.32 
 
 		 425 aa  556  1e-157  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.108672  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0420  AAA ATPase central domain protein  63.79 
 
 		 423 aa  552  1e-156  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.781835 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5733  AAA ATPase central domain protein  61.87 
 
 		 423 aa  520  1e-146  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.855875  normal  0.0926038 
 
 
-
 
NC_002950  PG1103  recombination factor protein RarA  57.28 
 
 		 434 aa  506  9.999999999999999e-143  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1885  recombination factor protein RarA  55.71 
 
 		 447 aa  468  9.999999999999999e-131  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0626  recombination factor protein RarA  53.77 
 
 		 453 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000432966  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0257  recombination factor protein RarA  55.16 
 
 		 439 aa  450  1e-125  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000097809  normal  0.0366003 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0953  recombination factor protein RarA  52.97 
 
 		 446 aa  448  1e-125  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0094  recombination factor protein RarA  54.39 
 
 		 429 aa  444  1e-123  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1618  recombination factor protein RarA  53.55 
 
 		 445 aa  440  9.999999999999999e-123  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0103  recombination factor protein RarA  54.15 
 
 		 429 aa  441  9.999999999999999e-123  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0836  recombination factor protein RarA  51.77 
 
 		 449 aa  432  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0732  recombination factor protein RarA  51.67 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0939  recombination factor protein RarA  52.22 
 
 		 441 aa  425  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2067  recombination factor protein RarA  52.07 
 
 		 440 aa  423  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.792002  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1704  recombination factor protein RarA  52.18 
 
 		 435 aa  422  1e-117  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0832  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 454 aa  420  1e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2328  recombination factor protein RarA  51.32 
 
 		 432 aa  421  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.279354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2509  recombination factor protein RarA  50.98 
 
 		 435 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0107971  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2447  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 434 aa  410  1e-113  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2242  recombination factor protein RarA  50.71 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00131552  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1770  recombination factor protein RarA  50.36 
 
 		 434 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000220644 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1284  recombination factor protein RarA  48.44 
 
 		 443 aa  398  1e-109  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000241266  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1309  recombination factor protein RarA  49.29 
 
 		 457 aa  394  1e-108  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.163372  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0730  recombination factor protein RarA  48.58 
 
 		 437 aa  392  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.44453  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1091  ATPase, AAA family  49.88 
 
 		 457 aa  392  1e-108  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0767  recombination factor protein RarA  48.58 
 
 		 437 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0767  recombination factor protein RarA  49.39 
 
 		 437 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.764171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2133  recombination factor protein RarA  47.8 
 
 		 459 aa  388  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1119  recombination factor protein RarA  48.57 
 
 		 457 aa  391  1e-107  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3797  recombination factor protein RarA  50.25 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3209  recombination factor protein RarA  49.01 
 
 		 432 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.411759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3176  recombination factor protein RarA  49.5 
 
 		 435 aa  387  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24410  recombination factor protein RarA  44.94 
 
 		 439 aa  383  1e-105  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12030  recombination factor protein RarA  46.52 
 
 		 450 aa  383  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.51  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2614  recombination factor protein RarA  46.82 
 
 		 447 aa  384  1e-105  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.794652 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2002  recombination factor protein RarA  48.05 
 
 		 447 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0617  recombination factor protein RarA  48.11 
 
 		 432 aa  381  1e-104  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907625  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0979  AAA ATPase central domain protein  49.88 
 
 		 425 aa  375  1e-103  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.158485 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1280  recombination factor protein RarA  45.43 
 
 		 440 aa  376  1e-103  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.76998  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1287  recombination factor protein RarA  49.13 
 
 		 430 aa  377  1e-103  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1695  recombination factor protein RarA  49 
 
 		 444 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1341  recombination factor protein RarA  45.67 
 
 		 440 aa  377  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0553369  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1040  recombination factor protein RarA  50.12 
 
 		 429 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.405947  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0549  AAA ATPase central domain protein  49.65 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.124286  hitchhiker  0.0000609256 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3401  AAA ATPase central domain protein  44.29 
 
 		 463 aa  377  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.365732  normal  0.230972 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0774  recombination factor protein RarA  48.8 
 
 		 444 aa  375  1e-103  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0591315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0379  ATPase, AAA family  49.65 
 
 		 442 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1785  recombination factor protein RarA  45.67 
 
 		 447 aa  374  1e-102  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.295244  hitchhiker  0.00333986 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1128  recombination factor protein RarA  48.06 
 
 		 440 aa  370  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.446811 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1192  recombination factor protein RarA  45.05 
 
 		 445 aa  371  1e-101  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.211083  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1936  recombination factor protein RarA  47.88 
 
 		 432 aa  369  1e-101  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.160058  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2713  recombination factor protein RarA  48.13 
 
 		 442 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1672  recombination factor protein RarA  47.7 
 
 		 447 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.339813 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3365  recombination factor protein RarA  48.13 
 
 		 442 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.263258 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05617  DNA replication ATPase (Eurofung)  48.88 
 
 		 528 aa  368  1e-100  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00143305  normal  0.0551147 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2022  recombination factor protein RarA  46.02 
 
 		 443 aa  365  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000134258  hitchhiker  0.0000234257 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2481  recombination factor protein RarA  45.56 
 
 		 443 aa  367  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000627884  hitchhiker  0.00000452551 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0976  AAA ATPase central domain protein  47.41 
 
 		 423 aa  368  1e-100  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1774  recombination factor protein RarA  46.75 
 
 		 442 aa  365  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000171512  hitchhiker  0.00888717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1548  recombination factor protein RarA  47.64 
 
 		 444 aa  368  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.892659  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3121  recombination factor protein RarA  47.2 
 
 		 485 aa  363  3e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3583  recombination factor protein RarA  45.43 
 
 		 437 aa  363  3e-99  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000174356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0736  AAA ATPase central domain-containing protein  46.23 
 
 		 432 aa  363  3e-99  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.776612  normal  0.708845 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30320  recombination factor protein RarA  47.47 
 
 		 441 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3347  ATPase, AAA family  47.63 
 
 		 440 aa  362  6e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.22534  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2129  recombination factor protein RarA  45.19 
 
 		 443 aa  362  6e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000081607  normal  0.0213472 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1061  recombination factor protein RarA  44.63 
 
 		 441 aa  362  6e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.327503  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1664  recombination factor protein RarA  46.73 
 
 		 442 aa  362  7.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0526535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1797  recombination factor protein RarA  46.45 
 
 		 443 aa  362  9e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00311557  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2595  recombination factor protein RarA  47.23 
 
 		 441 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.743395  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1965  recombination factor protein RarA  46.6 
 
 		 443 aa  362  1e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00069227  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28200  recombination factor protein RarA  47.36 
 
 		 441 aa  360  2e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.866353  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2011  recombination factor protein RarA  46.12 
 
 		 443 aa  360  2e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00309542  hitchhiker  0.000363492 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2308  recombination factor protein RarA  46.36 
 
 		 445 aa  360  3e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1199  AAA ATPase central domain protein  45.63 
 
 		 428 aa  360  3e-98  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2052  recombination factor protein RarA  46.6 
 
 		 443 aa  360  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00508723  hitchhiker  0.000142667 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0766  recombination factor protein RarA  44.55 
 
 		 453 aa  359  5e-98  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0590013  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3177  recombination factor protein RarA  47.13 
 
 		 440 aa  358  7e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0569954 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3607  recombination factor protein RarA  47.13 
 
 		 441 aa  358  7e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.889053 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1563  recombination factor protein RarA  48 
 
 		 436 aa  358  9e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2120  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 455 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.11633  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3074  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0319141  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3406  recombination factor protein RarA  47.13 
 
 		 441 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.355862 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0792  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1988  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2988  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3040  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2624  recombination factor protein RarA  48.25 
 
 		 436 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1782  recombination factor protein RarA  46.52 
 
 		 435 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2193  recombination factor protein RarA  46.25 
 
 		 443 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000160471  normal  0.268912 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1333  recombination factor protein RarA  48.05 
 
 		 500 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.272452  normal  0.489107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4002  recombination factor protein RarA  46.88 
 
 		 441 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00336552 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2231  recombination factor protein RarA  45.35 
 
 		 443 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00515157  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0826  recombination factor protein RarA  48.6 
 
 		 462 aa  357  2.9999999999999997e-97  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>