86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2016 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_2016  hypothetical protein  100 
 
 
175 aa  353  8.999999999999999e-97  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.58 
 
 
178 aa  126  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00127684  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1428  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.32 
 
 
197 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.770563  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0491  hypothetical protein  44.2 
 
 
184 aa  115  3.9999999999999997e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.46585  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.71 
 
 
179 aa  112  3e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1003  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.57 
 
 
176 aa  112  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4057  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.92 
 
 
193 aa  106  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000796256  hitchhiker  0.000000255237 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0731  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.3 
 
 
174 aa  92.8  2e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3099  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.58 
 
 
169 aa  92.4  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.422914  normal  0.197974 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2764  hypothetical protein  34.32 
 
 
175 aa  89  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.720369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2763  hypothetical protein  33.33 
 
 
174 aa  87.8  7e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.861823  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1961  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.35 
 
 
174 aa  86.3  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00643734  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0572  hypothetical protein  29.31 
 
 
188 aa  85.5  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.316463 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0590  hypothetical protein  30.86 
 
 
188 aa  85.5  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.583994  normal  0.972517 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1586  hypothetical protein  31.58 
 
 
174 aa  83.6  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.345573  normal  0.0169562 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0635  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.81 
 
 
182 aa  80.1  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0605  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.94 
 
 
174 aa  72.8  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.946686  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4648  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.25 
 
 
193 aa  71.2  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.030471  normal  0.671776 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0551  hypothetical protein  26.92 
 
 
179 aa  58.5  0.00000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0730  hypothetical protein  38.1 
 
 
177 aa  54.3  0.0000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0550  hypothetical protein  32 
 
 
177 aa  51.6  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0589  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.75 
 
 
177 aa  52  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.768385  normal  0.646896 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0634  hypothetical protein  35.56 
 
 
177 aa  50.4  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1962  hypothetical protein  35.63 
 
 
177 aa  50.1  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0548542  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0546  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.75 
 
 
152 aa  49.3  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00922706  normal  0.113975 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  25.18 
 
 
132 aa  48.5  0.00004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.14 
 
 
135 aa  48.9  0.00004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0604  hypothetical protein  32 
 
 
177 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.24 
 
 
133 aa  48.1  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1587  hypothetical protein  32.5 
 
 
177 aa  48.1  0.00006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0166263 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0571  hypothetical protein  32.5 
 
 
177 aa  47.8  0.00009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.487342 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.73 
 
 
141 aa  47.4  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.65 
 
 
134 aa  47.4  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  41.86 
 
 
143 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0358  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.1 
 
 
135 aa  46.6  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0309097 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.34 
 
 
137 aa  46.2  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.94 
 
 
134 aa  45.8  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  23.72 
 
 
152 aa  46.2  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.46 
 
 
134 aa  45.8  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  25.93 
 
 
133 aa  45.4  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.46 
 
 
134 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  0.0000246582 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.46 
 
 
134 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  0.00000106541 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.46 
 
 
134 aa  45.4  0.0004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  0.000000463213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1427  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.11 
 
 
218 aa  45.1  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5088  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.29 
 
 
208 aa  45.1  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00337979  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2017  hypothetical protein  32.43 
 
 
201 aa  44.3  0.0009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.991999  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
134 aa  44.3  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  24.46 
 
 
134 aa  44.3  0.0009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2673  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.38 
 
 
139 aa  44.3  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1158  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.38 
 
 
139 aa  44.3  0.0009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.399556  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.62 
 
 
134 aa  43.9  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  0.0000000699577 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.09 
 
 
140 aa  43.9  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.71 
 
 
134 aa  43.5  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1719  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.14 
 
 
184 aa  44.3  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00014535  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2919  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.07 
 
 
134 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0661927  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2221  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.32 
 
 
134 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.109447  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  24.29 
 
 
136 aa  44.3  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  22.96 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.82 
 
 
134 aa  43.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1852  biopolymer transport exbD protein  26.12 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.142679  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.95 
 
 
134 aa  43.1  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28.12 
 
 
136 aa  43.5  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.79 
 
 
135 aa  43.5  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.01 
 
 
135 aa  42.7  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  24.26 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25 
 
 
136 aa  43.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.02 
 
 
134 aa  42.4  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  0.0000457301 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.18 
 
 
140 aa  42.7  0.003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.74 
 
 
134 aa  42.4  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  24.41 
 
 
135 aa  42.4  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02760  hypothetical protein  29.85 
 
 
204 aa  42.4  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0288  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.19 
 
 
148 aa  42  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.148779  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0277  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.19 
 
 
148 aa  42  0.005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0492  hypothetical protein  37.68 
 
 
208 aa  41.6  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.717698  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.64 
 
 
205 aa  41.6  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.59 
 
 
148 aa  41.6  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.492419 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2991  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.45 
 
 
134 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.158684  normal  0.0282837 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0266  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.19 
 
 
148 aa  41.6  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.132965  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.57 
 
 
140 aa  41.2  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.82 
 
 
140 aa  41.2  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2817  biopolymer transport protein (ExbD2)  24.16 
 
 
135 aa  40.8  0.009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.276974  hitchhiker  0.00000182227 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  23.02 
 
 
134 aa  40.8  0.01  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2955  putative TolR-like translocation protein  23.18 
 
 
142 aa  40.8  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.163827  normal  0.682621 
 
 
-
 
NC_002950  PG0780  hypothetical protein  27.38 
 
 
204 aa  40.8  0.01  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>