294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1958 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  100 
 
 
433 aa  902    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.63 
 
 
434 aa  501  1e-140  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.37 
 
 
434 aa  488  1e-137  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.54 
 
 
442 aa  485  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  51.89 
 
 
434 aa  462  1e-129  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.76 
 
 
438 aa  449  1e-125  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.18 
 
 
431 aa  430  1e-119  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.91 
 
 
481 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.08 
 
 
488 aa  382  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.01 
 
 
511 aa  380  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.87 
 
 
488 aa  377  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.39 
 
 
497 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.86 
 
 
477 aa  378  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.88 
 
 
470 aa  366  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.62 
 
 
484 aa  367  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.86 
 
 
493 aa  364  1e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.26 
 
 
504 aa  360  3e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.94 
 
 
492 aa  358  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.82 
 
 
490 aa  358  9.999999999999999e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.76 
 
 
493 aa  356  5e-97  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.93 
 
 
462 aa  352  8.999999999999999e-96  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.48 
 
 
499 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.65 
 
 
499 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.22 
 
 
492 aa  347  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.59 
 
 
518 aa  346  5e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.36 
 
 
518 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
515 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.49 
 
 
525 aa  341  2e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.52 
 
 
479 aa  340  2e-92  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.03 
 
 
513 aa  332  7.000000000000001e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.65 
 
 
467 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.57 
 
 
474 aa  322  9.000000000000001e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.7 
 
 
445 aa  318  2e-85  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.38 
 
 
475 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.39 
 
 
481 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.42 
 
 
481 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.11 
 
 
479 aa  301  1e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.29 
 
 
486 aa  301  2e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.34 
 
 
479 aa  299  8e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.24 
 
 
466 aa  295  1e-78  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.92 
 
 
487 aa  294  2e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.38 
 
 
491 aa  291  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.06 
 
 
484 aa  288  1e-76  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.02 
 
 
452 aa  288  1e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.1 
 
 
475 aa  286  5e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.94 
 
 
470 aa  285  9e-76  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.18 
 
 
471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  36 
 
 
471 aa  282  7.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.88 
 
 
468 aa  281  2e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.82 
 
 
482 aa  277  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  38.25 
 
 
469 aa  276  6e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.94 
 
 
477 aa  274  3e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.89 
 
 
483 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  34.95 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.21 
 
 
435 aa  273  4.0000000000000004e-72  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.36 
 
 
493 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  34.74 
 
 
471 aa  273  6e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.65 
 
 
478 aa  272  7e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.36 
 
 
493 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.17 
 
 
493 aa  271  1e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.85 
 
 
453 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  32.42 
 
 
514 aa  270  4e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.44 
 
 
493 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.73 
 
 
473 aa  269  5.9999999999999995e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  36.16 
 
 
478 aa  266  5.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.68 
 
 
500 aa  265  1e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.99 
 
 
472 aa  265  1e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  34.15 
 
 
504 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.4 
 
 
463 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.13 
 
 
497 aa  264  2e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
499 aa  264  2e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.47 
 
 
505 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.95 
 
 
475 aa  264  3e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
499 aa  264  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.15 
 
 
493 aa  263  4.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  33.97 
 
 
477 aa  263  4.999999999999999e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.77 
 
 
472 aa  263  4.999999999999999e-69  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  34.77 
 
 
473 aa  263  6e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.77 
 
 
472 aa  263  6e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.67 
 
 
512 aa  261  2e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.97 
 
 
477 aa  261  2e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.78 
 
 
472 aa  260  3e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  34.64 
 
 
456 aa  260  3e-68  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.68 
 
 
475 aa  260  3e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.78 
 
 
472 aa  260  3e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  33.68 
 
 
474 aa  259  4e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.76 
 
 
478 aa  260  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.04 
 
 
474 aa  260  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.57 
 
 
472 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.96 
 
 
470 aa  259  6e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.18 
 
 
469 aa  256  4e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.4 
 
 
477 aa  256  5e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.76 
 
 
477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.25 
 
 
501 aa  254  1.0000000000000001e-66  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.19 
 
 
452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 
478 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 
482 aa  253  3e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.91 
 
 
472 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.47 
 
 
483 aa  253  6e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.69 
 
 
469 aa  252  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>