103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1925 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1925  transcriptional regulator  100 
 
 
252 aa  522  1e-147  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.291819 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1278  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.61 
 
 
252 aa  251  1e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.711886  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3635  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 
249 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000440298 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2824  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 
251 aa  206  4e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0253929  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2325  Helix-turn-helix, AraC domain protein  41.8 
 
 
249 aa  188  8e-47  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0165435  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1310  transcriptional regulator, AraC family  25.5 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.497978 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1479  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 
299 aa  80.9  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0993365  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1384  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 
269 aa  78.6  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.976076 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1962  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 
271 aa  76.3  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.17826 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0099  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
287 aa  72.8  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6750  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 
327 aa  72.4  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0749  hypothetical protein  24.69 
 
 
271 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0047  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 
254 aa  68.6  0.00000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.230347  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6692  transcriptional regulator, AraC family  23.6 
 
 
260 aa  65.5  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1886  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 
280 aa  64.7  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.979359  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0676  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.92 
 
 
260 aa  64.3  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.425757  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2016  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
279 aa  62.4  0.000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1931  helix-turn-helix, AraC type  23.79 
 
 
274 aa  62  0.000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1190  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 
271 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000541539 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1671  Helix-turn-helix, AraC domain protein  25.2 
 
 
261 aa  59.7  0.00000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000237  transcriptional regulator AraC family  39.47 
 
 
246 aa  59.3  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0310  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
268 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3797  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 
257 aa  57.8  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.101891 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5627  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 
256 aa  57  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2830  AraC family transcriptional regulator  22.67 
 
 
264 aa  56.6  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0462  helix-turn-helix domain-containing protein  25.97 
 
 
277 aa  56.6  0.0000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3512  AraC family transcriptional regulator  24.89 
 
 
292 aa  55.8  0.0000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2715  putative regulatory protein  24.8 
 
 
272 aa  55.5  0.0000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.241271  normal  0.389731 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5306  transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 
244 aa  55.5  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5387  transcriptional regulator, AraC family  22.75 
 
 
279 aa  55.1  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4542  Helix-turn-helix, AraC domain protein  23.83 
 
 
265 aa  55.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2597  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 
253 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00366269  normal  0.225275 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3824  transcriptional regulator, AraC family  23.2 
 
 
276 aa  53.9  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3282  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 
271 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0185565 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7339  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 
278 aa  53.5  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.725809  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1733  helix-turn-helix domain-containing protein  22.73 
 
 
305 aa  53.1  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0271524  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1655  hypothetical protein  30.85 
 
 
271 aa  53.1  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2463  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 
257 aa  52.8  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2672  transcriptional regulator, AraC family  22.69 
 
 
273 aa  52.8  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1076  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 
231 aa  52.8  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0825  AraC family transcriptional regulator  24.7 
 
 
289 aa  52.8  0.000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3242  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 
274 aa  52.4  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1932  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 
236 aa  51.6  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2350  transcriptional regulator, AraC family  21.4 
 
 
263 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0397043 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3326  transcriptional regulator, AraC family  32.61 
 
 
307 aa  50.1  0.00003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.100814  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2409  AraC family transcriptional regulator  23.88 
 
 
285 aa  50.1  0.00004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1304  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  21.95 
 
 
255 aa  49.7  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.407333  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8641  transcriptional regulator  28.18 
 
 
266 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1097  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 
261 aa  49.7  0.00005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2737  AraC family transcriptional regulator  21.32 
 
 
262 aa  49.3  0.00005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0062511  hitchhiker  0.000065853 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5692  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 
271 aa  49.7  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0876527  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1833  helix-turn-helix domain-containing protein  31.13 
 
 
274 aa  49.3  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0887778  normal  0.832681 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2688  helix-turn-helix domain-containing protein  33.75 
 
 
221 aa  48.9  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.977146  normal  0.242396 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0579  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 
257 aa  48.9  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4694  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
272 aa  48.5  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1656  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 
273 aa  48.9  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.0328818 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0370  AraC family transcriptional regulator  23.32 
 
 
281 aa  48.5  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7200  AraC family transcriptional regulator  23.25 
 
 
297 aa  48.1  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0433  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 
274 aa  48.1  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1643  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 
259 aa  48.1  0.0001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1425  AraC family transcriptional regulator  21.96 
 
 
271 aa  47.8  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.333229  normal  0.212879 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2318  AraC family transcriptional regulator  24.86 
 
 
278 aa  47.8  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4652  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 
272 aa  47.8  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.629583  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6191  transcriptional regulator, AraC family  21.96 
 
 
282 aa  47.4  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.343343  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2695  transcriptional regulator, AraC family  22.05 
 
 
253 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0816587  normal  0.146404 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2329  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 
310 aa  46.6  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4467  helix-turn-helix domain-containing protein  22.12 
 
 
252 aa  47.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0353023 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5753  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 
287 aa  47  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.152383  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2660  transcriptional regulator, AraC family  22.48 
 
 
278 aa  47  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0118  transcriptional regulator, AraC family  21.59 
 
 
285 aa  47  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.809265  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1835  helix-turn-helix domain-containing protein  23.48 
 
 
277 aa  46.6  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.140482  normal  0.818318 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17370  hypothetical protein  21.4 
 
 
275 aa  46.2  0.0005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.457096  normal  0.0989396 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1649  transcriptional regulator, AraC family  32.97 
 
 
271 aa  45.8  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2898  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
221 aa  45.4  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5120  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 
275 aa  45.4  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.282168 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0678  AraC family transcriptional regulator  20.88 
 
 
295 aa  45.4  0.0009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.364827 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3504  transcriptional regulator, AraC family  20.88 
 
 
281 aa  45.4  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3275  transcriptional regulator, AraC family  22.9 
 
 
229 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.145248 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1690  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 
363 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.072678  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3571  transcriptional regulator, AraC family  21.24 
 
 
269 aa  44.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0312904  normal  0.0352472 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3509  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 
277 aa  44.7  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.551098  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 
278 aa  44.3  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2483  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 
273 aa  43.5  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3952  AraC family transcriptional regulator  19.22 
 
 
262 aa  43.9  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2317  AraC family transcriptional regulator  21.67 
 
 
257 aa  43.5  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5791  transcriptional regulator, AraC family  23.98 
 
 
253 aa  43.5  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3867  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 
312 aa  43.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5740  AraC family transcriptional regulator  29.49 
 
 
278 aa  43.1  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4026  AraC family transcriptional regulator  19.22 
 
 
276 aa  43.5  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.546725  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3966  AraC family transcriptional regulator  19.22 
 
 
276 aa  43.5  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0381394 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1684  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.35 
 
 
288 aa  43.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.465215  normal  0.801994 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1632  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 
291 aa  42.7  0.006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0196517  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1287  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 
272 aa  42.7  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2942  AraC family transcriptional regulator  23.18 
 
 
309 aa  42.7  0.006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4393  transcriptional regulator, AraC family  20.9 
 
 
246 aa  42.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.287242  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2980  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 
268 aa  42.7  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.205259 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2143  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.69 
 
 
269 aa  42.7  0.006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1440  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 
275 aa  42.7  0.006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2108  transcriptional regulator, AraC family  20.68 
 
 
263 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0188933 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3156  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 
283 aa  42.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>