227 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1881 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  100 
 
 		 259 aa  527  1e-149  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  51.15 
 
 		 258 aa  278  5e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  45.7 
 
 		 250 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2028  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 273 aa  175  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  36.19 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1968  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 257 aa  161  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749676  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0655  putative phage repressor  38.95 
 
 		 277 aa  132  7.999999999999999e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  34.19 
 
 		 394 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  29.37 
 
 		 255 aa  103  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1743  transcriptional regulator, XRE family  28.05 
 
 		 402 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13403  hypothetical protein  25.69 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  27.62 
 
 		 206 aa  68.9  0.00000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 137 aa  56.2  0.0000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  21.98 
 
 		 240 aa  53.9  0.000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5487  hypothetical protein  31.88 
 
 		 269 aa  54.3  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  42.37 
 
 		 114 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  42.37 
 
 		 114 aa  53.9  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 205 aa  53.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 115 aa  52.8  0.000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 192 aa  52.4  0.000008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  32.81 
 
 		 114 aa  52  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5589  putative phage repressor  25.53 
 
 		 237 aa  52  0.000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 85 aa  51.2  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 151 aa  51.2  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 128 aa  50.1  0.00003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 118 aa  50.1  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 77 aa  50.1  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  27.78 
 
 		 328 aa  50.1  0.00003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  34.85 
 
 		 436 aa  50.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 142 aa  50.1  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  27.19 
 
 		 152 aa  50.1  0.00004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 358 aa  49.7  0.00005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.8 
 
 		 95 aa  49.7  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  26.42 
 
 		 231 aa  49.3  0.00006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 210 aa  49.3  0.00006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 135 aa  49.3  0.00006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 118 aa  48.9  0.00007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 100 aa  48.9  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 189 aa  48.5  0.00009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 145 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 74 aa  48.1  0.0001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 142 aa  47.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 359 aa  47.4  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  29.23 
 
 		 194 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  37.29 
 
 		 200 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 142 aa  47.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  30.93 
 
 		 320 aa  47.4  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1190  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 126 aa  47.4  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.815543  normal  0.235581 
 
 
-
 
NC_002936  DET0251  transcriptional repressor LexA, putative  28.64 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00843575  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0274  transcriptional repressor LexA, putative  28.64 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0884  transcriptional repressor LexA, putative  28.64 
 
 		 217 aa  47  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0403534  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6155  hypothetical protein  34.21 
 
 		 225 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  hitchhiker  0.000659717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2451  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 139 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000925763  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  41.82 
 
 		 374 aa  47  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 300 aa  47  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  32.47 
 
 		 338 aa  47  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 244 aa  47  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  33.87 
 
 		 205 aa  46.6  0.0004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 206 aa  46.6  0.0004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1297  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 182 aa  46.6  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.814605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  41.51 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  40 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  41.51 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  41.51 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  31.33 
 
 		 321 aa  46.2  0.0005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  41.51 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 145 aa  46.2  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  41.51 
 
 		 374 aa  46.2  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 104 aa  46.2  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2487  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 189 aa  46.2  0.0005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  36.67 
 
 		 143 aa  46.2  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2448  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000416057  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  40 
 
 		 374 aa  45.8  0.0006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  32.22 
 
 		 122 aa  45.8  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 137 aa  46.2  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2652  prophage MuSo2, Cro/CI family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 248 aa  45.8  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 87 aa  45.8  0.0007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  40.68 
 
 		 114 aa  45.8  0.0007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  25.22 
 
 		 233 aa  45.8  0.0007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  28.21 
 
 		 125 aa  45.4  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 242 aa  45.4  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  33.87 
 
 		 75 aa  45.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 362 aa  45.4  0.0008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0987  XRE family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 261 aa  45.4  0.0008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.000000124238  decreased coverage  8.983340000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  31.67 
 
 		 186 aa  45.4  0.0009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 219 aa  45.4  0.0009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 219 aa  45.4  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 219 aa  45.4  0.0009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  35.09 
 
 		 64 aa  45.4  0.0009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 201 aa  45.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 63 aa  45.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  32.79 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 63 aa  45.4  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 163 aa  45.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3508  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0510026 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  32.79 
 
 		 229 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3130  transcriptional regulator  33.96 
 
 		 67 aa  44.7  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  31.75 
 
 		 123 aa  44.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  26.58 
 
 		 144 aa  44.3  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>