More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1549 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1549  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 374 aa  762    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.15445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3720  DNA polymerase III, beta subunit  67.02 
 
 		 374 aa  529  1e-149  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.626306  normal  0.408951 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4880  DNA polymerase III, beta subunit  64.74 
 
 		 379 aa  508  1e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3235  DNA polymerase III, beta subunit  60.32 
 
 		 374 aa  496  1e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0867918 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0152  DNA polymerase III subunit beta  52.96 
 
 		 372 aa  416  9.999999999999999e-116  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  53.33 
 
 		 372 aa  410  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  51.21 
 
 		 372 aa  402  1e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12563  DNA polymerase III, beta chain  52.07 
 
 		 362 aa  399  9.999999999999999e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.152259  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1752  DNA polymerase III, beta subunit  49.87 
 
 		 374 aa  377  1e-103  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.236146  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.05 
 
 		 379 aa  310  2e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1853  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 		 377 aa  224  2e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.48 
 
 		 374 aa  206  8e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.22496  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 375 aa  192  9e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.145618 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.24 
 
 		 372 aa  188  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0001  DNA-directed DNA polymerase  30.95 
 
 		 378 aa  187  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000454197  normal  0.662665 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.08 
 
 		 376 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.82 
 
 		 374 aa  181  2e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  29.46 
 
 		 372 aa  178  1e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.95 
 
 		 367 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.89 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 375 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.18 
 
 		 372 aa  176  5e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  28.69 
 
 		 366 aa  176  7e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.91 
 
 		 372 aa  176  8e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  28.42 
 
 		 366 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.38 
 
 		 365 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.71 
 
 		 374 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.12879  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.63 
 
 		 375 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.87 
 
 		 371 aa  172  7.999999999999999e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.0000194465  normal  0.0534413 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.03 
 
 		 374 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.017071  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.29 
 
 		 376 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.06 
 
 		 372 aa  170  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 366 aa  169  6e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.69 
 
 		 367 aa  169  6e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 365 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0002  DNA polymerase III, beta chain  29.32 
 
 		 374 aa  168  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0511069  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  28.8 
 
 		 369 aa  168  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  27.42 
 
 		 366 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3715  DNA polymerase III, beta subunit  29.41 
 
 		 367 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.348294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  31.4 
 
 		 362 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.88 
 
 		 370 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000729086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.76 
 
 		 366 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  28.23 
 
 		 366 aa  162  7e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  27.69 
 
 		 366 aa  162  8.000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.03 
 
 		 366 aa  162  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.88 
 
 		 378 aa  160  2e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000128167  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 		 367 aa  160  2e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.51 
 
 		 387 aa  160  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.61 
 
 		 378 aa  160  3e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.0000000000512645  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  160  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.84 
 
 		 376 aa  158  1e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  28.18 
 
 		 367 aa  157  2e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000000874025  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.07 
 
 		 366 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  26.08 
 
 		 366 aa  157  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.03 
 
 		 373 aa  157  3e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.93 
 
 		 369 aa  157  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  27.35 
 
 		 378 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000328779  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  29.07 
 
 		 371 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 397 aa  156  4e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 367 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 393 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  0.00000000281863 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 393 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.76 
 
 		 366 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000267756  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 373 aa  156  6e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 397 aa  156  6e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 		 373 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.89 
 
 		 372 aa  156  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 		 367 aa  156  7e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.68 
 
 		 367 aa  155  8e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.35 
 
 		 388 aa  155  9e-37  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.78 
 
 		 369 aa  155  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.3 
 
 		 366 aa  155  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  26.75 
 
 		 382 aa  155  1e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.06 
 
 		 385 aa  155  1e-36  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.49 
 
 		 366 aa  155  1e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 		 385 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  27.46 
 
 		 394 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  26.34 
 
 		 367 aa  153  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.96 
 
 		 367 aa  153  4e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000396971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 		 373 aa  153  4e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  27.96 
 
 		 366 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000118658  unclonable  0.000000000121971 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 		 366 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000136085  unclonable  0.00000000917615 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  28 
 
 		 373 aa  152  8e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.44 
 
 		 375 aa  152  8e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.42 
 
 		 367 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.45 
 
 		 366 aa  152  8.999999999999999e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.27 
 
 		 368 aa  152  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000101704  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 		 385 aa  151  1e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.58 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.42 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  27.15 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  28.23 
 
 		 366 aa  151  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  27.15 
 
 		 367 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  25.59 
 
 		 377 aa  150  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>