More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1502 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008255  CHU_1502  component of copper transport system  100 
 
 		 417 aa  859    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000118001  normal  0.0300718 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6878  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 473 aa  256  4e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6823  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 		 485 aa  252  8.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3071  hypothetical protein  33.49 
 
 		 446 aa  223  4e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0195173  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  31.67 
 
 		 468 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  30.48 
 
 		 451 aa  207  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.8 
 
 		 460 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  29.5 
 
 		 466 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.33 
 
 		 456 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.08 
 
 		 465 aa  199  7.999999999999999e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  28.26 
 
 		 455 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 472 aa  191  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3051  hypothetical protein  33.43 
 
 		 406 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  hitchhiker  0.0036392  normal  0.0164815 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  30.32 
 
 		 561 aa  183  4.0000000000000006e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3474  heavy metal efflux system protein, putative  30.69 
 
 		 526 aa  177  2e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.692441 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.55 
 
 		 607 aa  175  9.999999999999999e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4597  heavy metal efflux system protein, putative  30.6 
 
 		 472 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 502 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3988  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 		 640 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.9 
 
 		 500 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.23 
 
 		 406 aa  173  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3782  RND family efflux transporter MFP subunit  29.74 
 
 		 502 aa  172  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 502 aa  172  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 		 627 aa  169  6e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 404 aa  168  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 504 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3566  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 671 aa  166  5.9999999999999996e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.707704  normal  0.0791052 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.73 
 
 		 627 aa  166  5.9999999999999996e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  29.13 
 
 		 491 aa  166  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0150  RND family efflux transporter MFP subunit  28.17 
 
 		 509 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0999403  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0283  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 512 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3535  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 529 aa  162  7e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  26.53 
 
 		 404 aa  163  7e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  28.68 
 
 		 650 aa  162  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 427 aa  160  5e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  29.56 
 
 		 578 aa  159  9e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0154  heavy metal efflux protein, putative  28.5 
 
 		 513 aa  158  1e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.235604  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.42 
 
 		 513 aa  158  1e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4172  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 513 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4303  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 514 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0717978 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0163  RND family efflux transporter MFP subunit  28.42 
 
 		 513 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0190  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 599 aa  158  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3508  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 460 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  25.42 
 
 		 529 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.66 
 
 		 526 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  24.81 
 
 		 527 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.46 
 
 		 500 aa  150  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  24.16 
 
 		 455 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  25.18 
 
 		 629 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00319  putative cation efflux system protein  27.36 
 
 		 672 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06365  hypothetical protein  27.68 
 
 		 577 aa  143  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 715 aa  140  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3384  Fis family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 547 aa  138  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001396  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  27.71 
 
 		 571 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 683 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 497 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2436  RND family efflux transporter MFP subunit  23.98 
 
 		 581 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.287598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1369  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 488 aa  134  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 525 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.2 
 
 		 568 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 513 aa  132  7.999999999999999e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 552 aa  132  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  27.12 
 
 		 377 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2457  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 457 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  23.8 
 
 		 467 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  22.34 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 483 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.68 
 
 		 705 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.15 
 
 		 507 aa  125  2e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.997771  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  23.04 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0177  hypothetical protein  24.81 
 
 		 509 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.54 
 
 		 497 aa  124  3e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1626  putative cation efflux system transmembrane protein  22.17 
 
 		 542 aa  122  8e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.182447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4014  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  23.22 
 
 		 491 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 401 aa  121  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.820375  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.75 
 
 		 497 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  21.5 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1647  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0515736  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5288  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 516 aa  118  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  24.54 
 
 		 537 aa  117  3e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2211  RND family efflux transporter MFP subunit  23.04 
 
 		 486 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.450324  normal  0.240082 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  24.87 
 
 		 505 aa  116  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 545 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  26.43 
 
 		 625 aa  114  3e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 537 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 538 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0715  putative cation efflux system protein  26.87 
 
 		 489 aa  114  4.0000000000000004e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  21.9 
 
 		 523 aa  114  5e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 432 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  25.57 
 
 		 540 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  21.84 
 
 		 408 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 537 aa  111  3e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2263  heavy metal efflux pump membrane fusion protein, putative  22.98 
 
 		 422 aa  110  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 502 aa  110  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1618  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 439 aa  110  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.215683  hitchhiker  0.000019246 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1948  heavy metal efflux transporter, MFP subunit, putative  23.38 
 
 		 439 aa  110  6e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.97 
 
 		 512 aa  109  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0354  RND family efflux transporter MFP subunit  21.81 
 
 		 518 aa  109  8.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.83 
 
 		 438 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5687  RND family efflux transporter MFP subunit  23.1 
 
 		 509 aa  108  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0349806  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>