More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1388 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1388  iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  100 
 
 
291 aa  595  1e-169  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.783574  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  27.73 
 
 
305 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  27.73 
 
 
305 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  27.73 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  26.27 
 
 
304 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0606  periplasmic binding protein  28.02 
 
 
303 aa  109  5e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.3 
 
 
338 aa  109  7.000000000000001e-23  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  27.27 
 
 
305 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  29.3 
 
 
337 aa  107  2e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  27.73 
 
 
303 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0983  periplasmic binding protein  30 
 
 
351 aa  106  6e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.750238  normal  0.171605 
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.12 
 
 
338 aa  105  7e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.12 
 
 
338 aa  105  7e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  31.94 
 
 
309 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.78 
 
 
339 aa  103  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3496  ABC Fe3+-hydroxamate/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  28.02 
 
 
303 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
315 aa  104  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  29.48 
 
 
315 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  27.13 
 
 
296 aa  102  6e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.39 
 
 
310 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  25.39 
 
 
310 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.39 
 
 
310 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.39 
 
 
310 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2782  periplasmic binding protein  27.67 
 
 
291 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.732932  normal  0.160531 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25.39 
 
 
310 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  25.39 
 
 
332 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  27.13 
 
 
300 aa  99.8  5e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.21 
 
 
287 aa  99.8  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  26.48 
 
 
300 aa  99.4  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2498  periplasmic binding protein  26.07 
 
 
310 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.904872  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0025  periplasmic binding protein  27.45 
 
 
289 aa  99.4  7e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  27.99 
 
 
321 aa  99  8e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  25 
 
 
310 aa  99  8e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  25.62 
 
 
300 aa  98.6  1e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2366  periplasmic binding protein  25.59 
 
 
308 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  27.41 
 
 
341 aa  97.8  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0229  periplasmic binding protein  27.84 
 
 
293 aa  97.4  2e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1754  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
318 aa  97.1  3e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000128267  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  27.06 
 
 
300 aa  97.1  4e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.67 
 
 
313 aa  95.9  7e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.97 
 
 
318 aa  95.9  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2363  periplasmic binding protein  27.38 
 
 
289 aa  95.1  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2212  periplasmic binding protein  26.47 
 
 
318 aa  94  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1374  MoxR-like ATPases-like  27.76 
 
 
331 aa  92.8  6e-18  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.896938  hitchhiker  0.000595014 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0416  periplasmic binding protein  24.92 
 
 
318 aa  92.4  8e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3079  periplasmic binding protein  26.19 
 
 
291 aa  92  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498127  normal  0.441233 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0257  periplasmic binding protein  26.67 
 
 
296 aa  90.9  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000185774  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3729  periplasmic binding protein  24.81 
 
 
312 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0685211  hitchhiker  0.00414028 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0962  periplasmic binding protein  26.45 
 
 
285 aa  90.5  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1372  hypothetical protein  27.36 
 
 
335 aa  90.1  4e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  0.000217326 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  24.7 
 
 
322 aa  90.1  4e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  24.61 
 
 
288 aa  90.1  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0726  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.13 
 
 
304 aa  89  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.19297  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  26.44 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0090  periplasmic binding protein  25.39 
 
 
331 aa  87.8  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.479217  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  28.11 
 
 
296 aa  88.2  2e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  23.23 
 
 
323 aa  87.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  22.95 
 
 
321 aa  86.7  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  28.57 
 
 
517 aa  87  4e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2468  periplasmic binding protein  24.62 
 
 
328 aa  86.7  5e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.208513  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.62 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0560  periplasmic binding protein  27.2 
 
 
339 aa  85.9  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0251  periplasmic binding protein  24.8 
 
 
300 aa  85.9  8e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1923  periplasmic binding protein  24.23 
 
 
284 aa  85.5  9e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  27.92 
 
 
356 aa  85.1  0.000000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1547  ligand binding protein  28.37 
 
 
363 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  27.19 
 
 
296 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4774  periplasmic binding protein  24.22 
 
 
311 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.739783  normal  0.472075 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2792  periplasmic binding protein  27.03 
 
 
292 aa  84  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.912226 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  24.03 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  24 
 
 
317 aa  84  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2660  periplasmic binding protein  26.27 
 
 
318 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.166696  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2621  periplasmic binding protein  26.77 
 
 
299 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  24.57 
 
 
265 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  25.19 
 
 
289 aa  82.4  0.000000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1460  periplasmic binding protein  23.9 
 
 
300 aa  82.4  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.77673  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1523  periplasmic binding protein  28.23 
 
 
299 aa  82.4  0.000000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.137922  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0419  periplasmic binding protein  22.97 
 
 
318 aa  82.4  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.892372 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0867  periplasmic binding protein  26.79 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  27.88 
 
 
251 aa  81.6  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0844  periplasmic binding protein  26.79 
 
 
299 aa  80.5  0.00000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0840  periplasmic binding protein  26.44 
 
 
304 aa  80.1  0.00000000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.62088  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0647  periplasmic binding protein  26.96 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0632  periplasmic binding protein  26.96 
 
 
295 aa  79.7  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  26.69 
 
 
354 aa  79.3  0.00000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  23.85 
 
 
278 aa  79.3  0.00000000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0512  iron(III) dicitrate-binding protein  24.09 
 
 
314 aa  78.6  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.1381  normal  0.0960859 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1492  periplasmic binding protein  23.92 
 
 
284 aa  78.2  0.0000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.285572  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1178  vitamin B12-transporter protein BtuF  23.26 
 
 
275 aa  78.6  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  26.83 
 
 
255 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  22.95 
 
 
265 aa  78.2  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  29.06 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  26.7 
 
 
253 aa  77  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0266  iron compound ABC transporter, iron compound-binding protein, putative  28.74 
 
 
295 aa  76.6  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0274  periplasmic binding protein  19.38 
 
 
296 aa  76.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.880805  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  24.3 
 
 
303 aa  76.3  0.0000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  20.85 
 
 
278 aa  76.3  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1163  putative vitamin B12 transport protein BtuF  24.8 
 
 
294 aa  75.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.543729  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  22.81 
 
 
276 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>