More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0494 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0494  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
298 aa  616  1e-175  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4815  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  60.47 
 
 
299 aa  387  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681272  normal  0.324066 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3226  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  57.43 
 
 
300 aa  362  3e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2324  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  50.17 
 
 
297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.888846  normal  0.780097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3414  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  52.88 
 
 
303 aa  323  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1967  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.48 
 
 
308 aa  289  4e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.02 
 
 
305 aa  156  3e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1313  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.18 
 
 
276 aa  155  5.0000000000000005e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.89 
 
 
286 aa  150  2e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1255  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.98 
 
 
293 aa  150  2e-35  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.463201  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0589  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.19 
 
 
285 aa  145  1e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0766528  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
294 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  35.96 
 
 
294 aa  142  7e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1216  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.01 
 
 
296 aa  137  2e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.896826 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2507  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.68 
 
 
272 aa  136  4e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.97 
 
 
281 aa  136  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0588  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.8 
 
 
327 aa  136  5e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.749225 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.66 
 
 
285 aa  135  9e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.960229  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3287  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.88 
 
 
290 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2554  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.72 
 
 
292 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0551  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.84 
 
 
307 aa  132  6e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4291  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.43 
 
 
298 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.06 
 
 
294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.56 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.10972 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.82 
 
 
278 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.52 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1426  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.03 
 
 
288 aa  127  3e-28  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.41063  hitchhiker  0.00349813 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.1 
 
 
283 aa  126  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.75 
 
 
286 aa  126  5e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4174  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  28.69 
 
 
306 aa  125  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0328  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.71 
 
 
278 aa  124  2e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.32 
 
 
288 aa  124  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.38 
 
 
294 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.515711 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1381  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.91 
 
 
291 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.682696  hitchhiker  0.0000283984 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6598  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.4 
 
 
321 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.456488 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1563  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.27 
 
 
295 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.25531 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5752  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.4 
 
 
321 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6116  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.4 
 
 
321 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.220398 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2145  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
297 aa  122  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.292783  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.62 
 
 
280 aa  122  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0462  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.04 
 
 
304 aa  122  7e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.37 
 
 
280 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0091  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.15 
 
 
294 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.42855 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.27 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.19 
 
 
296 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0094  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.81 
 
 
294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.8 
 
 
294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1445  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.53 
 
 
283 aa  120  3e-26  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.84 
 
 
291 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3878  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.94 
 
 
304 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2538  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.87 
 
 
291 aa  118  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0436  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.68 
 
 
304 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0509  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  30.63 
 
 
301 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.62 
 
 
285 aa  119  9e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0254  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.85 
 
 
283 aa  118  9.999999999999999e-26  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000486675  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0452  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.94 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.07 
 
 
296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.96 
 
 
288 aa  117  3e-25  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0794  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.93 
 
 
294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  34.04 
 
 
284 aa  116  5e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000208207  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3531  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.17 
 
 
306 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3709  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.29 
 
 
309 aa  116  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.47 
 
 
461 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  28.33 
 
 
296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00990  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.14 
 
 
288 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.23 
 
 
281 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.08 
 
 
279 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7602  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.04 
 
 
314 aa  113  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0823  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  29.93 
 
 
294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.9 
 
 
281 aa  113  4.0000000000000004e-24  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.51 
 
 
285 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4446  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.6 
 
 
298 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0306  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.6 
 
 
283 aa  112  6e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0205  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.55 
 
 
313 aa  112  6e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1444  dTDP-4-keto-L-rhamnose reductase  33.68 
 
 
283 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.05 
 
 
297 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.35 
 
 
300 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.004454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.76 
 
 
277 aa  112  9e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3020  dTDP-6-deoxy-l-mannose-dehydrogenase  29.37 
 
 
293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.361116  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3653  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  26.4 
 
 
294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.41 
 
 
284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  27.12 
 
 
286 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1385  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.26 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.60749  hitchhiker  0.00125626 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  32.13 
 
 
287 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  31.67 
 
 
270 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.19 
 
 
270 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5849  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.28 
 
 
314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1063  hypothetical protein  29.93 
 
 
290 aa  110  3e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.71 
 
 
291 aa  110  3e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29 
 
 
281 aa  110  3e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.5 
 
 
333 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.351702 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0424  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  26.88 
 
 
306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.57 
 
 
298 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1750  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.74 
 
 
283 aa  109  6e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.963734 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6087  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  28.9 
 
 
317 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.25518  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1537  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  29.05 
 
 
275 aa  109  7.000000000000001e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00194378  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.08 
 
 
261 aa  108  8.000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>