More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0143 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0143  pseudouridylate synthase (ribosomal large subunit pseudouridine synthase B)  100 
 
 
562 aa  1118    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.303983 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4420  RNA-binding S4 domain protein  68.8 
 
 
638 aa  350  5e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3919  pseudouridine synthase  61.2 
 
 
555 aa  339  7e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  61.7 
 
 
472 aa  300  5e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1709  RNA-binding S4 domain protein  60.41 
 
 
387 aa  287  4e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.397798  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0430  hypothetical protein  57.44 
 
 
252 aa  280  6e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.877766 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1203  pseudouridine synthase  56.72 
 
 
516 aa  274  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0112543 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1384  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.85 
 
 
302 aa  234  3e-60  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176082  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00765  putative ribosomal large subunit pseudouridine synthase  46.49 
 
 
259 aa  207  3e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.385176  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1319  RNA-binding S4 domain protein  45.15 
 
 
268 aa  205  1e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.834019  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1688  pseudouridine synthase, Rsu  45.38 
 
 
250 aa  204  5e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0477  pseudouridine synthase  45.42 
 
 
254 aa  203  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  47.66 
 
 
248 aa  201  3.9999999999999996e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0494  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.48 
 
 
243 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0497  pseudouridine synthase  44.77 
 
 
247 aa  193  8e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.196452  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  46.38 
 
 
251 aa  191  2.9999999999999997e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  44.35 
 
 
309 aa  189  9e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  46.38 
 
 
252 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  45.11 
 
 
238 aa  185  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  41.13 
 
 
274 aa  182  2e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.64 
 
 
237 aa  181  2.9999999999999997e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
273 aa  177  5e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  42.44 
 
 
236 aa  177  6e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.53 
 
 
239 aa  176  9e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  44.07 
 
 
243 aa  176  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  39.92 
 
 
406 aa  175  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  43.64 
 
 
242 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  43.64 
 
 
243 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  44.07 
 
 
242 aa  174  3.9999999999999995e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  41.63 
 
 
271 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  38.75 
 
 
403 aa  174  5e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  38.24 
 
 
332 aa  174  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  42.37 
 
 
238 aa  173  6.999999999999999e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  39.61 
 
 
680 aa  172  1e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.68 
 
 
239 aa  172  1e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  38.72 
 
 
239 aa  172  2e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  43.22 
 
 
242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  171  4e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.03 
 
 
251 aa  171  4e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  43.22 
 
 
242 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  43.22 
 
 
242 aa  170  5e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  170  5e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  170  5e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
242 aa  170  5e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
264 aa  171  5e-41  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.7 
 
 
249 aa  169  9e-41  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1006  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.43 
 
 
237 aa  166  9e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  35.84 
 
 
694 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  42.92 
 
 
266 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  41.84 
 
 
241 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  39.92 
 
 
553 aa  165  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.63 
 
 
385 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.39 
 
 
236 aa  163  7e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  41.2 
 
 
384 aa  163  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.17 
 
 
255 aa  163  7e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  40.34 
 
 
274 aa  162  1e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.33 
 
 
240 aa  162  1e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  43.16 
 
 
266 aa  162  1e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.07 
 
 
355 aa  162  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  42.98 
 
 
236 aa  162  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.34 
 
 
244 aa  161  3e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  40.08 
 
 
255 aa  161  3e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
245 aa  161  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.1 
 
 
258 aa  161  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.95 
 
 
245 aa  161  4e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.1 
 
 
247 aa  160  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  38.82 
 
 
241 aa  160  5e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  39.41 
 
 
567 aa  160  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  41.53 
 
 
245 aa  158  2e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
253 aa  158  2e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  38.26 
 
 
239 aa  158  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  38.46 
 
 
322 aa  157  4e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  35.9 
 
 
621 aa  157  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40 
 
 
238 aa  157  5.0000000000000005e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  38.08 
 
 
624 aa  157  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  42.31 
 
 
239 aa  157  6e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  36.02 
 
 
296 aa  156  8e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
251 aa  156  9e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  39.42 
 
 
245 aa  156  1e-36  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.42 
 
 
249 aa  155  2e-36  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5425  pseudouridine synthase  41.32 
 
 
246 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.974125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  36.33 
 
 
235 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  39.57 
 
 
340 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  37.66 
 
 
332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  38.25 
 
 
256 aa  154  4e-36  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2830  pseudouridine synthase  39.57 
 
 
250 aa  154  5e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00016926  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  37.05 
 
 
263 aa  153  5.9999999999999996e-36  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  38.82 
 
 
265 aa  153  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5061  pseudouridine synthase  38.08 
 
 
259 aa  153  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0210858  normal  0.0392738 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  39.74 
 
 
240 aa  153  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  36.76 
 
 
279 aa  152  1e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  39.66 
 
 
230 aa  152  1e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  36.02 
 
 
329 aa  152  1e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  37.71 
 
 
254 aa  152  2e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  37.71 
 
 
284 aa  152  2e-35  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  38.56 
 
 
556 aa  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  40 
 
 
290 aa  151  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4054  pseudouridine synthase  37.61 
 
 
249 aa  151  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.51659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>