More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0079 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0079  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
63 aa  122  2e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3945  cold-shock DNA-binding domain protein  65 
 
 
67 aa  83.6  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0509422  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6389  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 
68 aa  81.3  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.113104  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08241  cold-shock DNA-binding domain protein  60.32 
 
 
64 aa  80.1  0.000000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3383  cold-shock DNA-binding domain protein  62.3 
 
 
198 aa  80.5  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.706051  normal  0.504445 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4008  cold-shock DNA-binding domain protein  62.5 
 
 
64 aa  80.1  0.000000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  61.9 
 
 
63 aa  79.3  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.801075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1732  Cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 
63 aa  77.8  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.477747  normal  0.0104533 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  58.73 
 
 
63 aa  77.8  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0668  cold-shock DNA-binding domain protein  62.3 
 
 
63 aa  76.3  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.138203 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12963  cold shock protein, putative DNA-binding protein  57.38 
 
 
63 aa  76.6  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189222  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2638  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0531949  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0530  Cold-shock protein DNA-binding  57.38 
 
 
63 aa  75.5  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000113602 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0895  cold-shock DNA-binding domain protein  55.56 
 
 
63 aa  74.7  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.164019 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0004  Cold-shock protein DNA-binding  55.56 
 
 
63 aa  73.6  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  58.33 
 
 
63 aa  72  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5157  cold-shock DNA-binding domain protein  52.38 
 
 
63 aa  72.4  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1247  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  53.12 
 
 
64 aa  67  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4054  cold-shock DNA-binding domain protein  53.33 
 
 
148 aa  65.9  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  51.52 
 
 
67 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0962  cold-shock DNA-binding protein family protein  51.72 
 
 
151 aa  63.2  0.000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  41.79 
 
 
67 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0273  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  41.79 
 
 
67 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0252  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.994476  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0262  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  58.2  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0555  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  47.76 
 
 
66 aa  58.2  0.00000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705321  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0273  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.91 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.355642 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0013  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  57.8  0.00000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4042  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
67 aa  57.4  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  46.27 
 
 
67 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.65 
 
 
68 aa  57  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3366  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4169  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.79 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.206868  normal  0.740799 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2061  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.131927 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4077  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  57  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.742445 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2202  cold-shock DNA-binding domain protein  40.3 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1185  cold-shock DNA-binding protein family protein  48.44 
 
 
69 aa  56.2  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5168  cold-shock DNA-binding domain protein  44.26 
 
 
147 aa  57  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.293289  hitchhiker  0.00537558 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0172  cold-shock DNA-binding domain protein  43.75 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000163048  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2863  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
67 aa  56.2  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104202  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0492  putative cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
67 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0527  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 
63 aa  56.2  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1892  cold-shock DNA-binding domain protein  43.28 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1388  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000202704  normal  0.239262 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3176  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.82 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
70 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  43.28 
 
 
70 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3292  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 
67 aa  55.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.0070619  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19390  cold-shock DNA-binding protein family  38.81 
 
 
67 aa  55.8  0.0000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.704539  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0752  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.94 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000576972  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.3 
 
 
67 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.28 
 
 
70 aa  55.1  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3184  cold-shock domain-contain protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2791  cold-shock domain-contain protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.827238  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0384  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3609  cold shock transcription regulator protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1465  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.359616  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
66 aa  55.1  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_010513  Xfasm12_1522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.31 
 
 
67 aa  55.5  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2936  cold-shock domain-contain protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5163  cold-shock DNA-binding domain protein  49.09 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160929  normal  0.551155 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  40.91 
 
 
69 aa  55.5  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  42.19 
 
 
69 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.38 
 
 
68 aa  55.1  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0948  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.360484  normal  0.128926 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  42.19 
 
 
69 aa  55.5  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.31 
 
 
89 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1750  cold-shock domain-contain protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3622  cold-shock domain-contain protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3598  CspE-related protein  38.81 
 
 
67 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164204  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0002  cold shock-like transcription regulator protein  42.42 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000106276  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  38.81 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 
68 aa  54.7  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2627  cold-shock DNA-binding domain protein  41.79 
 
 
66 aa  54.7  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0368791  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4023  cold-shock DNA-binding domain protein  37.31 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00477592 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4269  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  55.1  0.0000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 
67 aa  54.7  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.170049  decreased coverage  0.000196654 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4535  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  48.21 
 
 
68 aa  54.3  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  43.75 
 
 
69 aa  54.7  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3086  cold shock protein  50.91 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3123  cold-shock protein, DNA-binding  41.18 
 
 
67 aa  54.7  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0870951  normal  0.605091 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 
69 aa  54.7  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2780  cold-shock DNA-binding protein family protein  38.81 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000626517  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  41.54 
 
 
68 aa  54.7  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  43.75 
 
 
69 aa  54.7  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1055  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.3 
 
 
67 aa  54.7  0.0000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.481948  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1762  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.81 
 
 
67 aa  54.3  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760021 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3353  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 
67 aa  54.7  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0827794  hitchhiker  0.00618792 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>