More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0057 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_0057  lipoprotein  100 
 
 
174 aa  357  4e-98  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.438446  hitchhiker  0.00939156 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04820  hypothetical protein  35.45 
 
 
186 aa  113  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0670  NLP/P60 protein  40.65 
 
 
207 aa  110  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.160252 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2940  NLP/P60 protein  42.41 
 
 
265 aa  108  4.0000000000000004e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000104581  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2100  NLP/P60 protein  45.74 
 
 
302 aa  107  6e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.660776  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2940  NLP/P60 protein  38.46 
 
 
217 aa  103  9e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.284799  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1426  NLP/P60 protein  34.12 
 
 
165 aa  99.4  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2151  NLP/P60 protein  43.65 
 
 
424 aa  99.4  2e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000325506  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  40 
 
 
384 aa  98.6  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2161  NLP/P60 protein  32.16 
 
 
154 aa  96.7  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.854022 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3253  NLP/P60 protein  39.07 
 
 
257 aa  97.1  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000111899  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1628  NLP/P60 protein  38.17 
 
 
155 aa  96.3  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1734  NLP/P60 protein  32.54 
 
 
154 aa  95.5  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.183409 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1438  NlpC (ORF-17)  36.16 
 
 
154 aa  94.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0813186 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2002  putative lipoprotein nlpC  36.16 
 
 
154 aa  94.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.303201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1830  NlpC (ORF-17)  36.16 
 
 
154 aa  94.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1454  putative lipoprotein nlpC  36.16 
 
 
154 aa  94.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297729  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1471  hypothetical protein  36.16 
 
 
154 aa  94.7  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.235317  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4179  NLP/P60 protein  30.3 
 
 
168 aa  94.4  7e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0481386  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1388  NLP/P60  42.98 
 
 
303 aa  94  9e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297937  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1788  NlpC/P60 family lipoprotein  33.71 
 
 
154 aa  92.4  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2466  NLP/P60 protein  42.98 
 
 
162 aa  92  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.291366  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4200  NLP/P60 protein  36.64 
 
 
156 aa  91.7  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1927  NlpC/P60 family lipoprotein  33.71 
 
 
154 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00858399  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2426  lipoprotein, NlpC/P60 family  33.71 
 
 
154 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1482  NlpC/P60 family lipoprotein  33.71 
 
 
154 aa  91.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2772  NLP/P60 protein  32.96 
 
 
157 aa  90.9  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01677  predicted lipoprotein  38.02 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0294155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1934  NLP/P60 protein  38.02 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0636747  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1279  NLP/P60 protein  39.42 
 
 
150 aa  90.1  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01666  hypothetical protein  38.02 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0178073  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2683  NLP/P60 protein  35.16 
 
 
232 aa  90.1  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.65308e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1923  NLP/P60 protein  38.02 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.468553 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0897  NLP/P60 family protein  38.35 
 
 
231 aa  89.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.624146  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2104  NLP/P60  31.1 
 
 
217 aa  89.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.178668  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3121  NLP/P60 protein  35.16 
 
 
333 aa  90.1  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1912  lipoprotein, NlpC/P60 family  33.14 
 
 
154 aa  89  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1644  lipoprotein NlpC  40.62 
 
 
153 aa  88.6  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1732  NlpC/P60 family lipoprotein  37.6 
 
 
154 aa  88.2  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1838  NLP/P60 protein  37.6 
 
 
154 aa  88.2  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1344  NLP/P60 protein  32.39 
 
 
207 aa  88.2  5e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2605  NlpC/P60 family lipoprotein  37.6 
 
 
143 aa  88.2  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1657  NLP/P60 protein  34.35 
 
 
154 aa  87.8  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.983654  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2739  NLP/P60 protein  37.5 
 
 
216 aa  88.2  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.232039  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3368  NLP/P60 protein  35.92 
 
 
246 aa  87.4  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.776928  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2584  NLP/P60 protein  38.1 
 
 
205 aa  87.4  9e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.416294  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0396  NLP/P60 protein  39.26 
 
 
150 aa  87.4  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1158  NLP/P60 protein  36.29 
 
 
181 aa  87  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1825  lipoprotein NlpC  39.84 
 
 
152 aa  86.3  2e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1637  NLP/P60  40.77 
 
 
226 aa  86.3  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.58461  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3902  NLP/P60 protein  38.71 
 
 
171 aa  86.3  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0433  NLP/P60 protein  36 
 
 
245 aa  86.3  2e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.895953  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2476  NLP/P60 protein  36.09 
 
 
214 aa  85.5  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.188506  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0878  NLP/P60 protein  40 
 
 
246 aa  84.7  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00112829 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2639  NLP/P60 protein  37.86 
 
 
349 aa  85.1  5e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2585  NLP/P60 protein  39.55 
 
 
183 aa  84.7  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.364054  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0605  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  36.23 
 
 
370 aa  84.3  7e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000243263  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0480  NLP/P60 protein  37.4 
 
 
285 aa  84.3  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0218691  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1768  NLP/P60 protein  40.31 
 
 
325 aa  84  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2431  putative outer membrane lipoprotein  38.17 
 
 
191 aa  84  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1274  NLP/P60 protein  32.89 
 
 
207 aa  83.6  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.951335  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1247  putative cell-wall associated endopeptidase  38.4 
 
 
257 aa  84  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2074  NLP/P60 protein  34.62 
 
 
295 aa  84  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.591046  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1892  NLP/P60 protein  36 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2128  NLP/P60 protein  33.83 
 
 
235 aa  83.2  0.000000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00187925  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0199  NLP/P60 protein  31.25 
 
 
191 aa  83.2  0.000000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1659  hypothetical protein  32.95 
 
 
209 aa  82.8  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.255203  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0045  NlpC/P60 family domain protein  38.93 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000018046  normal  0.424193 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2028  NLP/P60 protein  32.4 
 
 
233 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5317  NLP/P60  37.25 
 
 
205 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.378858 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0791  cell wall-associated hydrolase (invasion-associated proteins)-like  37.31 
 
 
221 aa  82  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33170  NLP/P60 family lipoprotein  33.14 
 
 
173 aa  82  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0857869  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1159  NLP/P60 protein  46.15 
 
 
210 aa  82  0.000000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.944138  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4048  NLP/P60 protein  33.15 
 
 
177 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2273  NLP/P60 protein  36.07 
 
 
333 aa  81.6  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.543976  normal  0.489772 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3043  NLP/P60 protein  36.6 
 
 
274 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.166608  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1746  NLP/P60 protein  35.48 
 
 
203 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0896  NLP/P60 protein  37.82 
 
 
342 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000013444  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  34 
 
 
341 aa  81.6  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3365  NLP/P60 protein  37.82 
 
 
342 aa  81.3  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1606  NLP/P60 protein  32.95 
 
 
209 aa  81.3  0.000000000000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1250  NLP/P60 protein  31.64 
 
 
248 aa  80.9  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000552171  normal  0.790948 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0869  LysM domain/NLP/P60 family protein  38.66 
 
 
342 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0175  cell wall endopeptidase, family M23/M37  44.32 
 
 
1048 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.131665  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1705  NLP/P60 family protein  39.23 
 
 
242 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4465  NLP/P60 protein  35.38 
 
 
150 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.231412 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2335  putative outer membrane lipoprotein  36.64 
 
 
191 aa  80.5  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0063  NLP/P60 protein  35.09 
 
 
164 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.694655  hitchhiker  0.00200651 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0062  NLP/P60 protein  35.09 
 
 
154 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0696  PgdS peptidase. cysteine peptidase. MEROPS family C40  36.36 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4872  NLP/P60 protein  35.94 
 
 
183 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1169  NLP/P60:peptidoglycan-binding LysM  37.82 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000154936  normal  0.0379935 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1227  NLP/P60 protein  40.46 
 
 
214 aa  79.7  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1657  cell wall-associated hydrolase  31.84 
 
 
186 aa  79.7  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.388437  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2432  NLP/P60 protein  34.4 
 
 
391 aa  80.1  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0230  NLP/P60 protein  34.15 
 
 
188 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.382299 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  33.54 
 
 
338 aa  79.3  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3172  NLP/P60 protein  35.11 
 
 
335 aa  79  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4180  hypothetical protein  39.23 
 
 
193 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.000520752  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48800  hypothetical protein  34.02 
 
 
205 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.040428  hitchhiker  0.0000000044472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>