More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_1750 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  100 
 
 
253 aa  509  1e-143  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  77.95 
 
 
257 aa  412  1e-114  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  76.68 
 
 
257 aa  398  9.999999999999999e-111  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  70.87 
 
 
254 aa  376  1e-103  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  64.82 
 
 
253 aa  336  1.9999999999999998e-91  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000522631  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  64.82 
 
 
253 aa  335  2.9999999999999997e-91  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  65.22 
 
 
253 aa  336  2.9999999999999997e-91  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  63.64 
 
 
253 aa  331  6e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447983  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  54.66 
 
 
261 aa  286  2e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  50 
 
 
312 aa  251  8.000000000000001e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  33.99 
 
 
379 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.73 
 
 
398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  36.75 
 
 
317 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  33.77 
 
 
315 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
292 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  33.33 
 
 
292 aa  128  8.000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  32.39 
 
 
242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.77 
 
 
344 aa  127  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  34.05 
 
 
690 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.52 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  34.45 
 
 
417 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  34.63 
 
 
299 aa  126  3e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.61 
 
 
239 aa  126  3e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.77 
 
 
318 aa  125  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.77 
 
 
344 aa  125  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
242 aa  125  5e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  32.79 
 
 
251 aa  125  6e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  31.98 
 
 
242 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
268 aa  125  7e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
242 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  31.98 
 
 
242 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
242 aa  125  8.000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.77 
 
 
294 aa  125  9e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.77 
 
 
294 aa  125  9e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  31.98 
 
 
242 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.98 
 
 
242 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  31.84 
 
 
273 aa  124  1e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.85 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  31.33 
 
 
268 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.21 
 
 
296 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.13 
 
 
286 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  33.61 
 
 
587 aa  123  3e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.44 
 
 
290 aa  123  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  33.06 
 
 
554 aa  122  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  33.62 
 
 
293 aa  122  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.06 
 
 
380 aa  122  5e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  33.6 
 
 
322 aa  122  5e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  31.47 
 
 
680 aa  122  5e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 
291 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.48 
 
 
291 aa  122  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.06 
 
 
586 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  33.77 
 
 
290 aa  122  6e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  33.06 
 
 
572 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  33.06 
 
 
586 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  33.06 
 
 
572 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  33.06 
 
 
586 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  33.2 
 
 
243 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  33.05 
 
 
743 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  30.61 
 
 
274 aa  122  7e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.04 
 
 
291 aa  122  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  31.98 
 
 
242 aa  122  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.06 
 
 
502 aa  122  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  32.93 
 
 
289 aa  121  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  32.66 
 
 
626 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  33.06 
 
 
513 aa  121  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  32.33 
 
 
687 aa  121  9e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  32.81 
 
 
598 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  31.6 
 
 
289 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
615 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  32.75 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  33.06 
 
 
554 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  33.06 
 
 
554 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  33.06 
 
 
554 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  33.06 
 
 
554 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  32.33 
 
 
301 aa  120  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  33.06 
 
 
554 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.2 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.2 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.06 
 
 
588 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  32.75 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.2 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.2 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  33.2 
 
 
291 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  32.31 
 
 
287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
290 aa  120  3e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.2 
 
 
355 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.66 
 
 
633 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  32.13 
 
 
736 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  32 
 
 
382 aa  119  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  35.37 
 
 
312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  35.93 
 
 
312 aa  119  3.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.82 
 
 
631 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  34.51 
 
 
300 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  32.41 
 
 
594 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1401  pseudouridine synthase  31.1 
 
 
250 aa  119  6e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.288863  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>