More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_1741 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_1741  RNA pseudouridine synthase  100 
 
 
304 aa  626  1e-178  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1120  putative prophage LambdaCh01, recombination protein Bet  54.13 
 
 
305 aa  342  4e-93  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1893  disulfide isomerase  51.16 
 
 
307 aa  319  4e-86  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0022  RNA pseudouridylate synthase family protein  50.99 
 
 
300 aa  310  2e-83  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0049  RNA pseudouridine synthase family protein  50.33 
 
 
300 aa  306  4e-82  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  50.67 
 
 
300 aa  304  1e-81  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0024  RNA pseudouridine synthase family protein  49.67 
 
 
300 aa  301  1e-80  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1818  RNA pseudouridine synthase  45.77 
 
 
319 aa  275  5e-73  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0056  pseudouridine synthase  41.12 
 
 
302 aa  248  1e-64  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2094  pseudouridine synthase, RluD  39.8 
 
 
304 aa  225  7e-58  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0318  RluA  32.82 
 
 
299 aa  119  5e-26  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.264747  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0593  pseudouridine synthase, RluA family  26.72 
 
 
310 aa  117  2e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.070842  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0431  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.72 
 
 
319 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  28.73 
 
 
315 aa  116  6e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  31.78 
 
 
316 aa  114  2e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 
306 aa  113  5e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 
311 aa  112  9e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  33.18 
 
 
311 aa  112  1e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.33 
 
 
301 aa  111  1e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  28.45 
 
 
327 aa  112  1e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.74 
 
 
298 aa  111  2e-23  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  31.08 
 
 
315 aa  110  4e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  28.76 
 
 
319 aa  110  4e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  34.88 
 
 
339 aa  109  7e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.01 
 
 
296 aa  109  7e-23  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.84 
 
 
250 aa  108  9e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.05 
 
 
324 aa  108  9e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  24.45 
 
 
325 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.64 
 
 
296 aa  107  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2844  pseudouridine synthase, RluD  33.05 
 
 
324 aa  107  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.546073  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  31.44 
 
 
331 aa  107  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  29.73 
 
 
235 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  34.58 
 
 
315 aa  107  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.88 
 
 
315 aa  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.09224e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2643  pseudouridylate synthase  31.06 
 
 
273 aa  107  4e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.998826 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1115  pseudouridine synthase, RluA family  32.07 
 
 
321 aa  106  5e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.494763 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.12 
 
 
305 aa  106  5e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.49 
 
 
314 aa  106  6e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0972  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  26.97 
 
 
334 aa  105  7e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.05 
 
 
308 aa  105  7e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
305 aa  105  7e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  33.15 
 
 
305 aa  105  8e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.94 
 
 
250 aa  105  8e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4953  pseudouridine synthase, RluA family  30.95 
 
 
369 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.39 
 
 
304 aa  104  2e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.55 
 
 
320 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.49 
 
 
303 aa  104  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  28.33 
 
 
320 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2644  pseudouridine synthase  27.48 
 
 
279 aa  104  2e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263697  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  25.9 
 
 
352 aa  104  2e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.81 
 
 
305 aa  103  3e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  28.22 
 
 
305 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  25.23 
 
 
336 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.69 
 
 
304 aa  103  3e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  7.16198e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  28.22 
 
 
305 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  32.58 
 
 
310 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  30.94 
 
 
346 aa  103  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  30.43 
 
 
251 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.19 
 
 
333 aa  103  4e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 
312 aa  103  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  30.56 
 
 
426 aa  102  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  1.04546e-05 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
356 aa  102  6e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  30.77 
 
 
306 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  26.13 
 
 
352 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  30.98 
 
 
324 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  30.22 
 
 
306 aa  102  8e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0998  pseudouridine synthase, RluA family  27.44 
 
 
547 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.012801 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  36.11 
 
 
297 aa  101  1e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0259  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  32.24 
 
 
290 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1604  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.06 
 
 
318 aa  102  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.46 
 
 
329 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.51583e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 
407 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.64 
 
 
403 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.62 
 
 
323 aa  101  1e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.46 
 
 
329 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33477  DRAP deaminase  33.18 
 
 
585 aa  101  1e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.261571 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  26.33 
 
 
343 aa  101  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 
405 aa  102  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0175  pseudouridine synthase, RluA family  32.35 
 
 
318 aa  101  2e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  30.19 
 
 
224 aa  100  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1441  pseudouridine synthase  28.33 
 
 
258 aa  100  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0301733  normal  0.808281 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  30.07 
 
 
308 aa  100  2e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.33 
 
 
438 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2235  RluA family pseudouridine synthase  26.5 
 
 
313 aa  100  2e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.894524  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  30.12 
 
 
329 aa  101  2e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.47 
 
 
321 aa  101  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  33.95 
 
 
293 aa  100  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 
360 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  29.03 
 
 
334 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  30.51 
 
 
275 aa  100  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  26.47 
 
 
329 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  31.49 
 
 
402 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.04 
 
 
337 aa  100  3e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  31.49 
 
 
402 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  31.38 
 
 
234 aa  100  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl387  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase  33.51 
 
 
311 aa  100  3e-20  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  0.319286  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  30.51 
 
 
358 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0083  RluA family pseudouridine synthase  31.46 
 
 
389 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1813  RluA family pseudouridine synthase  31.46 
 
 
389 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.587957  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1084  RluA family pseudouridine synthase  31.46 
 
 
389 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.346306  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>