More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0003 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0003  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
356 aa  710  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0675072  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1851  DNA polymerase III subunit beta  60.85 
 
 
355 aa  428  1e-119  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2055  DNA polymerase III subunit beta  59.44 
 
 
355 aa  429  1e-119  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0002  DNA polymerase III subunit beta  56.5 
 
 
356 aa  376  1e-103  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0004  DNA polymerase III, beta subunit  50.99 
 
 
355 aa  356  3e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  2.63126e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0002  DNA polymerase III subunit beta  47.32 
 
 
355 aa  340  2e-92  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0002  DNA polymerase III subunit beta  48.17 
 
 
355 aa  334  1e-90  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0028  DNA polymerase III subunit beta  48.45 
 
 
355 aa  333  2e-90  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.207832  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0002  DNA polymerase III subunit beta  48.45 
 
 
355 aa  333  4e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.07 
 
 
355 aa  319  4e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  24.22 
 
 
373 aa  118  2e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.12 
 
 
372 aa  117  4e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.8 
 
 
376 aa  115  2e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.27 
 
 
373 aa  114  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0963  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
362 aa  110  3e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.245361  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.36 
 
 
373 aa  110  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.79 
 
 
373 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  23.81 
 
 
375 aa  108  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.11 
 
 
367 aa  107  3e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.79 
 
 
375 aa  106  5e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.52 
 
 
373 aa  106  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.52 
 
 
373 aa  106  7e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  23.69 
 
 
368 aa  106  7e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  23.12 
 
 
367 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.71 
 
 
368 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.84 
 
 
368 aa  103  5e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  24.58 
 
 
372 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.12 
 
 
372 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.05 
 
 
369 aa  102  8e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.73 
 
 
372 aa  102  9e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0036  DNA polymerase III, beta subunit  22.9 
 
 
377 aa  102  1e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.44 
 
 
366 aa  102  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.2 
 
 
375 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  24.6 
 
 
372 aa  101  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  22.87 
 
 
373 aa  101  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.4 
 
 
375 aa  100  3e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.39 
 
 
372 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.89 
 
 
367 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.35 
 
 
366 aa  100  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.2 
 
 
375 aa  99.8  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  22.28 
 
 
372 aa  99.4  8e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  22.49 
 
 
372 aa  99.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99.4  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.64 
 
 
366 aa  99  1e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  24.31 
 
 
366 aa  99  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.69 
 
 
372 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  23.96 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  23.96 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  25 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  23.96 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  23.96 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  23.96 
 
 
366 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.09 
 
 
366 aa  98.2  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  24.86 
 
 
366 aa  97.8  3e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  22.98 
 
 
372 aa  97.1  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  24.01 
 
 
371 aa  97.1  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0231  DNA polymerase III, beta subunit  25.61 
 
 
367 aa  96.7  5e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  8.74025e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  23.06 
 
 
367 aa  96.7  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  24.65 
 
 
366 aa  96.7  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  22.14 
 
 
372 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  22.14 
 
 
372 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  96.3  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.84 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  20.29 
 
 
367 aa  95.9  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.27 
 
 
367 aa  95.1  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.06 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  5.83688e-05 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  20.34 
 
 
368 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.49 
 
 
367 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  20.57 
 
 
367 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.51 
 
 
367 aa  95.1  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  23.78 
 
 
379 aa  94.7  2e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  20.57 
 
 
367 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  21.47 
 
 
366 aa  94.4  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  24.33 
 
 
374 aa  94.4  3e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  25.17 
 
 
366 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  25.17 
 
 
366 aa  94  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.17 
 
 
366 aa  94  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.02 
 
 
366 aa  94.4  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  22.07 
 
 
372 aa  93.6  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  23.87 
 
 
371 aa  94  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  21.59 
 
 
371 aa  93.6  4e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>