More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1809 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1809  pseudouridine synthase, Rsu:RNA-binding S4:pseudouridine synthase  100 
 
 
254 aa  513  1e-144  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.137789  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1885  putative peptide ABC transporter, permease protein  78.66 
 
 
257 aa  413  1e-114  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0639352  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1113  RNA-uridine isomerase  74.8 
 
 
257 aa  400  1e-111  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1750  RNA pseudouridine synthase  70.87 
 
 
253 aa  376  1e-103  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1878  RNA pseudouridylate synthase family protein  64.96 
 
 
253 aa  338  2.9999999999999998e-92  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0266462  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0003  RNA pseudouridine synthase family protein  64.57 
 
 
253 aa  335  3.9999999999999995e-91  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000522631  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0017  putative ribosomal pseudouridine synthase  64.57 
 
 
253 aa  333  1e-90  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2083  RNA pseudouridine synthase family protein  63.39 
 
 
253 aa  331  7.000000000000001e-90  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447983  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0065  RNA-binding S4 domain protein  56.28 
 
 
261 aa  298  8e-80  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0212  pseudouridine synthase, Rsu  51.21 
 
 
312 aa  265  8e-70  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  36.8 
 
 
736 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  36.21 
 
 
690 aa  133  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.47 
 
 
268 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.61 
 
 
290 aa  130  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  34.91 
 
 
687 aa  128  8.000000000000001e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  33.19 
 
 
680 aa  127  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  31.73 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.86 
 
 
332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  32.81 
 
 
268 aa  126  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.2 
 
 
398 aa  126  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  34.05 
 
 
743 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
242 aa  125  7e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
242 aa  125  7e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
242 aa  125  7e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  33.33 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  33.33 
 
 
242 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  34.33 
 
 
322 aa  124  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  33.6 
 
 
242 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  29.08 
 
 
255 aa  123  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1211  pseudouridine synthase  30.52 
 
 
243 aa  122  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.23 
 
 
291 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.23 
 
 
291 aa  122  7e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  31.6 
 
 
293 aa  121  9e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.93 
 
 
242 aa  121  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1258  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.16 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.919604  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.83 
 
 
291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.18 
 
 
355 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.15 
 
 
239 aa  120  1.9999999999999998e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32 
 
 
286 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000682568  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  29.71 
 
 
235 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  30.77 
 
 
379 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  28.92 
 
 
253 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  34.84 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  34.84 
 
 
292 aa  119  3.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  32.22 
 
 
287 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  29.87 
 
 
466 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  31.8 
 
 
312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  31.8 
 
 
312 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  31.6 
 
 
247 aa  119  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  33.62 
 
 
795 aa  118  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  32.11 
 
 
242 aa  117  9.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  31.2 
 
 
238 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  30.2 
 
 
273 aa  117  9.999999999999999e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  30.43 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  28.85 
 
 
553 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  32.53 
 
 
240 aa  116  3e-25  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.8 
 
 
239 aa  116  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  29.63 
 
 
271 aa  116  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.74 
 
 
620 aa  116  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0800  pseudouridine synthase family 1 protein  31.68 
 
 
321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  30.13 
 
 
288 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  30.83 
 
 
382 aa  115  6e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  30.3 
 
 
489 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  33.78 
 
 
784 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  29.64 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  29.64 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  31.62 
 
 
243 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  29.64 
 
 
291 aa  115  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  29.72 
 
 
237 aa  115  7.999999999999999e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  28.57 
 
 
274 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  31.08 
 
 
289 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  29.64 
 
 
291 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  29.64 
 
 
291 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  29.89 
 
 
344 aa  114  1.0000000000000001e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  31.45 
 
 
236 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  29.88 
 
 
290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  30.04 
 
 
290 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.49 
 
 
247 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  30 
 
 
417 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  30.3 
 
 
508 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1982  pseudouridine synthase  29.96 
 
 
268 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0844134  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  31.03 
 
 
372 aa  113  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2348  RNA pseudouridine synthase family protein  29.96 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.042137  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  27.42 
 
 
249 aa  113  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  29.89 
 
 
318 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  29.5 
 
 
344 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  32.68 
 
 
243 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  31.12 
 
 
236 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  31.45 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  30.95 
 
 
385 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  29.23 
 
 
289 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  30.83 
 
 
736 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  28.12 
 
 
274 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  31.14 
 
 
577 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  29.92 
 
 
298 aa  112  5e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  31.37 
 
 
317 aa  112  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000379641  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  26.69 
 
 
238 aa  112  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>