186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1669 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1669  membrane protein  100 
 
 
427 aa  868    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0246  membrane protein  46.91 
 
 
435 aa  386  1e-106  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1488  outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX)  44.55 
 
 
415 aa  366  1e-100  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000022561  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1772  outer membrane protein transport protein (ompp1/fadl/todx)  44.34 
 
 
413 aa  352  5e-96  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000672167  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.75 
 
 
405 aa  280  3e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1834  hypothetical protein  34.56 
 
 
413 aa  237  4e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0420265  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.24 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.7 
 
 
436 aa  120  7e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  26.33 
 
 
429 aa  119  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.64 
 
 
410 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.12 
 
 
413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.18 
 
 
428 aa  114  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.45 
 
 
412 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  25.97 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.14 
 
 
452 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  25.24 
 
 
407 aa  108  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.07 
 
 
450 aa  107  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.82 
 
 
420 aa  107  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  24.67 
 
 
437 aa  107  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.86 
 
 
422 aa  107  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  24.49 
 
 
415 aa  104  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  23.44 
 
 
422 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
449 aa  103  5e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.84 
 
 
449 aa  103  7e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
449 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.26 
 
 
451 aa  103  8e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25 
 
 
449 aa  103  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.02 
 
 
439 aa  102  1e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.79 
 
 
419 aa  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  24.15 
 
 
414 aa  101  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.72 
 
 
430 aa  101  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  24.06 
 
 
438 aa  100  5e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.11 
 
 
432 aa  100  7e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.37 
 
 
450 aa  100  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.47 
 
 
424 aa  99.8  9e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  24 
 
 
429 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.04 
 
 
400 aa  99.4  1e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.2 
 
 
453 aa  99.4  1e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.61 
 
 
364 aa  98.2  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  23.15 
 
 
429 aa  98.2  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  22.36 
 
 
424 aa  97.4  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  23.74 
 
 
445 aa  97.8  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  26.14 
 
 
417 aa  97.1  5e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  27.4 
 
 
419 aa  97.1  6e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.38 
 
 
449 aa  96.7  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.11 
 
 
458 aa  96.7  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.2 
 
 
404 aa  96.7  8e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.26 
 
 
424 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.63 
 
 
427 aa  96.3  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.61 
 
 
416 aa  96.3  9e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.36 
 
 
430 aa  95.9  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.7 
 
 
423 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.52 
 
 
450 aa  95.5  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.92 
 
 
448 aa  95.1  2e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.92 
 
 
448 aa  94.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0351  outer membrane protein transport protein  25.61 
 
 
407 aa  94  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0140181  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5070  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.21 
 
 
437 aa  94.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0344553 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  24.53 
 
 
414 aa  93.6  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.39 
 
 
450 aa  93.2  8e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  23.58 
 
 
405 aa  92.8  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.56 
 
 
415 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.22 
 
 
426 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.98 
 
 
420 aa  91.3  3e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  24.94 
 
 
464 aa  90.1  6e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.17 
 
 
421 aa  90.1  7e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.61 
 
 
451 aa  90.1  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.87 
 
 
421 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  21.35 
 
 
406 aa  89.4  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.46 
 
 
450 aa  89.4  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.68 
 
 
429 aa  89  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.65 
 
 
401 aa  89  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1252  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.88 
 
 
446 aa  88.6  2e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000958296  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.04 
 
 
442 aa  87.8  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.23 
 
 
401 aa  87.8  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  23.13 
 
 
409 aa  87.4  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.63 
 
 
421 aa  87  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  25.62 
 
 
424 aa  87  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  25.67 
 
 
427 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.46 
 
 
450 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.15 
 
 
428 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.94 
 
 
421 aa  84.7  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  25.06 
 
 
453 aa  84.7  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.94 
 
 
421 aa  84  0.000000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  24.94 
 
 
421 aa  84  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.57 
 
 
415 aa  83.6  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  22.76 
 
 
432 aa  83.6  0.000000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  23.89 
 
 
417 aa  82.8  0.000000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.12 
 
 
407 aa  82  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.05 
 
 
442 aa  81.6  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  24.28 
 
 
412 aa  80.5  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.49 
 
 
400 aa  80.9  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1000  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.69 
 
 
402 aa  80.1  0.00000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.768268  hitchhiker  0.00646641 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  23.48 
 
 
448 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  23.48 
 
 
446 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.46 
 
 
431 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25 
 
 
437 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  23.48 
 
 
448 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.08 
 
 
459 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.92 
 
 
430 aa  78.2  0.0000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.61 
 
 
434 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>