More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_13243 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_13243  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 244 aa  495  1e-139  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0236  pseudouridine synthase  66.81 
 
 		 272 aa  327  7e-89  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1204  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  62.55 
 
 		 240 aa  306  2.0000000000000002e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.501525  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_14081  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  63.98 
 
 		 240 aa  298  4e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.484902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0601  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  63.98 
 
 		 240 aa  298  4e-80  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.624758  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1235  pseudouridine synthase  60.42 
 
 		 248 aa  295  4e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176862  normal  0.0316242 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_12541  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  64.83 
 
 		 240 aa  292  3e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.558344  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1646  pseudouridine synthase, Rsu  58.61 
 
 		 317 aa  288  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01258  pseudouridylate synthase  60.52 
 
 		 384 aa  286  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12611  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal small subunit  64.65 
 
 		 240 aa  285  4e-76  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.594453  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_12681  pseudouridine synthase, Rsu  63.89 
 
 		 240 aa  284  8e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.850167  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004196  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  60.52 
 
 		 385 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00815873  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  58.47 
 
 		 314 aa  281  6.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.514849  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1816  pseudouridine synthase family 1 protein  58.47 
 
 		 340 aa  280  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01765  RNA pseudouridine synthase family protein  57.96 
 
 		 248 aa  277  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00504065  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2613  RNA pseudouridine synthase family protein  56.49 
 
 		 298 aa  276  3e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0916  RNA pseudouridine synthase family protein  57.85 
 
 		 314 aa  275  6e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2299  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  56.9 
 
 		 298 aa  273  1.0000000000000001e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2242  pseudouridine synthase  56.85 
 
 		 318 aa  273  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2938  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.43 
 
 		 355 aa  273  2.0000000000000002e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.367273  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3815  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.42 
 
 		 332 aa  271  7e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1748  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.04 
 
 		 309 aa  270  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6011  pseudouridine synthase  53.28 
 
 		 389 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0603  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.56 
 
 		 293 aa  260  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.10967  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2928  pseudouridine synthase  57.08 
 
 		 477 aa  260  1e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3069  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.62 
 
 		 290 aa  258  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2990  23S rRNA pseudouridine synthase F  53.62 
 
 		 290 aa  258  5.0000000000000005e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0226  23S rRNA pseudouridine synthase F  56.96 
 
 		 289 aa  254  6e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.387458  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4604  23S rRNA pseudouridine synthase F  58.05 
 
 		 289 aa  255  6e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4566  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  8e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5500  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  8e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4008  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  8e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.098553 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4258  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.520843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4483  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  9e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.429263 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4525  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.45 
 
 		 290 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4444  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.87 
 
 		 289 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0855  23S rRNA pseudouridine synthase F  54.63 
 
 		 332 aa  253  1.0000000000000001e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.532937 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03894  23S rRNA pseudouridine synthase  57.02 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3975  pseudouridine synthase  57.02 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03854  hypothetical protein  57.02 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4530  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.87 
 
 		 289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.115437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4528  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.87 
 
 		 289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.358582 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4405  23S rRNA pseudouridine synthase F  57.87 
 
 		 289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.15276 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3854  pseudouridine synthase  52.1 
 
 		 348 aa  252  3e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0908  23S rRNA pseudouridine synthase F  52.77 
 
 		 328 aa  252  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.500296  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2221  RNA pseudouridylate synthase  56.09 
 
 		 238 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2160  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  56.09 
 
 		 238 aa  248  5e-65  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.28876  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2144  tRNA pseudouridine synthase A  56.09 
 
 		 238 aa  248  5e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2386  RNA pseudouridine synthase family protein  56.09 
 
 		 238 aa  248  5e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2403  RNA pseudouridine synthase family protein  56.39 
 
 		 235 aa  248  9e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2488  RNA pseudouridine synthase family protein  56.39 
 
 		 235 aa  248  9e-65  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.970242  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2417  RNA pseudouridylate synthase family protein  55.65 
 
 		 238 aa  246  2e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2192  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.39 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.731966  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3971  23S rRNA pseudouridine synthase F  55.74 
 
 		 286 aa  246  2e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2974  RNA pseudouridine synthase family protein  55.95 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.462691 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2353  RNA pseudouridine synthase family protein  55.95 
 
 		 235 aa  246  3e-64  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0577  RNA pseudouridine synthase family protein  50.65 
 
 		 229 aa  242  5e-63  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4664  RNA pseudouridine synthase family protein  51.54 
 
 		 229 aa  240  1e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000338172 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4284  pseudouridylate synthase  51.54 
 
 		 229 aa  240  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0782  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  51.45 
 
 		 324 aa  239  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.168526  normal  0.0685581 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4674  RNA pseudouridylate synthase family protein  51.54 
 
 		 229 aa  238  6.999999999999999e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4295  tRNA pseudouridine synthase A  51.54 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.502862  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4677  RNA pseudouridine synthase family protein  50.66 
 
 		 229 aa  237  1e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4446  RNA pseudouridylate synthase  51.1 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4661  RNA pseudouridine synthase family protein  50.22 
 
 		 229 aa  236  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.636337  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4792  RNA pseudouridine synthase family protein  51.1 
 
 		 229 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3586  pseudouridine synthase  48.55 
 
 		 266 aa  234  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.280598  normal  0.134237 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4379  pseudouridine synthase  49.34 
 
 		 229 aa  232  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3238  pseudouridine synthase  51.52 
 
 		 229 aa  227  1e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.643571  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1151  RNA pseudouridine synthase family protein  48.93 
 
 		 228 aa  217  1e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000576228  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0987  ribosomal large subunit pseudouridine synthase f  48.5 
 
 		 228 aa  216  2.9999999999999998e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1228  pseudouridine synthase  47.41 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.481726  normal  0.0793814 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  46.12 
 
 		 240 aa  204  8e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0944  pseudouridine synthase, Rsu  43.35 
 
 		 261 aa  193  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000200951  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0685  pseudouridine synthase, Rsu  38.1 
 
 		 238 aa  169  3e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.301358  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0058  pseudouridine synthase  40.79 
 
 		 241 aa  169  5e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3582  pseudouridine synthase  39.5 
 
 		 236 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.299626 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0952  pseudouridine synthase, Rsu  37.45 
 
 		 236 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.823269  normal  0.19606 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3461  pseudouridine synthase  37.8 
 
 		 242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0498  RNA-binding S4 domain protein  38.66 
 
 		 472 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0441  pseudouridine synthase  36.91 
 
 		 248 aa  162  5.0000000000000005e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00343055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0916  pseudouridine synthase, Rsu  37.02 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.659376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0902  pseudouridine synthase  37.82 
 
 		 236 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  37.1 
 
 		 274 aa  159  3e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3180  pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 238 aa  159  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0917  pseudouridine synthase, Rsu  35.83 
 
 		 241 aa  157  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.81174 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0922  pseudouridine synthase  37.08 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3385  pseudouridine synthase  36.59 
 
 		 242 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1367  pseudouridine synthase  38.7 
 
 		 228 aa  156  2e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1997  pseudouridine synthase  35.78 
 
 		 252 aa  157  2e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1834  ribosomal large subunit pseudouridine synthase F  41.07 
 
 		 281 aa  156  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.954651  normal  0.0468047 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  37.71 
 
 		 309 aa  155  4e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 553 aa  155  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  35.02 
 
 		 253 aa  154  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 236 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3873  pseudouridine synthase  35.66 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00341682 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  37.55 
 
 		 237 aa  150  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  40.6 
 
 		 236 aa  151  1e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0542  pseudouridine synthase, Rsu  33.62 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  38.63 
 
 		 251 aa  150  2e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>