291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_12593 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_12593  repressor protein  100 
 
 
67 aa  134  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0313  transcriptional regulator, XRE family  56.06 
 
 
66 aa  78.2  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.834607 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  50.79 
 
 
67 aa  72.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1167  XRE family transcriptional regulator  51.52 
 
 
71 aa  70.9  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1381  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5278  DNA-binding protein  53.23 
 
 
66 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1178  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.826744  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5291  DNA-binding protein  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5023  DNA-binding protein  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5261  DNA-binding protein  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4853  DNA-binding protein; transcriptional regulator  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1341  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.4555000000000005e-25 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1153  transcriptional regulator  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4868  DNA-binding protein; transcriptional regulator  53.23 
 
 
68 aa  70.5  0.000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4029  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.131881 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1419  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1315  DNA-binding protein  51.52 
 
 
69 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5336  DNA-binding protein  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5404  DNA-binding protein  53.23 
 
 
70 aa  70.1  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4967  XRE family transcriptional regulator  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  53.23 
 
 
65 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 
65 aa  68.6  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4364  transcriptional regulator protein-like protein  51.67 
 
 
78 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1159  transcriptional regulator  50 
 
 
80 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2424  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 
66 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.21455  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1416  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 
77 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.239445  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1885  transcriptional regulator, XRE family  46.97 
 
 
68 aa  68.6  0.00000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000259455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3732  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
63 aa  68.2  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00268378  normal  0.0189941 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4745  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
77 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0138  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 
69 aa  67.4  0.00000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0315145  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3627  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1983  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
64 aa  66.6  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.418857  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 
69 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
69 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3714  XRE family transcriptional regulator  50.82 
 
 
65 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  47.69 
 
 
67 aa  66.2  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2033  hypothetical protein  50.79 
 
 
64 aa  66.2  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0408  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
63 aa  65.9  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1271  DNA-binding protein  53.33 
 
 
65 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0363  transcriptional regulator  43.08 
 
 
68 aa  65.1  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 
71 aa  65.1  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5169  DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0501  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
68 aa  64.7  0.0000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.60564  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 
74 aa  64.3  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0037  hypothetical protein  43.94 
 
 
68 aa  64.3  0.0000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  48.33 
 
 
64 aa  64.3  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1666  XRE family transcriptional regulator  46.88 
 
 
64 aa  63.9  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4739  DNA-binding protein  47.76 
 
 
73 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4758  DNA-binding protein  47.76 
 
 
73 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0571449  n/a   
 
 
-
 
NC_007322  GBAA_pXO1_0060  DNA-binding protein  48.39 
 
 
65 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1833  transcriptional regulator  44.44 
 
 
65 aa  63.9  0.0000000007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000852884  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0292  XRE family transcriptional regulator  47.62 
 
 
63 aa  63.9  0.0000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0075  DNA-binding protein  48.39 
 
 
73 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4895  DNA-binding protein  47.76 
 
 
73 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5139  DNA-binding protein  47.76 
 
 
73 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4855  XRE family transcriptional regulator  47.76 
 
 
73 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5175  DNA-binding protein  48.39 
 
 
73 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5184  DNA-binding protein  48.39 
 
 
73 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1025  putative transcriptional regulator  45 
 
 
68 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0094  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 
70 aa  63.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1655  transcriptional regulator, XRE family  49.18 
 
 
81 aa  62.8  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10830  transcriptional regulator  46.88 
 
 
64 aa  62.8  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.213201  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2992  hypothetical protein  54.55 
 
 
67 aa  63.5  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.169879  hitchhiker  0.00733208 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3339  transcriptional regulator  40.3 
 
 
68 aa  63.2  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00325115  hitchhiker  0.00415733 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1149  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
69 aa  63.2  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5270  DNA-binding protein  47.76 
 
 
79 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1677  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 
72 aa  63.2  0.000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4511  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
64 aa  63.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.11449  normal  0.768311 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11150  putative transcriptional regulator  45 
 
 
68 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00242881  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1120  DNA-binding protein  48.33 
 
 
69 aa  63.5  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1630  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 
63 aa  62.8  0.000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1649  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
69 aa  62  0.000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.287153  hitchhiker  0.00253502 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3240  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
66 aa  62  0.000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1517  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 
73 aa  61.6  0.000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.449113  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0169  Cro/CI family transcriptional regulator  42.42 
 
 
68 aa  61.2  0.000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0106537  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2151  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 
64 aa  61.6  0.000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.194811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  47.62 
 
 
374 aa  61.6  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3903  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 
64 aa  61.2  0.000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.009018  normal  0.0135287 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1573  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 
63 aa  61.2  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
69 aa  61.2  0.000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1472  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 
69 aa  60.8  0.000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  decreased coverage  0.000374742  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3410  transcriptional regulator, XRE family protein  45 
 
 
64 aa  60.8  0.000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 
63 aa  60.8  0.000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1982  transcriptional regulator  42.42 
 
 
66 aa  60.5  0.000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4055  molybdate metabolism transcriptional regulator  47.54 
 
 
377 aa  60.5  0.000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182658  normal  0.26319 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4290  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 
70 aa  60.5  0.000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34926  normal  0.146409 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0737  transcriptional regulator, XRE family  45.31 
 
 
65 aa  59.7  0.00000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  45.9 
 
 
376 aa  60.1  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0689  XRE family transcriptional regulator  42.62 
 
 
63 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285509  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  42.86 
 
 
377 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
71 aa  59.7  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0407  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  decreased coverage  0.000097753  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0397  XRE family transcriptional regulator  40.91 
 
 
67 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000557711  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3853  XRE family molybdate metabolism transcriptional regulator  44.44 
 
 
377 aa  58.9  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.593506  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0524  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 
67 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.138157  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1719  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
65 aa  59.3  0.00000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1613  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
71 aa  58.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.307047 
 
 
-
 
NC_002936  DET1338  DNA-binding protein  41.67 
 
 
69 aa  58.2  0.00000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0029  Cro/CI family transcriptional regulator  38.81 
 
 
67 aa  58.2  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.735967  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  51.67 
 
 
72 aa  58.5  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>