More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_06730 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 
244 aa  503  1e-141  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  55.79 
 
 
249 aa  277  1e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  53.56 
 
 
244 aa  271  6e-72  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1671  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  49.38 
 
 
244 aa  255  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  47.77 
 
 
246 aa  244  1e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  46.94 
 
 
247 aa  243  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  9.85519e-05 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  44.53 
 
 
257 aa  224  1e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  41.87 
 
 
247 aa  220  2e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  41.46 
 
 
249 aa  204  1e-51  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  39.92 
 
 
280 aa  172  3e-42  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 
280 aa  167  2e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  37.21 
 
 
278 aa  163  2e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 
279 aa  162  4e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  37.6 
 
 
271 aa  158  7e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 
288 aa  152  3e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 
291 aa  149  3e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.58 
 
 
284 aa  146  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.6 
 
 
273 aa  145  5e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  34.34 
 
 
289 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
287 aa  143  3e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  37.7 
 
 
268 aa  141  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  37.7 
 
 
268 aa  141  9e-33  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 
286 aa  139  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
277 aa  139  5e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  4.96147e-05 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
277 aa  139  6e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 
271 aa  138  9e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 
277 aa  138  9e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  36.12 
 
 
284 aa  137  1e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  34.77 
 
 
277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 
277 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  31.5 
 
 
283 aa  137  2e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.86 
 
 
277 aa  136  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 
277 aa  135  4e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  36.61 
 
 
271 aa  136  4e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  33.07 
 
 
273 aa  135  5e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 
277 aa  135  6e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 
308 aa  135  7e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.12 
 
 
277 aa  135  7e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
290 aa  135  7e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  32.55 
 
 
277 aa  134  1e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 
286 aa  133  3e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  34.09 
 
 
286 aa  133  3e-30  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 
277 aa  132  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  1.34489e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  32.7 
 
 
298 aa  131  1e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  35.18 
 
 
295 aa  131  1e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  36.11 
 
 
269 aa  130  1e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 
297 aa  130  2e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2066  shikimate 5-dehydrogenase  31.82 
 
 
283 aa  127  2e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.06 
 
 
298 aa  127  2e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  34.22 
 
 
288 aa  127  2e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  34.46 
 
 
296 aa  127  2e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 
279 aa  126  3e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.24 
 
 
275 aa  125  4e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 
276 aa  125  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  32.53 
 
 
279 aa  124  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 
293 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0708  shikimate dehydrogenase  29.59 
 
 
295 aa  123  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  30.68 
 
 
289 aa  122  4e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.6 
 
 
290 aa  122  6e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 
297 aa  122  7e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  31.85 
 
 
301 aa  121  1e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  28.08 
 
 
298 aa  120  2e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  37.63 
 
 
256 aa  120  2e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  28.08 
 
 
298 aa  120  2e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  29.77 
 
 
293 aa  119  5e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  30.89 
 
 
280 aa  119  5e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 
288 aa  117  2e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  1.41391e-11 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 
288 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 
288 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.8 
 
 
294 aa  115  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  28.04 
 
 
315 aa  113  2e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  32.54 
 
 
269 aa  113  2e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1590  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 
276 aa  114  2e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.494855  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  28.41 
 
 
290 aa  114  2e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.11 
 
 
311 aa  113  3e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0120  shikimate 5-dehydrogenase  29.69 
 
 
296 aa  112  4e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.115547  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 
298 aa  112  4e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 
271 aa  112  4e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2790  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 
280 aa  112  6e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  32.68 
 
 
289 aa  112  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  29.64 
 
 
276 aa  112  7e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  36.4 
 
 
436 aa  112  7e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  35.37 
 
 
296 aa  111  1e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  32.71 
 
 
285 aa  109  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  34.83 
 
 
284 aa  109  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  29.55 
 
 
279 aa  109  4e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  30.69 
 
 
283 aa  109  4e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  28.72 
 
 
322 aa  109  4e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  33.76 
 
 
289 aa  109  4e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.57 
 
 
286 aa  108  6e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  32.3 
 
 
295 aa  108  7e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  36.82 
 
 
292 aa  108  7e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  28.03 
 
 
289 aa  108  8e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  30 
 
 
311 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  27.92 
 
 
289 aa  107  1e-22  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  27.45 
 
 
301 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  30.32 
 
 
295 aa  107  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 
284 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 
279 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>