More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_06115 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_06115  hypothetical protein  100 
 
 
186 aa  377  1e-104  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2512  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.84 
 
 
189 aa  219  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.36787  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5958  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.41 
 
 
189 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0703891  normal  0.0596228 
 
 
-
 
NC_002950  PG1963  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.95 
 
 
191 aa  192  2e-48  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0855  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.85 
 
 
188 aa  186  2e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0416487 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1671  SUA5/yciO/yrdC domain protein  46.59 
 
 
185 aa  182  3e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0901  translation factor SUA5  33.97 
 
 
367 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0835  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.95 
 
 
213 aa  107  8.000000000000001e-23  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000200463  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.08 
 
 
341 aa  105  3e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_739  translation factor SUA5  30.06 
 
 
213 aa  101  7e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000652312  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  27.5 
 
 
350 aa  99.8  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.38 
 
 
338 aa  99.4  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002065  YrdC family protein  34.9 
 
 
185 aa  99.4  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.694724  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0754  translation factor SUA5  28.88 
 
 
213 aa  97.1  1e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00690198  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1246  putative translation factor (SUA5)  35.06 
 
 
334 aa  97.1  1e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.377442  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04048  Sua5/YciO/YrdC family protein  29.82 
 
 
187 aa  96.7  2e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1975  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.41 
 
 
190 aa  95.5  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.213074  normal  0.800217 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0641  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.69 
 
 
209 aa  95.1  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00392606  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.57 
 
 
350 aa  94.7  6e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.57 
 
 
350 aa  94.7  6e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.01 
 
 
348 aa  94.7  7e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00240  hypothetical protein  34.21 
 
 
185 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.56 
 
 
328 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2103  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.93 
 
 
186 aa  92.8  2e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.345955  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0759  putative Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.35 
 
 
337 aa  93.6  2e-18  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0083  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.37 
 
 
186 aa  92.8  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00103971  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  27.56 
 
 
328 aa  92.8  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00384  translation factor  31.32 
 
 
185 aa  92.8  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2328  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.43 
 
 
191 aa  93.2  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.93 
 
 
354 aa  92.8  3e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00200  RNA binding yrdC protein  27.87 
 
 
185 aa  92.4  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0077597  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1870  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  25.15 
 
 
209 aa  91.7  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1564  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.49 
 
 
204 aa  92  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.034899999999999e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1440  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.86 
 
 
183 aa  91.7  6e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1935  hypothetical protein  25.15 
 
 
209 aa  91.7  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1808  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.78 
 
 
223 aa  91.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.21 
 
 
335 aa  91.3  8e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0037  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.11 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0032  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.11 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.11 
 
 
188 aa  90.9  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000077729 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.63 
 
 
335 aa  90.1  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1596  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.07 
 
 
203 aa  90.1  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2168  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.38 
 
 
207 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.426518  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3730  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.9 
 
 
185 aa  89.4  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0238268  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0029  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.11 
 
 
188 aa  89.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.864856  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.38 
 
 
207 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2116  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  28.26 
 
 
235 aa  89  3e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.839718  normal  0.0783676 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3714  putative ribosome maturation factor  30.38 
 
 
200 aa  89  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0011772  normal  0.0258765 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0732  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  26.44 
 
 
185 aa  89.4  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1688  translation factor SUA5  28.74 
 
 
231 aa  89.4  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.185545  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0024  translation factor SUA5  30.22 
 
 
191 aa  89  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.56 
 
 
354 aa  89.4  3e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0023  hypothetical protein  32.89 
 
 
185 aa  89  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.841685  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1234  translation factor SUA5  29.28 
 
 
198 aa  89.4  3e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.559123  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  27.16 
 
 
364 aa  88.6  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0029  SUA5/yciO/yrdC-like protein  30.54 
 
 
188 aa  89  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00284591  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03133  predicted ribosome maturation factor  29.31 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00993988  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0431  SUA5/yciO/yrdC domain protein  29.31 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000149236  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0431  putative ribosome maturation factor  29.31 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000651725  hitchhiker  0.00293146 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03084  hypothetical protein  29.31 
 
 
190 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.017933  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3476  putative ribosome maturation factor  29.31 
 
 
205 aa  88.6  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000439267  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0360  SUA5/yciO/yrdC domain protein  30.97 
 
 
190 aa  88.2  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00353678  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3592  SUA5/yciO/yrdC domain  28.41 
 
 
196 aa  88.2  6e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.423964  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0579  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.33 
 
 
195 aa  88.2  6e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3785  SUA5/yciO/yrdC domain protein  30.77 
 
 
189 aa  88.2  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000349894  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0036  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.56 
 
 
188 aa  88.2  7e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000121984 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  25.99 
 
 
351 aa  88.2  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0067  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.21 
 
 
338 aa  87.8  8e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0048533  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0134  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.22 
 
 
193 aa  87.8  8e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.17546 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4605  putative ribosome maturation factor  29.48 
 
 
190 aa  87.8  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00037483  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21600  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.11 
 
 
202 aa  87.4  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.695386  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3578  putative ribosome maturation factor  29.05 
 
 
190 aa  87  1e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000356689  normal  0.210928 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3964  SUA5/yciO/yrdC domain protein  30.06 
 
 
189 aa  87  1e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0237739  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3667  putative ribosome maturation factor  29.05 
 
 
205 aa  87  1e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000309494  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0029  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  28.81 
 
 
188 aa  87.4  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.480067  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  26.29 
 
 
366 aa  87  1e-16  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0844  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  30.77 
 
 
218 aa  87.4  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.021666 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3765  putative ribosome maturation factor  29.05 
 
 
205 aa  87  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000551499  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  28.48 
 
 
328 aa  87  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0037  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.28 
 
 
187 aa  86.3  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1595  translation factor SUA5  29.19 
 
 
203 aa  87  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000829536  normal  0.144642 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0347  SUA5/yciO/yrdC-like protein  29.31 
 
 
180 aa  86.7  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0034  translation factor SUA5  30.56 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.12599  hitchhiker  0.00900731 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0032  translation factor SUA5  30.56 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.86833  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2120  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.26 
 
 
204 aa  87  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.781433  hitchhiker  0.000757724 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.5 
 
 
348 aa  86.7  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0046  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  31.29 
 
 
190 aa  86.3  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.98 
 
 
362 aa  86.3  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0070  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.89 
 
 
185 aa  85.9  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0492893  hitchhiker  0.00000766437 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0460  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.14 
 
 
198 aa  86.3  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  27.39 
 
 
327 aa  85.5  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4181  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.05 
 
 
343 aa  85.5  4e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000833844  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  25.28 
 
 
316 aa  85.5  4e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0028  SUA5/yciO/yrdC-like  34.56 
 
 
187 aa  85.5  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0086  SUA5/yciO/yrdC domain-containing protein  29.89 
 
 
185 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.592452 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3769  putative ribosome maturation factor  30.06 
 
 
190 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.124598  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3599  putative ribosome maturation factor  30.06 
 
 
190 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165088  normal  0.792171 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3598  putative ribosome maturation factor  30.06 
 
 
190 aa  85.1  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000392621  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3463  translation factor SUA5  31.39 
 
 
211 aa  85.1  5e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0993793  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2466  Sua5/YciO/YrdC family protein  28.93 
 
 
188 aa  85.1  5e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00622558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>