More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03320 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_03320  putative DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 
390 aa  816    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0985  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  57.85 
 
 
382 aa  460  9.999999999999999e-129  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1239  DNA polymerase III subunit delta'  52.12 
 
 
373 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3272  DNA polymerase III gamma/tau subunit  36.29 
 
 
372 aa  246  4e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0875  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  35.26 
 
 
379 aa  239  5.999999999999999e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6089  DNA polymerase III gamma/tau subunits-like protein  35.17 
 
 
371 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0075  DNA polymerase III gamma/tau subunit  36.6 
 
 
382 aa  231  2e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0491  DNA polymerase III gamma/tau subunit  33.51 
 
 
375 aa  221  9.999999999999999e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0932  DNA polymerase III, delta prime subunit, putative  33.24 
 
 
416 aa  218  1e-55  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.1978 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0634  hypothetical protein  30.41 
 
 
381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2254  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.41 
 
 
391 aa  142  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0268836  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1692  DNA polymerase III, gamma/tau subunits  25 
 
 
321 aa  108  2e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1947  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.33 
 
 
331 aa  108  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.497646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1664  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.05 
 
 
327 aa  106  5e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.988179  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2589  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.26 
 
 
344 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000288191 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3154  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.86 
 
 
320 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000590012  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1785  DNA polymerase III subunit delta'  29.19 
 
 
336 aa  100  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.193634  normal  0.229083 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0548  DNA-directed DNA polymerase  24.21 
 
 
389 aa  100  5e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.713623  normal  0.229669 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0101  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.85 
 
 
358 aa  100  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.307739  unclonable  0.000000000342072 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0606  DNA-directed DNA polymerase  25.2 
 
 
390 aa  99  1e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.063463  decreased coverage  0.0031746 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1465  DNA polymerase III subunit delta'  28.71 
 
 
336 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.186588  normal  0.0136368 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1424  DNA polymerase III subunit delta'  28.71 
 
 
336 aa  98.6  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.233005 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1146  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.3 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.651472  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20360  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.46 
 
 
326 aa  95.9  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1602  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.772153 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1778  DNA polymerase III, delta subunit, putative  24.26 
 
 
391 aa  95.5  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1870  DNA-directed DNA polymerase  24.38 
 
 
390 aa  95.9  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000000004805  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2230  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.26 
 
 
323 aa  94.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.688016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3205  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.77 
 
 
320 aa  95.1  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0191854  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1058  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.31 
 
 
320 aa  95.1  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000154633 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0511  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.34 
 
 
343 aa  95.5  2e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2319  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.99 
 
 
318 aa  94.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.247884  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0535  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.63 
 
 
339 aa  93.6  5e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2196  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.19 
 
 
339 aa  92  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.71701 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3913  DNA polymerase III, delta prime subunit  29.63 
 
 
330 aa  92.8  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0715  DNA-directed DNA polymerase  23.75 
 
 
389 aa  91.7  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.402884  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0060  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.48 
 
 
335 aa  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0492451  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_476  DNA-directed DNA polymerase, delta prime subunit  28.63 
 
 
339 aa  92  2e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2644  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.89 
 
 
363 aa  91.3  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1827  DNA polymerase III subunit delta'  29.03 
 
 
337 aa  91.3  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.0140286 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0042  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.73 
 
 
320 aa  90.5  5e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0152578  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0884  DNA-directed DNA polymerase  30.48 
 
 
373 aa  89.7  8e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.772568  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2105  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.2 
 
 
329 aa  89.7  8e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107011  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2548  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.49 
 
 
363 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.017144  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1435  DNA polymerase III subunit delta'  28.11 
 
 
337 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0015  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.67 
 
 
589 aa  87.8  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00819086  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0587  DNA-directed DNA polymerase  23.44 
 
 
388 aa  87.4  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0277  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.67 
 
 
517 aa  86.7  7e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.433516  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0791  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.25 
 
 
340 aa  86.3  9e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1091  DNA-directed DNA polymerase  24.63 
 
 
389 aa  85.9  0.000000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1397  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  26.98 
 
 
460 aa  85.9  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.610857  n/a   
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0093  DNA polymerase III subunit delta'  24.53 
 
 
326 aa  85.5  0.000000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1582  DNA polymerase III subunit delta'  29.63 
 
 
354 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0156  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.68 
 
 
335 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.986059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1801  DNA polymerase III subunit delta'  27.96 
 
 
342 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.500907  normal  0.955081 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4275  DNA polymerase III, delta prime subunit  24.04 
 
 
354 aa  84.3  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0379488 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2135  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  27.65 
 
 
737 aa  84  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0027  DNA polymerase III subunit delta'  28.37 
 
 
337 aa  84  0.000000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0965  DNA-directed DNA polymerase  27.17 
 
 
377 aa  83.2  0.000000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.824295  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0603  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  21.76 
 
 
735 aa  83.2  0.000000000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.705665 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1414  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.2 
 
 
467 aa  82.8  0.000000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.873736  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01580  DNA polymerase III, subunit gamma/tau  26.42 
 
 
900 aa  82.8  0.000000000000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00110622 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16180  DNA polymerase III, gamma/tau subunit  22.04 
 
 
373 aa  82.8  0.000000000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000014932 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0821  DNA polymerase III subunit delta'  28.03 
 
 
347 aa  82.4  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.114263  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0030  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.454552  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0028  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0056  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.11 
 
 
324 aa  82.4  0.00000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.907797  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0040  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0029  DNA polymerase III subunit delta'  27.45 
 
 
327 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0050  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  29.02 
 
 
554 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000022733  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0036  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1499  DNA polymerase III, delta prime subunit  26.78 
 
 
334 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.28752  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0026  DNA polymerase III subunit delta'  28.05 
 
 
327 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1138  DNA polymerase III subunits gamma and tau  25.25 
 
 
550 aa  82  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.0632409  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3206  DNA polymerase III, delta prime subunit  23.2 
 
 
332 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0027  DNA polymerase III subunit delta'  27.41 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0036  DNA polymerase III subunit delta'  27.84 
 
 
327 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3592  DNA polymerase III subunit delta'  28.82 
 
 
373 aa  80.5  0.00000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.57935 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0159  DNA polymerase III, delta prime subunit  25.69 
 
 
322 aa  80.5  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0025  DNA polymerase III subunit delta'  27.23 
 
 
330 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5280  DNA polymerase III subunit delta'  27.45 
 
 
327 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1460  DNA polymerase III, delta prime subunit  28.57 
 
 
320 aa  80.1  0.00000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1351  DNA-directed DNA polymerase  27.97 
 
 
365 aa  80.1  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.916733  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1228  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  24.06 
 
 
732 aa  80.1  0.00000000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0388635 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0026  DNA polymerase III subunit delta'  27.45 
 
 
327 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1367  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  23.95 
 
 
501 aa  79.7  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1869  DNA polymerase III, delta prime subunit  25 
 
 
343 aa  79.7  0.00000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5192  DNA polymerase III subunit delta'  27.87 
 
 
342 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.225605 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1312  DNA polymerase III, delta prime subunit  27.49 
 
 
370 aa  79  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0027  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  25.58 
 
 
589 aa  78.6  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000154817 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02329  DNA polymerase III subunit delta  30.57 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0921  DNA polymerase III subunit delta'  28.44 
 
 
381 aa  78.2  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1915  DNA polymerase III subunit delta'  27.87 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0504294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1360  DNA polymerase III, delta prime subunit  22.01 
 
 
345 aa  78.2  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0332  DNA polymerase III subunit delta'  23.5 
 
 
337 aa  77.8  0.0000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6187  DNA polymerase III subunit delta'  27.87 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.557746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20790  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  28.7 
 
 
588 aa  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000015496  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1892  DNA polymerase III subunit delta'  27.87 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700458  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1276  DNA polymerase III subunit delta'  28.38 
 
 
374 aa  77.4  0.0000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.303691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>