More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_02270 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_1755  ATP dependent DNA ligase  73.87 
 
 
533 aa  817    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2589  ATP-dependent DNA ligase  60.04 
 
 
534 aa  645    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00328254 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02270  DNA ligase  100 
 
 
530 aa  1079    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2667  ATP-dependent DNA ligase  58 
 
 
532 aa  615  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.256758 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6857  ATP dependent DNA ligase  54.06 
 
 
530 aa  600  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.924337  normal  0.118478 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3524  ATP-dependent DNA ligase  53.47 
 
 
538 aa  580  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.755693 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3334  ATP dependent DNA ligase  52.64 
 
 
532 aa  574  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2413  ATP-dependent DNA ligase  52.74 
 
 
533 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1076  ATP-dependent DNA ligase  52.74 
 
 
533 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1569  ATP-dependent DNA ligase  52.55 
 
 
532 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.583345 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2562  ATP dependent DNA ligase  50.85 
 
 
535 aa  554  1e-156  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3135  ATP dependent DNA ligase  49.54 
 
 
584 aa  532  1e-150  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.519108  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1583  ATP dependent DNA ligase  47.7 
 
 
552 aa  530  1e-149  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3449  ATP dependent DNA ligase  47.33 
 
 
544 aa  523  1e-147  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.422145 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2195  ATP-dependent DNA ligase  48.29 
 
 
552 aa  498  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0151417  hitchhiker  0.0044454 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1105  ATP-dependent DNA ligase  47.38 
 
 
552 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.660067 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4307  ATP-dependent DNA ligase  47.38 
 
 
552 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.66248  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1145  ATP-dependent DNA ligase  47.02 
 
 
552 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.646236 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5292  ATP-dependent DNA ligase  46.49 
 
 
558 aa  489  1e-137  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1315  ATP-dependent DNA ligase  46.67 
 
 
558 aa  488  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0693977  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4859  ATP-dependent DNA ligase  46.56 
 
 
551 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.425556  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3873  ATP-dependent DNA ligase  46.05 
 
 
567 aa  483  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.537943 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3895  ATP-dependent DNA ligase  44.91 
 
 
551 aa  479  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4135  DNA ligase, ATP-dependent  45.55 
 
 
571 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1134  ATP-dependent DNA ligase  46.93 
 
 
553 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.720613  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1518  ATP-dependent DNA ligase  47.25 
 
 
542 aa  475  1e-133  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.111157  normal  0.0949052 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4680  ATP-dependent DNA ligase  46.06 
 
 
561 aa  474  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840786  normal  0.137791 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1211  ATP-dependent DNA ligase  44.5 
 
 
562 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.837533 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0306  ATP-dependent DNA ligase  44.62 
 
 
559 aa  467  9.999999999999999e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247281  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01736  ATP-dependent DNA ligase  44.65 
 
 
534 aa  462  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0375  ATP-dependent DNA ligase  45.31 
 
 
566 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0311  ATP-dependent DNA ligase  44.09 
 
 
559 aa  459  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.194095 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3044  ATP-dependent DNA ligase  45.02 
 
 
563 aa  458  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164872  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1040  ATP-dependent DNA ligase  44.08 
 
 
554 aa  449  1e-125  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.081093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2960  ATP-dependent DNA ligase  45.27 
 
 
535 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075537 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1462  ATP-dependent DNA ligase  42.7 
 
 
551 aa  441  9.999999999999999e-123  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0685513 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08591  ATP-dependent DNA ligase  41.97 
 
 
545 aa  401  9.999999999999999e-111  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.267229  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07831  ATP-dependent DNA ligase  40.7 
 
 
546 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.555428  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07831  ATP-dependent DNA ligase  40.7 
 
 
546 aa  396  1e-109  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0733  ATP-dependent DNA ligase  40.33 
 
 
546 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.12622  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0032  ATP-dependent DNA ligase  39.19 
 
 
536 aa  339  5.9999999999999996e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0412  ATP dependent DNA ligase  39.25 
 
 
514 aa  339  7e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.900501  normal  0.90981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  36.61 
 
 
550 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1611  ATP dependent DNA ligase  39.29 
 
 
522 aa  330  5.0000000000000004e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0915  ATP-dependent DNA ligase  38.53 
 
 
541 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137062  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0068  ATP-dependent DNA ligase  38.7 
 
 
531 aa  327  2.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3979  ATP-dependent DNA ligase  36.68 
 
 
532 aa  327  4.0000000000000003e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.379965  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2804  ATP-dependent DNA ligase  39.53 
 
 
537 aa  324  3e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414276  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0803  ATP-dependent DNA ligase  37.87 
 
 
541 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.117454 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4044  ATP-dependent DNA ligase  37.73 
 
 
539 aa  313  4.999999999999999e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4898  ATP-dependent DNA ligase  37.5 
 
 
539 aa  313  4.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1470  ATP dependent DNA ligase  37.05 
 
 
542 aa  311  1e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.997789  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3432  ATP dependent DNA ligase  36.6 
 
 
576 aa  312  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0304262  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1071  ATP dependent DNA ligase  37.15 
 
 
574 aa  305  2.0000000000000002e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.088062 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6007  ATP-dependent DNA ligase  37.11 
 
 
539 aa  305  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3691  ATP dependent DNA ligase  36.4 
 
 
572 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1541  ATP dependent DNA ligase  36.35 
 
 
570 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3561  ATP dependent DNA ligase  34.98 
 
 
614 aa  300  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.147448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0628  ATP dependent DNA ligase  37.01 
 
 
568 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.639244  decreased coverage  0.00714589 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0462  ATP-dependent DNA ligase  35.41 
 
 
594 aa  296  6e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0751  ATP-dependent DNA ligase  35.83 
 
 
578 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.280099 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3237  ATP dependent DNA ligase  34.55 
 
 
613 aa  293  8e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.330095  normal  0.222492 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0798  ATP-dependent DNA ligase  38.57 
 
 
648 aa  291  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109452  normal  0.0163574 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0553  ATP-dependent DNA ligase  36.81 
 
 
561 aa  287  4e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00668  DNA ligase  32.32 
 
 
576 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.60466  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0870  ATP-dependent DNA ligase  33.93 
 
 
622 aa  278  2e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0793  ATP-dependent DNA ligase  41.22 
 
 
630 aa  271  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.758441 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4617  ATP-dependent DNA ligase  40.33 
 
 
622 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.656205  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4475  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.77 
 
 
576 aa  239  5.999999999999999e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3148  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  35.26 
 
 
1017 aa  180  4.999999999999999e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.331414  normal  0.459978 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0620  hypothetical protein  26.38 
 
 
546 aa  165  2.0000000000000002e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  26.34 
 
 
568 aa  161  2e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2882  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  26.9 
 
 
547 aa  147  6e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.812327  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  24.51 
 
 
567 aa  147  7.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1865  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.49 
 
 
548 aa  144  3e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3810  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.3 
 
 
539 aa  143  8e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.749991  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  26.76 
 
 
584 aa  137  4e-31  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2781  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.49 
 
 
556 aa  136  9e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.543529 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2438  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.02 
 
 
509 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.126191  normal  0.0460021 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0864  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.55 
 
 
562 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0735643  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.97 
 
 
531 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0608  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.47 
 
 
610 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2344  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.05 
 
 
510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.873695  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.65 
 
 
553 aa  131  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0878  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.75 
 
 
594 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0334376  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  25.98 
 
 
584 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1425  ATP-dependent DNA ligase  26.98 
 
 
527 aa  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.272318 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  25.6 
 
 
583 aa  125  2e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.91 
 
 
592 aa  125  3e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  25.38 
 
 
584 aa  124  4e-27  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4301  ATP-dependent DNA ligase  32.37 
 
 
519 aa  124  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.659287 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.18 
 
 
552 aa  124  5e-27  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1898  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.47 
 
 
592 aa  124  5e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0793  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.31 
 
 
573 aa  124  6e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.027506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7176  ATP-dependent DNA ligase  27.25 
 
 
508 aa  123  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.207869 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.31 
 
 
550 aa  123  7e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0293  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.61 
 
 
573 aa  120  6e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.33298  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1685  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  25.22 
 
 
573 aa  120  7e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  24.94 
 
 
522 aa  119  9e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2845  ATP-dependent DNA ligase  30.99 
 
 
509 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>