More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0661 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0661  2,3-dimethylmalate lyase  100 
 
 		 310 aa  630  1e-180  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.428755 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0659  2,3-dimethylmalate lyase  47.18 
 
 		 322 aa  288  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4841  2,3-dimethylmalate lyase  40.62 
 
 		 284 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2154  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  38.57 
 
 		 289 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.908949 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4757  2,3-dimethylmalate lyase  41.3 
 
 		 287 aa  215  7e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000491467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1614  2,3-dimethylmalate lyase  40 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.863287  normal  0.36405 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1632  2,3-dimethylmalate lyase  39.52 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.171622 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2082  2,3-dimethylmalate lyase  39.18 
 
 		 286 aa  209  4e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.218009  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3579  PEP phosphonomutase  39.73 
 
 		 286 aa  209  7e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00948814  hitchhiker  0.00984431 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4025  isocitrate lyase family protein  37.1 
 
 		 284 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1054  isocitrate lyase family protein  41.43 
 
 		 282 aa  207  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.138813  normal  0.876203 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4144  isocitrate lyase family protein  36.75 
 
 		 284 aa  206  3e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4474  2,3-dimethylmalate lyase  37.97 
 
 		 294 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.787404  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4051  isocitrate lyase family protein  37.14 
 
 		 287 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3949  isocitrate lyase family protein  36.75 
 
 		 284 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4268  2,3-dimethylmalate lyase  39.66 
 
 		 291 aa  203  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.485286  normal  0.877406 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0781  methylisocitrate lyase  36.84 
 
 		 311 aa  202  7e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0256  putative methylisocitrate lyase  37.11 
 
 		 288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.764901 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1702  methylisocitrate lyase  36.52 
 
 		 304 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0394396 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0624  2,3-dimethylmalate lyase  36.68 
 
 		 306 aa  198  7.999999999999999e-50  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1029  2,3-dimethylmalate lyase  38.01 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.114621  normal  0.155549 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4291  2,3-dimethylmalate lyase  38.79 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.268229 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1130  2,3-dimethylmalate lyase  38.83 
 
 		 287 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5405  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.63 
 
 		 293 aa  196  6e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00321329  normal  0.260192 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1203  2,3-dimethylmalate lyase  37.8 
 
 		 293 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00337991  normal  0.996052 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3767  2,3-dimethylmalate lyase  39.15 
 
 		 289 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5990  2,3-dimethylmalate lyase  37.41 
 
 		 292 aa  191  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0792782 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0396  methylisocitrate lyase  40.25 
 
 		 285 aa  191  2e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0696555  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0864  2,3-dimethylmalate lyase  38.98 
 
 		 289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000979692  hitchhiker  0.000000949403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1933  isocitrate lyase family protein  39.66 
 
 		 299 aa  189  4e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1092  carboxyvinyl-carboxyphosphonatephosphorylmutase  37.09 
 
 		 293 aa  187  1e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.301564  normal  0.346372 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7954  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.67 
 
 		 288 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2775  2,3-dimethylmalate lyase  37.5 
 
 		 287 aa  186  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0509  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.8 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5166  putative carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  37.68 
 
 		 292 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.919323  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_09369  conserved hypothetical protein  39.11 
 
 		 454 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.925933  hitchhiker  0.00486144 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2513  2,3-dimethylmalate lyase  37.81 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0806  isocitrate lyase family protein  38.1 
 
 		 287 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1916  isocitrate lyase family protein  37.72 
 
 		 287 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0326533 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18345  predicted protein  37.63 
 
 		 348 aa  182  7e-45  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0689  methylisocitrate lyase  37.96 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.106645  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0279  2,3-dimethylmalate lyase  40.25 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.577564  normal  0.130845 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_40267  predicted protein  36.77 
 
 		 323 aa  179  4e-44  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.158521  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0783  methylisocitrate lyase  35.76 
 
 		 312 aa  179  7e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.649003 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06882  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase (AFU_orthologue; AFUA_2G00120)  38.16 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.463581  normal  0.914555 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1072  2-methylisocitrate lyase  36.59 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.765825  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2400  2-methylisocitrate lyase  35.86 
 
 		 311 aa  176  5e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.951557  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0458  2,3-dimethylmalate lyase  35 
 
 		 296 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03370  2-methylisocitrate lyase  34.84 
 
 		 291 aa  174  9.999999999999999e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0108  methylisocitrate lyase  34.84 
 
 		 302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0279515  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1459  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  40.07 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1664  2-methylisocitrate lyase  35.4 
 
 		 292 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2479  methylisocitrate lyase  39.61 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0974909  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2209  2-methylisocitrate lyase  37.33 
 
 		 294 aa  171  2e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.629465  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2111  2-methylisocitrate lyase  34.49 
 
 		 292 aa  171  2e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.12913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0071  2-methylisocitrate lyase  35.57 
 
 		 296 aa  170  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1857  2-methylisocitrate lyase  33.8 
 
 		 292 aa  170  3e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0101  methylisocitrate lyase  37.8 
 
 		 308 aa  169  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.248963  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2934  putative methylisocitrate lyase  30.82 
 
 		 288 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2322  2-methylisocitrate lyase  33.8 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.458801  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1419  2-methylisocitrate lyase  34.49 
 
 		 292 aa  169  4e-41  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0461  2,3-dimethylmalate lyase  35.21 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0054  2-methylisocitrate lyase  36.84 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2317  methylisocitrate lyase  36.36 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0283  putative methylisocitrate lyase  39.93 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.548186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1666  2-methylisocitrate lyase  34.72 
 
 		 295 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2452  methylisocitrate lyase  36.01 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.344607  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0052  2-methylisocitrate lyase  36.44 
 
 		 297 aa  167  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3008  methylisocitrate lyase  36.01 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.62358 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2499  2-methylisocitrate lyase  33.45 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.741837  normal  0.047618 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1110  2-methylisocitrate lyase  35.16 
 
 		 296 aa  166  5e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.452189 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1820  2-methylisocitrate lyase  33.45 
 
 		 292 aa  166  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2369  methylisocitrate lyase  35.66 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2127  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.66 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2113  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.66 
 
 		 302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1311  2-methylisocitrate lyase  35.16 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0110415  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2158  methylisocitrate lyase  35.66 
 
 		 302 aa  165  9e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.081733  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2334  2-methylisocitrate lyase  35.46 
 
 		 296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.474392  hitchhiker  0.0000364152 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1657  2,3-dimethylmalate lyase  38.98 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.106264  normal  0.68628 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2378  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.66 
 
 		 302 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.628231  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3436  2-methylisocitrate lyase  35.46 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00574123  normal  0.104863 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1775  2-methylisocitrate lyase  35.46 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.367112  hitchhiker  0.000175442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2080  2-methylisocitrate lyase  34.03 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.734153  normal  0.114818 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1935  2-methylisocitrate lyase  35.46 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146073  hitchhiker  0.00000021306 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2190  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.66 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1197  2-methylisocitrate lyase  34.43 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14150  methylisocitrate lyase  36.52 
 
 		 312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4755  2-methylisocitrate lyase  34.72 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2350  carboxyvinyl-carboxyphosphonate phosphorylmutase  35.66 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0865  2-methylisocitrate lyase  37.15 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.698029  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5517  2-methylisocitrate lyase  34.72 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.36505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5344  2-methylisocitrate lyase  34.72 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0562563  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0141  2-methylisocitrate lyase  34.72 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.758126  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3287  2-methylisocitrate lyase  34.38 
 
 		 297 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.179718  normal  0.0341449 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3030  2-methylisocitrate lyase  35.76 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.424816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2605  2-methylisocitrate lyase  32.75 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.221019  hitchhiker  0.000512853 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12030  methylisocitrate lyase  39.51 
 
 		 312 aa  162  7e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.55917  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1726  methylisocitrate lyase  35.54 
 
 		 302 aa  162  7e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4356  2-methylisocitrate lyase  37.07 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2822  2-methylisocitrate lyase  32.99 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>