More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0531 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1459  nickel-dependent hydrogenase large subunit  82.94 
 
 		 504 aa  878    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.720227 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0114  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  60.41 
 
 		 494 aa  645    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0982  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  66.94 
 
 		 487 aa  692    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2250  nickel-dependent hydrogenase large subunit  68.24 
 
 		 488 aa  692    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0169608  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1673  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  63.88 
 
 		 493 aa  647    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.521628  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3855  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  78.31 
 
 		 507 aa  808    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0531  putative nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 		 504 aa  1040    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1215  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.57 
 
 		 499 aa  613  9.999999999999999e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0417903 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2748  nickel-dependent hydrogenase large subunit  60.17 
 
 		 488 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0078  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.99 
 
 		 474 aa  457  1e-127  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1525  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.61 
 
 		 488 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000894187  hitchhiker  0.00486844 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.53 
 
 		 489 aa  451  1e-125  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0509028  normal  0.183384 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4661  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.03 
 
 		 487 aa  420  1e-116  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2102  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.57 
 
 		 472 aa  421  1e-116  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.782605  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2716  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.23 
 
 		 479 aa  418  1e-116  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.892044  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0092  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.71 
 
 		 474 aa  415  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.643449 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0095  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.49 
 
 		 474 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4043  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.34 
 
 		 473 aa  408  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0198059 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3539  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.61 
 
 		 474 aa  410  1e-113  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2476  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.57 
 
 		 473 aa  410  1e-113  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.795621  normal  0.410999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4160  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.15 
 
 		 474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2791  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.19 
 
 		 482 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.119602  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.82 
 
 		 475 aa  397  1e-109  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1113  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.81 
 
 		 476 aa  389  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.301961  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2718  NAD-reducing hydrogenase, beta subunit  41.81 
 
 		 478 aa  386  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2555  NAD-reducing hydrogenase HoxS beta subunit  41.09 
 
 		 476 aa  384  1e-105  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.148056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  39.78 
 
 		 475 aa  364  2e-99  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.325648  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1007  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.56 
 
 		 455 aa  354  2e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0070  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.46 
 
 		 471 aa  348  9e-95  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0652  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  38.68 
 
 		 471 aa  344  2e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2013  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.83 
 
 		 487 aa  344  2e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.55 
 
 		 418 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0977  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.55 
 
 		 418 aa  343  4e-93  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.390644  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1712  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  42.31 
 
 		 418 aa  342  9e-93  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0588  F420-non-reducing hydrogenase subunit A  37.31 
 
 		 479 aa  342  1e-92  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204108  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_553  nickel-dependent hydrogenase, group 3, large subunit  37.74 
 
 		 479 aa  340  2.9999999999999998e-92  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0139726  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3537  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  41.25 
 
 		 469 aa  339  5.9999999999999996e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0615  hydrogenase, group 3, VhuA subunit, putative  37.18 
 
 		 479 aa  338  9.999999999999999e-92  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0996  nickel-dependent hydrogenase large subunit  41.69 
 
 		 418 aa  338  9.999999999999999e-92  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1215  nickel-dependent hydrogenase large subunit  42.24 
 
 		 418 aa  338  9.999999999999999e-92  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2221  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  39.48 
 
 		 482 aa  338  1.9999999999999998e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.794889  normal  0.78316 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1651  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.17 
 
 		 485 aa  324  2e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2258  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.95 
 
 		 486 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3954  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.22 
 
 		 449 aa  313  5.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4292  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.65 
 
 		 494 aa  311  2e-83  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4314  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.8 
 
 		 494 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3680  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.59 
 
 		 509 aa  300  4e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0782936  normal  0.503756 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.27 
 
 		 494 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0906302  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1791  hydrogen dehydrogenase  36.95 
 
 		 449 aa  297  4e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.26 
 
 		 473 aa  295  1e-78  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4306  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.47 
 
 		 498 aa  290  3e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891144  normal  0.552071 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2419  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  37.45 
 
 		 473 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.954862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1553  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.52 
 
 		 479 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3972  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.05 
 
 		 473 aa  281  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000529156 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.36 
 
 		 473 aa  278  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.85 
 
 		 432 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.620596 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0937  [NiFe] hydrogenase, alpha subunit, putative  33.85 
 
 		 422 aa  187  4e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.952693  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1256  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.54 
 
 		 430 aa  179  1e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4496  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.74 
 
 		 430 aa  177  3e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.401222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2590  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.24 
 
 		 433 aa  171  4e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.282401  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0245  hydrogenase/sulfur reductase, alpha subunit  27.01 
 
 		 426 aa  168  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.392685  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2499  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.04 
 
 		 424 aa  167  4e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2132  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.17 
 
 		 425 aa  167  5e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0448433  normal  0.0283043 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1263  hypothetical protein  31.44 
 
 		 433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.321319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2660  Coenzyme F420 hydrogenase  29.41 
 
 		 433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.041142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1019  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.14 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00653003 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2605  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.61 
 
 		 439 aa  158  2e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0537031  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2387  hypothetical protein  27.41 
 
 		 430 aa  158  2e-37  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1929  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.62 
 
 		 425 aa  158  2e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04400  Soluble nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxH  32.81 
 
 		 419 aa  158  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0507  nickel-dependent hydrogenase large subunit  29.2 
 
 		 429 aa  157  3e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2532  hypothetical protein  27.16 
 
 		 430 aa  157  6e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2169  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  27.09 
 
 		 424 aa  156  7e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1138  nickel-dependent hydrogenase large subunit  27.91 
 
 		 431 aa  156  8e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2097  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.43 
 
 		 424 aa  153  8e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0884  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.96 
 
 		 432 aa  151  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.912975  normal  0.251676 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0080  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.64 
 
 		 421 aa  144  3e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.303597  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.87 
 
 		 425 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3427  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.12 
 
 		 430 aa  139  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.260108 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4826  nickel-dependent hydrogenase large subunit  30.26 
 
 		 428 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.106762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3416  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.96 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.291194  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3479  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  29.96 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.441341  normal  0.0523033 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3474  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.17 
 
 		 432 aa  135  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.455292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1858  nickel-dependent hydrogenase large subunit  28.27 
 
 		 428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1968  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.13 
 
 		 423 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  26.63 
 
 		 488 aa  123  7e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2287  coenzyme F420 hydrogenase, subunit alpha  27.08 
 
 		 456 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.304616 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0649  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  27.04 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2249  nickel-dependent hydrogenase large subunit  26.71 
 
 		 423 aa  121  3e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  25.42 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0452  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.63 
 
 		 456 aa  120  6e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0015  coenzyme F420-reducing hydrogenase, alpha subunit  25.54 
 
 		 455 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  24.47 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  27.16 
 
 		 488 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.05 
 
 		 514 aa  115  3e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0073  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.81 
 
 		 410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  24.24 
 
 		 526 aa  114  5e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.45 
 
 		 488 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.56 
 
 		 481 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  25.86 
 
 		 458 aa  111  3e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>