More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0421 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  89.55 
 
 
402 aa  746    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  100 
 
 
402 aa  810    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  68.91 
 
 
402 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  59.4 
 
 
404 aa  478  1e-134  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  58.82 
 
 
411 aa  464  1e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  58.06 
 
 
415 aa  445  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  54.22 
 
 
410 aa  443  1e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.5 
 
 
410 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  55.28 
 
 
416 aa  438  9.999999999999999e-123  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  55.5 
 
 
412 aa  418  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  53.92 
 
 
408 aa  409  1e-113  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.43 
 
 
411 aa  401  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  53.02 
 
 
414 aa  393  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.88 
 
 
408 aa  348  1e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.87 
 
 
409 aa  343  4e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  51.15 
 
 
404 aa  341  1e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.75 
 
 
413 aa  325  8.000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.71 
 
 
430 aa  300  3e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.05 
 
 
429 aa  296  3e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.06 
 
 
431 aa  295  7e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  43.92 
 
 
428 aa  292  6e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.7 
 
 
416 aa  272  8.000000000000001e-72  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.98 
 
 
419 aa  258  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.69 
 
 
440 aa  252  8.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  38.82 
 
 
442 aa  248  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.98 
 
 
417 aa  243  5e-63  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.24 
 
 
414 aa  231  3e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.55 
 
 
415 aa  209  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.18 
 
 
508 aa  208  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.04 
 
 
428 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.55 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.11 
 
 
416 aa  168  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  34.28 
 
 
413 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.44 
 
 
397 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  30.02 
 
 
429 aa  164  2.0000000000000002e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.37 
 
 
408 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.73 
 
 
405 aa  163  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  31.61 
 
 
418 aa  160  4e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.77 
 
 
421 aa  159  1e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.65 
 
 
392 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  30.05 
 
 
400 aa  158  2e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  34.56 
 
 
402 aa  157  4e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  31.15 
 
 
402 aa  155  2e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.87 
 
 
402 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  32.55 
 
 
416 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  30.89 
 
 
402 aa  151  2e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 
402 aa  151  2e-35  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.21 
 
 
400 aa  151  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.21 
 
 
400 aa  151  2e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  33.67 
 
 
394 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.07 
 
 
388 aa  150  4e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 
403 aa  149  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5223  diaminopimelate decarboxylase  32.05 
 
 
421 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  28.71 
 
 
420 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
414 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  30.42 
 
 
407 aa  145  1e-33  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  32.47 
 
 
415 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  30.53 
 
 
399 aa  144  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  30.61 
 
 
418 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  28.65 
 
 
412 aa  143  5e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  27.48 
 
 
419 aa  142  8e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4044  diaminopimelate decarboxylase  33.5 
 
 
422 aa  142  9e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.181053 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  36.76 
 
 
484 aa  142  9.999999999999999e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0938  diaminopimelate decarboxylase  33.24 
 
 
421 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  28.84 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  31.78 
 
 
415 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0829  diaminopimelate decarboxylase  32.47 
 
 
421 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4873  diaminopimelate decarboxylase  32.32 
 
 
421 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.03 
 
 
362 aa  139  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  29.31 
 
 
402 aa  139  8.999999999999999e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3475  diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 
421 aa  139  1e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 
430 aa  138  2e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0683  diaminopimelate decarboxylase  27.14 
 
 
437 aa  136  7.000000000000001e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000143238  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.19 
 
 
403 aa  135  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  31.16 
 
 
422 aa  135  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  32.13 
 
 
430 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3940  diaminopimelate decarboxylase  30.86 
 
 
461 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  29.5 
 
 
433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  32.35 
 
 
427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0744  diaminopimelate decarboxylase  34.2 
 
 
438 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 
434 aa  134  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4395  decarboxylase domain-containing protein  51.3 
 
 
171 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0713  diaminopimelate decarboxylase  31.17 
 
 
421 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.788055 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  30.07 
 
 
445 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0227  diaminopimelate decarboxylase  27.09 
 
 
424 aa  133  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.690316  normal  0.715181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
418 aa  133  5e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  31.2 
 
 
430 aa  133  5e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
417 aa  133  6e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  33.89 
 
 
398 aa  133  6e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.69 
 
 
392 aa  133  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  29.1 
 
 
417 aa  133  6.999999999999999e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  31.3 
 
 
429 aa  132  6.999999999999999e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 
417 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  27.81 
 
 
409 aa  132  9e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0878  diaminopimelate decarboxylase  29.98 
 
 
465 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.109774  normal  0.537155 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  30.69 
 
 
416 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  31.84 
 
 
422 aa  131  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  27.2 
 
 
407 aa  131  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  28.17 
 
 
401 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>