More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0219 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
376 aa  764    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  38.35 
 
 
386 aa  205  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  35.26 
 
 
384 aa  194  2e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  36.41 
 
 
382 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
382 aa  186  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.94 
 
 
376 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  32.36 
 
 
373 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  34.45 
 
 
376 aa  176  6e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  34.63 
 
 
373 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  32.25 
 
 
374 aa  172  5.999999999999999e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  32.29 
 
 
390 aa  172  9e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.9 
 
 
380 aa  169  7e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1661  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.43 
 
 
373 aa  168  1e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00010868  normal  0.0729717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  31.5 
 
 
376 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  32.84 
 
 
396 aa  166  5e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5995  extracellular ligand-binding receptor  33.51 
 
 
373 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.814001  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4359  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
373 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4008  extracellular ligand-binding receptor  33.15 
 
 
373 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.746913  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  32.54 
 
 
396 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
382 aa  164  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4434  extracellular ligand-binding receptor  32.26 
 
 
378 aa  162  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
373 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  32.87 
 
 
373 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  32.33 
 
 
400 aa  160  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  31.73 
 
 
402 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  32.63 
 
 
382 aa  160  5e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4303  branched-chain amino acid transport protein BraC  29.36 
 
 
373 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  31.95 
 
 
396 aa  159  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  30.45 
 
 
404 aa  159  6e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  30.45 
 
 
404 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
380 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
378 aa  158  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  33.04 
 
 
381 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 
404 aa  157  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50520  branched-chain amino acid transport protein BraC  28.78 
 
 
373 aa  157  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00592692 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0836  extracellular ligand-binding receptor  31.47 
 
 
390 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0783302 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  33.73 
 
 
377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  29.26 
 
 
373 aa  156  5.0000000000000005e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
373 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  31.51 
 
 
379 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  30.67 
 
 
394 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  30.86 
 
 
378 aa  153  4e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  31.52 
 
 
379 aa  154  4e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
398 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
397 aa  152  8e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.78 
 
 
467 aa  152  8e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.39 
 
 
396 aa  151  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  32.94 
 
 
376 aa  151  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 
387 aa  152  1e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  32.66 
 
 
388 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
395 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
397 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  30.09 
 
 
374 aa  150  3e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  34.04 
 
 
384 aa  150  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  30.63 
 
 
397 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  31.01 
 
 
373 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1023  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.72 
 
 
373 aa  150  4e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.116287 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  31.79 
 
 
387 aa  150  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  29.64 
 
 
392 aa  150  5e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.63 
 
 
397 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  33.33 
 
 
380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.31 
 
 
399 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
380 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  29.49 
 
 
397 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 
380 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  30.31 
 
 
397 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
376 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 
371 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  31.77 
 
 
382 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3906  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
395 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.33 
 
 
380 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3793  Extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
386 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.15379 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01985  amino acid-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  29.68 
 
 
386 aa  147  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.77 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.77 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  32.09 
 
 
406 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.03 
 
 
380 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  31.77 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.77 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.77 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.16 
 
 
402 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  32.16 
 
 
381 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
371 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3724  extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
384 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.159594  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>