More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0140 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  93.63 
 
 
534 aa  999    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0140  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
534 aa  1082    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.259377  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  56.6 
 
 
528 aa  617  1e-175  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  54.44 
 
 
520 aa  593  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.45 
 
 
539 aa  591  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2547  extracellular solute-binding protein  53.12 
 
 
534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220611  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  53.66 
 
 
532 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2583  putative ABC transporter, substrate binding subunit  53.59 
 
 
524 aa  544  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0432339 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  52.18 
 
 
542 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  49.9 
 
 
527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  50.67 
 
 
529 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  47.56 
 
 
544 aa  485  1e-136  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4858  putative ABC transporter, substrate-binding protein  47.55 
 
 
531 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185299  normal  0.554017 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7212  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  46.77 
 
 
531 aa  468  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  47.16 
 
 
524 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  44.8 
 
 
544 aa  460  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  48.14 
 
 
544 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4877  putative ABC transporter, substrate binding protein  47.07 
 
 
560 aa  445  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.674427  normal  0.0830201 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2546  extracellular solute-binding protein  45.22 
 
 
531 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.145645  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  44.74 
 
 
495 aa  430  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  42.41 
 
 
558 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7214  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  41.24 
 
 
532 aa  412  1e-114  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  36.55 
 
 
529 aa  371  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  35.98 
 
 
529 aa  362  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  36.17 
 
 
529 aa  361  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  37.36 
 
 
527 aa  352  1e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  36.98 
 
 
515 aa  344  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  39.63 
 
 
537 aa  342  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  38.32 
 
 
516 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0750  extracellular solute-binding protein  35.85 
 
 
535 aa  338  9.999999999999999e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  39 
 
 
537 aa  338  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0748  extracellular solute-binding protein  36.2 
 
 
535 aa  329  8e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1507  extracellular solute-binding protein family 5  36.51 
 
 
516 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.221484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3221  extracellular solute-binding protein  35.89 
 
 
517 aa  324  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102229  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0671  extracellular solute-binding protein  36.61 
 
 
534 aa  322  9.000000000000001e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2913  extracellular solute-binding protein family 5  37.64 
 
 
533 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.037834  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  35.89 
 
 
522 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 
536 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0745  extracellular solute-binding protein  35.59 
 
 
534 aa  320  3e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  36.5 
 
 
536 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0106  extracellular solute-binding protein family 5  36.64 
 
 
533 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0909337  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3320  extracellular solute-binding protein  36.7 
 
 
528 aa  306  6e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0123121  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0132  extracellular solute-binding protein  37.24 
 
 
532 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  34.27 
 
 
522 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2972  extracellular solute-binding protein  35.74 
 
 
535 aa  299  7e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.439804  normal  0.190808 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4764  extracellular solute-binding protein  38.15 
 
 
539 aa  298  2e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4285  extracellular solute-binding protein  35.58 
 
 
530 aa  297  3e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.261799  normal  0.839381 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2014  twin-arginine translocation pathway signal  36.17 
 
 
534 aa  295  2e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.533924  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4290  extracellular solute-binding protein  35.62 
 
 
530 aa  290  6e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00787986  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5671  extracellular solute-binding protein  35.49 
 
 
531 aa  288  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.880059  normal  0.0905991 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  36.65 
 
 
533 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4327  putative ABC transporter, extracellular substrate binding protein  33.71 
 
 
538 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3082  twin-arginine translocation pathway signal  35.93 
 
 
535 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.49552  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1152  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
538 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.296162 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2918  extracellular solute-binding protein family 5  33.21 
 
 
538 aa  266  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.258086  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1041  extracellular solute-binding protein  33.02 
 
 
538 aa  263  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  32.29 
 
 
540 aa  244  3e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  31.79 
 
 
546 aa  226  1e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1611  extracellular solute-binding protein  44.77 
 
 
259 aa  223  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 
538 aa  219  7e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  30.68 
 
 
565 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 
539 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.8 
 
 
538 aa  203  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  29.98 
 
 
559 aa  203  7e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 
555 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  30.16 
 
 
540 aa  201  3e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 
576 aa  199  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.67 
 
 
511 aa  197  3e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  29.24 
 
 
533 aa  196  7e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 
521 aa  195  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 
527 aa  192  9e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  28.44 
 
 
534 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  30.77 
 
 
622 aa  190  5.999999999999999e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
551 aa  190  7e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  32.16 
 
 
553 aa  190  7e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 
618 aa  186  9e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  29.85 
 
 
563 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  30.57 
 
 
510 aa  180  7e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  32.51 
 
 
509 aa  179  8e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  30.3 
 
 
511 aa  178  2e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  29.64 
 
 
508 aa  177  4e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18790  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.39 
 
 
540 aa  173  9e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00232176  normal  0.206883 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 
522 aa  172  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 
521 aa  172  1e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.48 
 
 
535 aa  172  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  32.14 
 
 
505 aa  172  1e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 
521 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.15 
 
 
521 aa  171  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 
521 aa  171  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 
521 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  28.29 
 
 
501 aa  170  7e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 
509 aa  168  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.91 
 
 
534 aa  168  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  29.62 
 
 
524 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.82 
 
 
541 aa  167  4e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  27.71 
 
 
520 aa  166  8e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0782  extracellular solute-binding protein  31.08 
 
 
494 aa  166  1.0000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.319175  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.62 
 
 
520 aa  165  2.0000000000000002e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.6 
 
 
505 aa  165  2.0000000000000002e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  27.66 
 
 
510 aa  165  2.0000000000000002e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>