156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0028 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0028  CO metabolism transcriptional regulator RcoM2  100 
 
 		 267 aa  548  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.28119 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2142  CO metabolism transcriptional regulator RcoM  88.39 
 
 		 267 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0995058 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1561  putative PAS/PAC sensor protein  47.62 
 
 		 249 aa  249  4e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.925231 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2542  putative PAS/PAC sensor protein  27.5 
 
 		 268 aa  107  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3515  LytR/AlgR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 236 aa  89  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0056  response regulator  27.24 
 
 		 235 aa  82.8  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 252 aa  79.7  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2099  sensory box protein, putative  26.8 
 
 		 232 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.374789  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1495  putative PAS/PAC sensor protein  26.21 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0619  response regulator receiver protein  25.59 
 
 		 234 aa  77  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.8 
 
 		 268 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 260 aa  72.8  0.000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  36.94 
 
 		 238 aa  72  0.000000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.89 
 
 		 251 aa  70.5  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  33.64 
 
 		 254 aa  69.3  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.21 
 
 		 265 aa  66.6  0.0000000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1746  carbon monoxide dehydrogenase, coxC signalling protein  29.91 
 
 		 410 aa  66.2  0.0000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.647734 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  35.51 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.51 
 
 		 237 aa  65.5  0.000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 237 aa  62.4  0.000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0504  response regulator receiver protein  35 
 
 		 139 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3804  LytTr DNA-binding region  28.57 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1209  putative integral membrane sensor protein  31.71 
 
 		 368 aa  60.1  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131047  normal  0.490878 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1001  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 262 aa  59.3  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5544  ABC transporter, ATP-binding protein  29.73 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000378765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3167  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.71 
 
 		 285 aa  58.9  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.616861  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0254  response regulator  33.68 
 
 		 251 aa  58.5  0.0000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.437869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2221  response regulator receiver protein  31.58 
 
 		 309 aa  58.2  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.728261 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5406  ABC transporter, ATP-binding protein  28.83 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.3143  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4967  ABC transporter ATP-binding protein  28.83 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000000000811846  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4985  ABC transporter, ATP-binding protein  28.83 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000703532  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2482  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.65 
 
 		 288 aa  57.8  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.162526 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5083  LytTr DNA-binding region  28.83 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5461  ABC transporter, ATP-binding protein  28.83 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405591  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5376  ABC transporter, ATP-binding protein  28.83 
 
 		 335 aa  57.8  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000218123 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5410  ABC transporter, ATP-binding protein, putative  28.83 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000374039  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5134  ABC transporter ATP-binding protein, C-terminus  28.83 
 
 		 137 aa  57.4  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  29.91 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2822  response regulator receiver domain-containing protein  28.81 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.135551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  32.03 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  32.03 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  32.03 
 
 		 246 aa  55.8  0.0000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  55.5  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  30.1 
 
 		 250 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  55.1  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  27.78 
 
 		 244 aa  53.9  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  32.69 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2784  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.95 
 
 		 358 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  28.57 
 
 		 246 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0503  response regulator receiver protein  33.07 
 
 		 143 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5512  putative response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.5  0.000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5546  response regulator, putative  29.73 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5270  response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246846  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5097  response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.047582  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5114  response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.1  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.603206  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5667  response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.5  0.000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000414392  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2673  ABC transporter related protein  27.78 
 
 		 330 aa  53.5  0.000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00000800207  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  30.25 
 
 		 246 aa  52.8  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5597  putative response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  53.1  0.000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0176672  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5541  putative response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0307727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5410  putative response regulator  29.73 
 
 		 238 aa  52.8  0.000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0150801  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 253 aa  52.8  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  27.13 
 
 		 242 aa  52.4  0.000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  34.62 
 
 		 261 aa  51.6  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2356  response regulator receiver protein  30.83 
 
 		 257 aa  51.6  0.00001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325932  normal  0.149931 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30.47 
 
 		 246 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2098  putative integral membrane sensor protein  25 
 
 		 392 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.096975  normal  0.665186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.73 
 
 		 275 aa  51.2  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5211  LytTR family two component transcriptional regulator  29.73 
 
 		 238 aa  50.8  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.546332  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  34.65 
 
 		 246 aa  50.4  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  24.19 
 
 		 244 aa  49.7  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3930  LytTR family two component transcriptional regulator  27.5 
 
 		 238 aa  49.7  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  37.14 
 
 		 254 aa  49.7  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 265 aa  48.9  0.00009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3733  response regulator receiver domain-containing protein  28.87 
 
 		 249 aa  48.9  0.00009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.766169 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 253 aa  48.5  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.41 
 
 		 249 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  30.51 
 
 		 250 aa  48.5  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1016  response regulator  31.53 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 248 aa  47.4  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2673  response regulator receiver protein  29.08 
 
 		 268 aa  47.8  0.0002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.587227  normal  0.606797 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1149  response regulator receiver protein  29.63 
 
 		 239 aa  47.8  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0444  response regulator receiver protein  25.23 
 
 		 262 aa  47.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.54 
 
 		 281 aa  47.4  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  25.2 
 
 		 249 aa  47.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  32.03 
 
 		 255 aa  47.4  0.0002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  22.95 
 
 		 245 aa  48.1  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1822  response regulator receiver protein  28.35 
 
 		 300 aa  47.4  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.332263  normal  0.137599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 244 aa  47.4  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.71 
 
 		 258 aa  47.4  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  36.79 
 
 		 266 aa  47  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  26 
 
 		 243 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  26 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1442  hypothetical protein  32.97 
 
 		 302 aa  47  0.0004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0715  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.25 
 
 		 245 aa  46.6  0.0004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00500528  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  26 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>