More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B2228 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5994  Uracil-DNA glycosylase superfamily  71.38 
 
 
546 aa  754    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.263417 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2228  hypothetical protein  100 
 
 
507 aa  1019    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1310  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.44 
 
 
490 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2339  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.84 
 
 
491 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.716146 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2974  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.33 
 
 
484 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.547002  normal  0.081946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2713  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.34 
 
 
484 aa  236  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2039  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.2 
 
 
476 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2502  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.6 
 
 
476 aa  226  6e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.562292  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4607  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.65 
 
 
479 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1899  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.53 
 
 
480 aa  219  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.530135 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2002  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.21 
 
 
495 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.515023  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6621  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.95 
 
 
493 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.647751  normal  0.384505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2983  putative Uracil-DNA glycosylase  32.49 
 
 
496 aa  205  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0229765  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7466  hypothetical protein  30.72 
 
 
492 aa  203  5e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03048  uracil DNA glycosylase superfamily protein  29.48 
 
 
477 aa  201  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2306  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.58 
 
 
485 aa  200  6e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.555277  normal  0.0113153 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5408  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  52.53 
 
 
244 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.937407 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3539  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.53 
 
 
493 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.72599  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2068  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.82 
 
 
465 aa  197  4.0000000000000005e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.803704  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2581  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.58 
 
 
485 aa  197  6e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.148154  normal  0.520534 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0908  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.61 
 
 
485 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0404  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  54.8 
 
 
214 aa  193  5e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.112864  normal  0.964796 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2232  putative uracil-DNA glycosylase  31.98 
 
 
474 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2263  Uracil-DNA glycosylase superfamily  33.02 
 
 
485 aa  187  4e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  30.92 
 
 
485 aa  186  7e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.102912  normal  0.247283 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3144  uracil-DNA glycosylase  52.27 
 
 
218 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3015  uracil-DNA glycosylase  52.27 
 
 
218 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1364  putative DNA glycosylase  52.27 
 
 
218 aa  181  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.77623  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1364  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.08 
 
 
223 aa  177  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6465  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  51.08 
 
 
223 aa  177  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.114604  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6057  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.54 
 
 
223 aa  176  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal  0.181537 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6379  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.19 
 
 
217 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.693226  normal  0.500254 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5631  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  50.28 
 
 
217 aa  170  7e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0609757  normal  0.0369434 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5462  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.06 
 
 
219 aa  167  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00414402 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2690  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  48.09 
 
 
224 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2785  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.73 
 
 
224 aa  162  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4396  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.46 
 
 
207 aa  160  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0933493  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1181  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  49.73 
 
 
224 aa  155  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1481  putative phage DNA polymerase  44.09 
 
 
235 aa  152  2e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4147  hypothetical protein  34.68 
 
 
295 aa  151  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3335  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.96 
 
 
211 aa  151  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0920628 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2572  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.26 
 
 
260 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.222133  normal  0.578981 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2261  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.82 
 
 
225 aa  144  3e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.237053  normal  0.0854342 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2993  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.11 
 
 
230 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3037  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.11 
 
 
230 aa  144  3e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.541371  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4407  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.86 
 
 
213 aa  144  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.380012 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3354  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.22 
 
 
217 aa  144  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.995704 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  44.44 
 
 
213 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.669863  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5910  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  42.08 
 
 
220 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3008  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.51 
 
 
229 aa  140  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00780326 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2808  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.5 
 
 
237 aa  139  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.347525  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2840  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  43.75 
 
 
206 aa  139  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.182688  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3202  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  47.31 
 
 
217 aa  139  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.961371 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6775  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.99 
 
 
213 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.150197  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1286  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.76 
 
 
209 aa  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0118  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.53 
 
 
217 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4300  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.13 
 
 
207 aa  134  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0522  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  45.34 
 
 
208 aa  133  7.999999999999999e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0078684 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4052  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.77 
 
 
202 aa  131  3e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.833859  normal  0.9784 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1521  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.53 
 
 
229 aa  130  6e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0463679 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3468  hypothetical protein  29.8 
 
 
279 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0524823 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2364  hypothetical protein  29.67 
 
 
279 aa  128  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.09488  normal  0.230532 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1870  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.13 
 
 
201 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12930  uracil-DNA glycosylase, family 4  42.17 
 
 
211 aa  126  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3623  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.67 
 
 
216 aa  125  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0075  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  41.81 
 
 
216 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2624  hypothetical protein  28.67 
 
 
279 aa  124  5e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00205381  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0834  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  46.92 
 
 
223 aa  124  5e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597478  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3194  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.17 
 
 
428 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.4407  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0413  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  38.37 
 
 
242 aa  121  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.13684  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0113  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  39.49 
 
 
206 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5828  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.5 
 
 
209 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4431  phage SPO1 DNA polymerase-like protein  36.94 
 
 
226 aa  111  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.696718  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2009  phage SpO1 DNA polymerase-related protein  38.18 
 
 
224 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0331799  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2255  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  40.38 
 
 
304 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10497  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8784  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.1 
 
 
222 aa  107  6e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.644788 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2187  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.31 
 
 
205 aa  106  9e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1204  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.03 
 
 
210 aa  106  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0469279  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1777  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.94 
 
 
186 aa  106  1e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000159527  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2122  hypothetical protein  26.73 
 
 
278 aa  103  8e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0384708  normal  0.383593 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0259  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  37.18 
 
 
238 aa  103  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.382173  normal  0.0633983 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0893  Phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.59 
 
 
227 aa  102  2e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148707 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0290  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  36.08 
 
 
207 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5015  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.39 
 
 
380 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.641312  normal  0.046521 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11480  Uracil-DNA glycosylase  37.42 
 
 
210 aa  101  3e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000353711  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_379  uracil DNA glycosylase superfamily, DNA polymerase bacteriophage-type  32.8 
 
 
206 aa  100  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1940  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.9 
 
 
205 aa  101  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000409376 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0157  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.96 
 
 
200 aa  100  6e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0205394  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1393  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  35.15 
 
 
210 aa  100  7e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0411  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.46 
 
 
193 aa  100  8e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000323475  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0426  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.46 
 
 
193 aa  100  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000629945  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1500  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.14 
 
 
255 aa  99.4  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.43423  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1649  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  32.99 
 
 
209 aa  98.6  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  hitchhiker  0.00048269 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3067  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.96 
 
 
187 aa  99.4  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000000874061  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2853  hypothetical protein  26.62 
 
 
282 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.889205  normal  0.120479 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0200  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  34.59 
 
 
305 aa  98.6  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0270  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.94 
 
 
249 aa  99  2e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.472831  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3405  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.51 
 
 
300 aa  99.4  2e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0414  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  33.91 
 
 
206 aa  98.2  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0748398  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0147  phage SPO1 DNA polymerase-related protein  31.45 
 
 
202 aa  98.2  3e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>