More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0997 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  100 
 
 
392 aa  807    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  36.94 
 
 
390 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
403 aa  148  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
411 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  27.32 
 
 
480 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
385 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.61 
 
 
385 aa  130  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.26 
 
 
382 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
398 aa  124  4e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
407 aa  122  8e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
377 aa  122  9e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
389 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  28.05 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  29.56 
 
 
386 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 
472 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  29.43 
 
 
394 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
415 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 
374 aa  120  4.9999999999999996e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
392 aa  120  6e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.99 
 
 
425 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2369  extracellular ligand-binding receptor  27.3 
 
 
423 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.391884  normal  0.390615 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
392 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  28.15 
 
 
385 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2491  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.946067  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
384 aa  114  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  29.22 
 
 
382 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.42 
 
 
376 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0350  extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000281139  normal  0.291499 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 
388 aa  110  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  29.92 
 
 
386 aa  109  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5877  putative branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic component  28.92 
 
 
379 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 
408 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
386 aa  107  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26140  ABC trasporter substrate binding protein  27.85 
 
 
371 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.0025399  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.45 
 
 
387 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
378 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
378 aa  105  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
378 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  28.29 
 
 
378 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5696  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
382 aa  104  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.668558  hitchhiker  0.00402648 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.74 
 
 
378 aa  103  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  28.48 
 
 
373 aa  103  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3203  extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
372 aa  103  5e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.458632 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  27.96 
 
 
378 aa  103  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
379 aa  103  5e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
382 aa  103  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
401 aa  103  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 
379 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5604  putative extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 
386 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.236032 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0597  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
378 aa  100  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  28.01 
 
 
375 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 
375 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  27.21 
 
 
374 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  27.21 
 
 
413 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  27.73 
 
 
366 aa  100  6e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  27.97 
 
 
373 aa  99.8  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
371 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 
370 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
381 aa  98.2  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
371 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0404  extracellular ligand-binding receptor  28.87 
 
 
409 aa  98.6  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0168747  normal  0.259327 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19650  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, amino acid binding protein  25.25 
 
 
373 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.337564  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
400 aa  98.6  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  27.87 
 
 
379 aa  97.4  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
425 aa  97.4  4e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
386 aa  97.4  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  27.5 
 
 
374 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
411 aa  97.1  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  25.88 
 
 
400 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
398 aa  96.7  6e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1387  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
373 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.279691 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28.52 
 
 
379 aa  96.3  9e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0651  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.73 
 
 
399 aa  95.5  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.837637  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5268  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  26.33 
 
 
394 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
372 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 
406 aa  95.9  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  27.48 
 
 
371 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3348  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5019  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
372 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.560718 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  26.61 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
436 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  31.19 
 
 
391 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.61 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.22915  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 
411 aa  95.1  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
394 aa  95.5  2e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.61 
 
 
371 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 
372 aa  95.1  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0400  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.32 
 
 
387 aa  94.7  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
379 aa  94  4e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.93 
 
 
395 aa  94  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 
372 aa  94  4e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0569  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
364 aa  93.6  5e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.783749  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
374 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3208  Extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 
376 aa  93.6  5e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>