More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A4461 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0002  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
367 aa  742  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.243689  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0002  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.18752  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0002  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  695  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.481367  normal  0.530719 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0002  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  694  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.011531  normal  0.38726 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0002  DNA polymerase III subunit beta  95.37 
 
 
367 aa  712  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.201514  hitchhiker  0.00206466 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0300  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0102  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  699  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0088  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2236  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3183  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  694  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00267181  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0002  DNA polymerase III subunit beta  92.66 
 
 
368 aa  692  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0232451  hitchhiker  5.83688e-05 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4461  DNA polymerase III subunit beta  100 
 
 
367 aa  742  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0591962  normal  0.0989887 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3240  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  701  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.551286  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2554  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  695  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.376427  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0002  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  694  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0645593  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0002  DNA polymerase III subunit beta  92.93 
 
 
368 aa  695  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0846842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0002  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.645907  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2849  DNA polymerase III subunit beta  93.46 
 
 
367 aa  700  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0002  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
371 aa  578  1e-164  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.359453  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.47 
 
 
371 aa  574  1e-163  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.2 
 
 
371 aa  573  1e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0290452  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3441  DNA polymerase III subunit beta  74.66 
 
 
371 aa  571  1e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.325472  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0002  DNA polymerase III subunit beta  75.74 
 
 
371 aa  555  1e-157  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.453135  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0002  DNA polymerase III subunit beta  67.92 
 
 
371 aa  488  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.757969  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0002  DNA polymerase III subunit beta  66.85 
 
 
371 aa  486  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.157006  normal  0.0483245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.34 
 
 
368 aa  430  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.79 
 
 
368 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  56.79 
 
 
368 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.18 
 
 
372 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00413752  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.64 
 
 
369 aa  422  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.72 
 
 
372 aa  420  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.201968  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.25 
 
 
368 aa  420  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0963742  normal  0.484906 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  55.98 
 
 
368 aa  415  1e-115  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.37 
 
 
367 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  7.44787e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0002  DNA polymerase III, beta subunit  57.22 
 
 
381 aa  412  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  3.0299e-05 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.84 
 
 
372 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.79 
 
 
368 aa  410  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  8.266e-08  decreased coverage  0.00275233 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.25 
 
 
368 aa  406  1e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0430732  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  51.63 
 
 
367 aa  380  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  48.63 
 
 
367 aa  375  1e-103  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  1.46926e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0002  DNA polymerase III, beta subunit  56.91 
 
 
369 aa  375  1e-103  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  1.00173e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.9 
 
 
367 aa  321  1e-86  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.28 
 
 
366 aa  316  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  44.78 
 
 
366 aa  313  3e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  45.18 
 
 
366 aa  312  5e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.96 
 
 
366 aa  312  5e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  312  6e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  312  6e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  312  6e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  312  6e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  1.33889e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.99842e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  8.53421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  308  8e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  308  1e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.72 
 
 
366 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  46.03 
 
 
367 aa  308  1e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.72 
 
 
366 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.72 
 
 
366 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.72 
 
 
366 aa  307  1e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.35 
 
 
366 aa  308  1e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  307  2e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  307  2e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.86 
 
 
366 aa  307  2e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.65 
 
 
366 aa  307  2e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  46.17 
 
 
367 aa  306  4e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.05 
 
 
367 aa  305  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.09 
 
 
366 aa  305  8e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  1.43561e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  44.2 
 
 
366 aa  305  8e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.34864e-08  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.48 
 
 
367 aa  303  4e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  45.48 
 
 
367 aa  303  4e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  42.12 
 
 
366 aa  302  7e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  45.21 
 
 
366 aa  302  7e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  43.37 
 
 
366 aa  302  8e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.37 
 
 
366 aa  302  8e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  43.37 
 
 
366 aa  302  8e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.9 
 
 
367 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  41.48 
 
 
366 aa  300  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.26636e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.96 
 
 
366 aa  300  3e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.92 
 
 
366 aa  300  3e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  7.90466e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  45.21 
 
 
367 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  41.58 
 
 
366 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  9.97729e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.7 
 
 
365 aa  299  5e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.78 
 
 
367 aa  299  6e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  44.35 
 
 
367 aa  299  7e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  44.11 
 
 
367 aa  298  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.09 
 
 
366 aa  298  9e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  43.13 
 
 
366 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  44.23 
 
 
367 aa  296  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.76 
 
 
367 aa  293  4e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.19 
 
 
367 aa  291  9e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  40.49 
 
 
366 aa  291  2e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  1.08126e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0010  DNA polymerase III subunit beta  40.92 
 
 
369 aa  289  4e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000914164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>