More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A4283 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  94.16 
 
 
616 aa  1191    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.89 
 
 
612 aa  837    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  70.2 
 
 
613 aa  813    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.4 
 
 
615 aa  832    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
616 aa  1251    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  79.87 
 
 
613 aa  1001    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.57 
 
 
613 aa  832    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.8 
 
 
612 aa  820    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.97 
 
 
612 aa  824    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.57 
 
 
613 aa  832    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.22 
 
 
594 aa  624  1e-177  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.22 
 
 
594 aa  624  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.34 
 
 
587 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.49 
 
 
610 aa  597  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.41 
 
 
676 aa  544  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.65 
 
 
598 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.71 
 
 
627 aa  497  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.85 
 
 
637 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.13 
 
 
610 aa  490  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.3 
 
 
633 aa  491  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.92 
 
 
606 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.08 
 
 
611 aa  439  1e-121  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.43 
 
 
596 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.3 
 
 
584 aa  379  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.9 
 
 
592 aa  375  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  36.18 
 
 
590 aa  371  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  36.18 
 
 
590 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.49 
 
 
632 aa  367  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  35.59 
 
 
601 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  35.76 
 
 
582 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.28 
 
 
590 aa  359  8e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.76 
 
 
581 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.11 
 
 
584 aa  333  6e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.16 
 
 
585 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.88 
 
 
584 aa  331  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  331  3e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
585 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
584 aa  326  8.000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.57 
 
 
583 aa  323  4e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.94 
 
 
585 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  33.51 
 
 
584 aa  322  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.21 
 
 
583 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.39 
 
 
590 aa  314  3.9999999999999997e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.54 
 
 
580 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.87 
 
 
599 aa  306  6e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.07 
 
 
572 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.58 
 
 
605 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.29 
 
 
773 aa  281  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.59 
 
 
786 aa  269  1e-70  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.35 
 
 
753 aa  262  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.1 
 
 
883 aa  250  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.62 
 
 
766 aa  249  1e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.16 
 
 
797 aa  238  3e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  38.48 
 
 
353 aa  234  4.0000000000000004e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.64 
 
 
603 aa  227  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.56 
 
 
599 aa  227  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.4 
 
 
409 aa  220  6e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  46.22 
 
 
254 aa  220  7e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_003296  RS03683  hypothetical protein  68.61 
 
 
245 aa  206  1e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224684  normal  0.254773 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.89 
 
 
633 aa  191  4e-47  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.42 
 
 
1023 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.8 
 
 
594 aa  176  9e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  25.25 
 
 
590 aa  174  3.9999999999999995e-42  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  35.18 
 
 
357 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.79 
 
 
1036 aa  165  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  34.84 
 
 
379 aa  164  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  33.44 
 
 
306 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.51 
 
 
806 aa  154  5.9999999999999996e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  32.37 
 
 
284 aa  150  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  35.77 
 
 
475 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.18 
 
 
565 aa  145  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0326  diguanylate phosphodiesterase  38.4 
 
 
385 aa  138  2e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.308148 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
340 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1985  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 
485 aa  130  8.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.299339  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1906  diguanylate phosphodiesterase  35.83 
 
 
410 aa  129  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0735137  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1771  diguanylate phosphodiesterase  37.79 
 
 
475 aa  128  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.142828  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5174  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.2 
 
 
703 aa  126  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.903635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.07 
 
 
710 aa  125  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  31.58 
 
 
239 aa  124  5e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  31.78 
 
 
351 aa  124  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1061  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 
454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.347929  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4174  diguanylate phosphodiesterase  34.98 
 
 
425 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.31 
 
 
413 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2099  response regulator receiver modulated diguanylate phosphodiesterase  35.37 
 
 
402 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.316821 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.85 
 
 
318 aa  117  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  28.97 
 
 
437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.16 
 
 
734 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  31.84 
 
 
332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  29.83 
 
 
360 aa  115  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  29.83 
 
 
362 aa  115  3e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.5 
 
 
443 aa  114  7.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.78 
 
 
441 aa  113  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1587  protein serine/threonine phosphatase  37.9 
 
 
459 aa  113  9e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.661001  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  35.39 
 
 
743 aa  112  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.366607  normal  0.0420324 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4968  diguanylate phosphodiesterase with GAF sensor(s)  35.59 
 
 
447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.49831  normal  0.572162 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  32.23 
 
 
257 aa  112  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1371  diguanylate phosphodiesterase  33.75 
 
 
361 aa  111  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  31.86 
 
 
262 aa  110  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2139  diguanylate phosphodiesterase  34.56 
 
 
403 aa  110  9.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.067843  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2246  diguanylate phosphodiesterase  32.17 
 
 
413 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.101865  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>