285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A3477 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2174  Lysine decarboxylase  78.7 
 
 
759 aa  1258    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0762291 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1886  lysine decarboxylase  73.82 
 
 
751 aa  1186    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2437  lysine decarboxylase  90.53 
 
 
759 aa  1424    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0716187  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2738  Lysine decarboxylase  71.69 
 
 
767 aa  1150    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2365  biodegradative arginine decarboxylase protein  79.09 
 
 
759 aa  1263    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0493181 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0862  lysine decarboxylase  90.66 
 
 
759 aa  1421    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774343  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2345  lysine decarboxylase  90.79 
 
 
759 aa  1425    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.964996  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2964  lysine decarboxylase  70.17 
 
 
871 aa  1138    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10226  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1590  Lysine decarboxylase  77.68 
 
 
747 aa  1229    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.334363  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5196  lysine decarboxylase  50.59 
 
 
756 aa  783    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.586753  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2252  Lysine decarboxylase  70.39 
 
 
789 aa  1148    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0715  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.395264  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0578  ornithine decarboxylase  76.51 
 
 
742 aa  1216    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.986824  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0689  ornithine decarboxylase  79.22 
 
 
756 aa  1269    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.9866  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2106  ornithine decarboxylase  75.13 
 
 
747 aa  1217    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.543581  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29580  Ornithine/lysine/arginine decarboxylase  49.21 
 
 
746 aa  711    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1216  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2188  ornithine decarboxylase  49.22 
 
 
751 aa  749    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5763  lysine decarboxylase  90.79 
 
 
759 aa  1426    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.318981 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2393  Lysine decarboxylase  48.83 
 
 
762 aa  766    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.736843  normal  0.708537 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3478  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  48.96 
 
 
751 aa  757    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3465  lysine decarboxylase  47.53 
 
 
749 aa  722    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.583785  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0861  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.53 
 
 
759 aa  1442    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.206797  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2126  lysine decarboxylase  70.19 
 
 
762 aa  1153    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2967  ornithine decarboxylase  75.07 
 
 
757 aa  1219    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.482503  normal  0.818361 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0915  lysine decarboxylase  76.48 
 
 
746 aa  1222    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1059  ornithine decarboxylase  76.48 
 
 
746 aa  1222    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2415  ornithine decarboxylase  71.41 
 
 
764 aa  1166    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.413293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3477  ornithine decarboxylase  100 
 
 
761 aa  1576    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1088  Lysine decarboxylase  72.93 
 
 
753 aa  1189    Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2754  ornithine decarboxylase  80 
 
 
754 aa  1276    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.135744  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1821  lysine decarboxylase  90.53 
 
 
759 aa  1424    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.106593  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1725  lysine decarboxylase  47.46 
 
 
749 aa  738    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.879882  normal  0.772169 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2186  lysine decarboxylase  93.68 
 
 
760 aa  1461    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0975891 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2479  lysine decarboxylase  90.79 
 
 
759 aa  1425    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.506785  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41020  putative Orn/Arg/Lys decarboxylase  48.83 
 
 
751 aa  755    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3712  lysine decarboxylase  48.11 
 
 
757 aa  732    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709841  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2432  lysine decarboxylase  90.53 
 
 
759 aa  1424    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0158753  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3257  lysine decarboxylase  70.22 
 
 
793 aa  1141    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.975829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2020  lysine decarboxylase  70.63 
 
 
777 aa  1159    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.605875  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2762  ornithine decarboxylase  70.26 
 
 
789 aa  1147    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2298  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3498  lysine decarboxylase  70.39 
 
 
772 aa  1136    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0638037 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0651  lysine decarboxylase  75.43 
 
 
755 aa  1226    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1020  Lysine decarboxylase  98.55 
 
 
761 aa  1555    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2068  lysine decarboxylase  48.83 
 
 
747 aa  743    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.014755  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1925  ornithine decarboxylase  74.08 
 
 
753 aa  1182    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00506888 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2988  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.541355  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1204  Lysine decarboxylase  74.51 
 
 
755 aa  1215    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.000000000345453  normal  0.552697 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1269  lysine decarboxylase  44.9 
 
 
767 aa  642    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1058  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1064  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1611  Orn/Lys/Arg decarboxylase  90.39 
 
 
759 aa  1437    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.175445  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2578  Lysine decarboxylase  78.57 
 
 
759 aa  1257    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.181221 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4345  lysine decarboxylase  40.87 
 
 
779 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.913675  hitchhiker  0.000705117 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2074  response regulator receiver domain-containing protein  41.08 
 
 
766 aa  599  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0189662  normal  0.738564 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4356  response regulator receiver protein  41.34 
 
 
794 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4861  lysine decarboxylase  40.74 
 
 
779 aa  601  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112463  hitchhiker  0.00183644 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0144  lysine decarboxylase  41.15 
 
 
769 aa  599  1e-170  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.263338  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4010  response regulator receiver protein  41.34 
 
 
794 aa  601  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.622198  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3514  response regulator receiver protein  41.21 
 
 
766 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0354739 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0779  arginine decarboxylase  40.23 
 
 
779 aa  598  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0975108  normal  0.0520497 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6447  lysine decarboxylase  40.99 
 
 
771 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.295731 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3701  lysine decarboxylase  43.41 
 
 
780 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0757971  normal  0.27436 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4642  biodegradative arginine decarboxylase  37.31 
 
 
756 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4560  biodegradative arginine decarboxylase  37.31 
 
 
756 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4691  biodegradative arginine decarboxylase  37.31 
 
 
756 aa  546  1e-154  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4642  biodegradative arginine decarboxylase  37.31 
 
 
756 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4551  biodegradative arginine decarboxylase  37.31 
 
 
756 aa  545  1e-153  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3875  Arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  530  1e-149  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3910  arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  531  1e-149  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.143171  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4671  biodegradative arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  531  1e-149  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4358  biodegradative arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  531  1e-149  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.959174  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4583  biodegradative arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  530  1e-149  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4614  biodegradative arginine decarboxylase  36.46 
 
 
756 aa  531  1e-149  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5631  biodegradative arginine decarboxylase  36.54 
 
 
756 aa  531  1e-149  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03949  hypothetical protein  36.41 
 
 
756 aa  528  1e-148  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03988  biodegradative arginine decarboxylase  36.41 
 
 
756 aa  528  1e-148  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2860  lysine decarboxylase  37.24 
 
 
768 aa  528  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.041352  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2781  biodegradative arginine decarboxylase  37.24 
 
 
768 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1325  biodegradative arginine decarboxylase  37.11 
 
 
768 aa  525  1e-147  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483387  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2491  lysine decarboxylase  38.58 
 
 
712 aa  506  9.999999999999999e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2658  lysine decarboxylase, inducible  38.3 
 
 
733 aa  502  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04002  lysine decarboxylase 1  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.82832  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3896  lysine decarboxylase  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3860  Lysine decarboxylase  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0272  lysine decarboxylase, constitutive  38.17 
 
 
713 aa  502  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.549018  normal  0.511484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4686  lysine decarboxylase homolog, constitutive  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4600  lysine decarboxylase, constitutive  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.416329  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5647  lysine decarboxylase, constitutive  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  38.17 
 
 
713 aa  502  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4372  lysine decarboxylase, constitutive  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.152714  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00205  lysine decarboxylase  37.77 
 
 
724 aa  502  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0275  lysine decarboxylase, constitutive  38.17 
 
 
713 aa  499  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002189  lysine decarboxylase  37.64 
 
 
711 aa  501  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000318347  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03964  hypothetical protein  37.21 
 
 
715 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850085  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0256  lysine decarboxylase, constitutive  37.9 
 
 
713 aa  497  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.686506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0261  lysine decarboxylase, constitutive  38.04 
 
 
713 aa  499  1e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.658449  normal  0.265457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0724  L-lysine decarboxylase  36.65 
 
 
712 aa  489  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0190  lysine decarboxylase, constitutive  37.21 
 
 
713 aa  490  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>