More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A2328 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  46.63 
 
 		 901 aa  778    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 1001 aa  2042    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  50.2 
 
 		 867 aa  923    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  54.17 
 
 		 936 aa  1033    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  55.06 
 
 		 927 aa  1045    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  82.62 
 
 		 940 aa  1662    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  54.65 
 
 		 927 aa  1026    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  55.3 
 
 		 932 aa  1054    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  54.17 
 
 		 936 aa  1032    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  55.3 
 
 		 949 aa  1043    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  52.19 
 
 		 1163 aa  1063    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  50.2 
 
 		 863 aa  913    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  67.83 
 
 		 954 aa  1372    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 930 aa  612  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  45.61 
 
 		 866 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  46.92 
 
 		 939 aa  605  1.0000000000000001e-171  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  45.22 
 
 		 840 aa  594  1e-168  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  44.66 
 
 		 847 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  37.43 
 
 		 913 aa  579  1.0000000000000001e-163  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  59.38 
 
 		 980 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  59.03 
 
 		 1157 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  49.92 
 
 		 882 aa  570  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  35.72 
 
 		 881 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  36.92 
 
 		 886 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  46.48 
 
 		 848 aa  551  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  36.16 
 
 		 883 aa  552  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  35.55 
 
 		 882 aa  546  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  36.04 
 
 		 845 aa  548  1e-154  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  46.54 
 
 		 851 aa  546  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  36.9 
 
 		 868 aa  538  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  37.06 
 
 		 868 aa  531  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  47.59 
 
 		 833 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  47.42 
 
 		 833 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  35.89 
 
 		 888 aa  524  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  47.92 
 
 		 833 aa  522  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  34.08 
 
 		 896 aa  515  1e-144  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  45.79 
 
 		 853 aa  509  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  33.47 
 
 		 902 aa  502  1e-140  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  46.43 
 
 		 847 aa  498  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  46.61 
 
 		 837 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  42.83 
 
 		 864 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  44.44 
 
 		 832 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  45.54 
 
 		 825 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  43.76 
 
 		 856 aa  451  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  43.36 
 
 		 845 aa  431  1e-119  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  31.87 
 
 		 877 aa  424  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  39.51 
 
 		 834 aa  414  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 911 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  38.79 
 
 		 893 aa  406  1e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  40.15 
 
 		 918 aa  401  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  38.95 
 
 		 900 aa  402  9.999999999999999e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  40.96 
 
 		 914 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  41.03 
 
 		 603 aa  397  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  41.87 
 
 		 895 aa  399  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  38.73 
 
 		 914 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  37.98 
 
 		 815 aa  383  1e-104  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  38.94 
 
 		 865 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  40.36 
 
 		 837 aa  371  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  38.24 
 
 		 843 aa  363  7.0000000000000005e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  40 
 
 		 866 aa  361  3e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  39.07 
 
 		 608 aa  358  1.9999999999999998e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  57.73 
 
 		 837 aa  354  4e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  56.4 
 
 		 651 aa  352  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  39.3 
 
 		 825 aa  347  8.999999999999999e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  52.63 
 
 		 651 aa  346  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  53 
 
 		 846 aa  334  4e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  35.26 
 
 		 817 aa  332  2e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  35.34 
 
 		 534 aa  326  1e-87  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  32.52 
 
 		 871 aa  325  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  55.63 
 
 		 298 aa  322  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  32.66 
 
 		 872 aa  313  7.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  52.38 
 
 		 871 aa  313  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  30.6 
 
 		 646 aa  303  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  30.56 
 
 		 896 aa  296  1e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  44.97 
 
 		 343 aa  280  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  44.65 
 
 		 343 aa  273  1e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  45.9 
 
 		 644 aa  268  2.9999999999999995e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  45.28 
 
 		 684 aa  258  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  43.99 
 
 		 656 aa  257  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  45.11 
 
 		 658 aa  254  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  44.16 
 
 		 683 aa  238  4e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  45.86 
 
 		 846 aa  236  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  39.33 
 
 		 813 aa  237  1.0000000000000001e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  39.39 
 
 		 658 aa  233  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  41.26 
 
 		 301 aa  231  6e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  36.81 
 
 		 818 aa  230  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  37.91 
 
 		 383 aa  223  1.9999999999999999e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  38.64 
 
 		 822 aa  220  7.999999999999999e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3242  DNA ligase D  26.52 
 
 		 657 aa  214  5.999999999999999e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.99209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  41.45 
 
 		 297 aa  213  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  38.91 
 
 		 351 aa  211  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5331  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.74 
 
 		 346 aa  211  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51032 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  40.88 
 
 		 292 aa  210  9e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  39.38 
 
 		 847 aa  210  9e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  35.31 
 
 		 861 aa  210  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5730  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  39.09 
 
 		 350 aa  204  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.996793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  39.94 
 
 		 343 aa  203  1.9999999999999998e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  37.07 
 
 		 299 aa  202  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  38.11 
 
 		 354 aa  200  9e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  37.99 
 
 		 350 aa  200  1.0000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>