More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1135 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
99 aa  199  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  84.62 
 
 
97 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  83.52 
 
 
97 aa  154  4e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  80 
 
 
106 aa  152  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0695  transcriptional regulator, XRE family  68.13 
 
 
101 aa  125  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.381064  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2873  hypothetical protein  69.23 
 
 
101 aa  125  3e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.305653  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  65.93 
 
 
97 aa  124  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  68.13 
 
 
99 aa  122  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2406  hypothetical protein  68.13 
 
 
99 aa  122  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2174  XRE family transcriptional regulator  68.13 
 
 
99 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112097  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  67.03 
 
 
98 aa  120  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 
97 aa  108  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  58.95 
 
 
97 aa  108  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  59.34 
 
 
107 aa  108  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  57.29 
 
 
97 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2082  transcriptional regulator, XRE family  60.44 
 
 
102 aa  104  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 
131 aa  89.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  41.98 
 
 
90 aa  60.1  0.00000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_002936  DET1555  DNA-binding protein  43.33 
 
 
72 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00000236293  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_67  hypothetical protein  43.33 
 
 
72 aa  59.3  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6198  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
104 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1500  transcriptional regulator, XRE family  45.95 
 
 
81 aa  58.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1180  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 
81 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.133666  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5293  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5565  XRE family transcriptional regulator  41.56 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
71 aa  56.6  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 
72 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 
72 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 
96 aa  54.3  0.0000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1520  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 
176 aa  54.7  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0757766  normal  0.0239869 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2281  XRE family transcriptional regulator  47.54 
 
 
74 aa  53.9  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.048354  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 
79 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.0000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 
81 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3542  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
81 aa  53.1  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1890  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00515298  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  44.44 
 
 
190 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3268  XRE family transcriptional regulator  43.86 
 
 
91 aa  53.1  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  40.62 
 
 
81 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4980  XRE family transcriptional regulator  42.19 
 
 
93 aa  52.8  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.656597 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  41.27 
 
 
70 aa  52.8  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6923  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
81 aa  52  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.251007  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
83 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 
154 aa  52  0.000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 
207 aa  52  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5197  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
88 aa  51.6  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
67 aa  51.6  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  40.32 
 
 
154 aa  51.2  0.000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0684  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 
101 aa  51.2  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0300399  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0459  transcriptional regulator, XRE family  47.54 
 
 
81 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.995488  normal  0.299966 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0669  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
75 aa  50.4  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 
91 aa  50.4  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
202 aa  50.4  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1154  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
72 aa  50.4  0.000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.71 
 
 
203 aa  50.4  0.000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4217  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 
69 aa  50.4  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.538571  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 
75 aa  50.4  0.000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  39.39 
 
 
68 aa  50.4  0.000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 
140 aa  50.1  0.000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  35.06 
 
 
91 aa  49.7  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.86 
 
 
119 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
133 aa  49.7  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4365  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
197 aa  49.7  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000321232  normal  0.264561 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2573  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 
77 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2753  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 
81 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
203 aa  48.9  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 
76 aa  48.9  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal 
 
 
-
 
NC_013224  Dret_2524  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 
76 aa  48.5  0.00003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000972778  normal 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0002  type II restriction-modification system activator, putative  35.94 
 
 
75 aa  48.5  0.00003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243501  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.86 
 
 
120 aa  48.5  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2012  DNA-binding protein  41.94 
 
 
67 aa  48.1  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0741905  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4719  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.155246 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 
90 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  34.48 
 
 
182 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0073  DNA-binding protein  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0074  DNA-binding protein  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0086  DNA-binding protein  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.786766  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0070  transcriptional regulator  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0083  DNA-binding protein  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000440854 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0070  transcriptional regulator  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
73 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
85 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0074  DNA-binding protein  34.92 
 
 
67 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
96 aa  48.1  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0889  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
81 aa  48.1  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 
101 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0685  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 
86 aa  48.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1328  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
174 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000725972  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 
89 aa  47.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>