173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A1016 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1016  oligoribonuclease  100 
 
 
207 aa  435  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2968  oligoribonuclease  97.54 
 
 
203 aa  417  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.139128  normal  0.188792 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0778  oligoribonuclease  87.56 
 
 
207 aa  361  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.101637 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1670  oligoribonuclease  86.22 
 
 
229 aa  358  3e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904673  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4192  oligoribonuclease  86.01 
 
 
206 aa  358  4e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.872573  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0954  oligoribonuclease  81.55 
 
 
206 aa  346  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0958  oligoribonuclease  81.55 
 
 
206 aa  346  1e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.8305 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0392  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.484174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2535  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.391495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0908  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2848  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  343  1e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0239  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  343  1e-93  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2908  oligoribonuclease  86.22 
 
 
201 aa  342  2e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.4726  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0599  oligoribonuclease  81.55 
 
 
206 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62121  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1037  oligoribonuclease  81.55 
 
 
206 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1078  oligoribonuclease  81.55 
 
 
206 aa  342  2.9999999999999997e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2958  oligoribonuclease  86.22 
 
 
229 aa  341  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2225  oligoribonuclease  84.97 
 
 
211 aa  337  5.9999999999999996e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0942  oligoribonuclease  68.56 
 
 
219 aa  285  2.9999999999999996e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.012478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0907  oligoribonuclease  72.47 
 
 
210 aa  285  2.9999999999999996e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2574  oligoribonuclease  70.33 
 
 
205 aa  285  4e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2911  oligoribonuclease  71.67 
 
 
191 aa  278  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0813  oligoribonuclease  69.59 
 
 
219 aa  277  7e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.526826  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0884  oligoribonuclease  69.07 
 
 
215 aa  275  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.373133 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1473  oligoribonuclease  69.94 
 
 
183 aa  271  5.000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.777714  normal  0.355719 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3001  oligoribonuclease  71.75 
 
 
184 aa  271  7e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217558  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1470  oligoribonuclease  67.58 
 
 
187 aa  270  9e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.255303 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0985  oligoribonuclease  67.39 
 
 
187 aa  266  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1893  oligoribonuclease  62.69 
 
 
193 aa  265  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.53221  normal  0.982216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1994  oligoribonuclease  68.79 
 
 
182 aa  265  5e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0106356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1700  oligoribonuclease  66.48 
 
 
187 aa  262  3e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.104292  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0324  oligoribonuclease  67.6 
 
 
195 aa  261  4e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.224981  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3346  oligoribonuclease  65.19 
 
 
192 aa  261  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0311181 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2694  oligoribonuclease  64.64 
 
 
192 aa  260  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1839  oligoribonuclease  66.47 
 
 
182 aa  254  4e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1483  oligoribonuclease  62.43 
 
 
198 aa  251  4.0000000000000004e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0135513  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1412  oligoribonuclease  67.27 
 
 
169 aa  245  3e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.118858  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3212  oligoribonuclease  64.71 
 
 
181 aa  244  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0225  oligoribonuclease  63.64 
 
 
183 aa  243  9.999999999999999e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0254555  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0559  oligoribonuclease  63.95 
 
 
181 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.143761  normal  0.198605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3547  oligoribonuclease  64.5 
 
 
181 aa  242  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.941773  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3317  oligoribonuclease  62.43 
 
 
181 aa  240  9e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000232212  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1847  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  63.01 
 
 
188 aa  240  1e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0353601 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3032  oligoribonuclease  62.35 
 
 
181 aa  240  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.102944  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0525  oligoribonuclease  58.86 
 
 
195 aa  239  2e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.214811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0591  oligoribonuclease  64.5 
 
 
181 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.886614  hitchhiker  0.000123281 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3439  oligoribonuclease  64.5 
 
 
181 aa  239  2.9999999999999997e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704694  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1276  oligoribonuclease  57.3 
 
 
198 aa  238  4e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0268591  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0592  oligoribonuclease  63.91 
 
 
181 aa  238  5e-62  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0714  oligoribonuclease  58.76 
 
 
184 aa  237  9e-62  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.705267  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4619  oligoribonuclease  61.85 
 
 
181 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4747  oligoribonuclease  61.85 
 
 
181 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00828868  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4711  oligoribonuclease  61.85 
 
 
181 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.036759  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4628  oligoribonuclease  61.85 
 
 
181 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000013917  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4768  oligoribonuclease  61.85 
 
 
181 aa  236  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.198283  normal  0.0613691 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0590  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  236  2e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000254654 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3753  oligoribonuclease  63.58 
 
 
180 aa  236  2e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0633  oligoribonuclease  57.78 
 
 
184 aa  234  6e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.840198  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3931  oligoribonuclease  63.58 
 
 
180 aa  234  6e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3287  oligoribonuclease  63.91 
 
 
181 aa  234  6e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.161862  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4178  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1734  oligoribonuclease  63.07 
 
 
195 aa  233  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.0026371  normal  0.333729 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0551  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000104193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3774  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00192179  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3900  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  233  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00262855  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4633  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000387491  normal  0.0592166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04032  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000706599  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000318857  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3848  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000498222  hitchhiker  0.0000133205 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03994  hypothetical protein  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000413347  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2676  oligoribonuclease  60.8 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5678  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000295119  normal  0.99134 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4694  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.76072e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3717  oligoribonuclease  63.31 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.624227  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4403  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000656326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4719  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000375023  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1552  oligoribonuclease  62.5 
 
 
195 aa  232  3e-60  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000145931  normal  0.275073 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1080  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.27 
 
 
181 aa  232  3e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0476  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.85 
 
 
180 aa  232  3e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.459407  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4950  oligoribonuclease  58.89 
 
 
178 aa  231  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0564  oligoribonuclease  58.89 
 
 
178 aa  231  5e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0341  oligoribonuclease  60.12 
 
 
183 aa  231  5e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.828352  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0387  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.27 
 
 
180 aa  231  6e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.146575  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1502  oligoribonuclease  62.5 
 
 
193 aa  231  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.678384 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002252  oligoribonuclease  62.21 
 
 
181 aa  231  7.000000000000001e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000410797  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0708  oligoribonuclease  60.69 
 
 
181 aa  230  9e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.367398  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4902  oligoribonuclease  62.43 
 
 
180 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4778  oligoribonuclease  62.43 
 
 
180 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0790  oligoribonuclease  61.54 
 
 
181 aa  230  1e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  hitchhiker  0.00115856 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0628  oligoribonuclease  61.85 
 
 
180 aa  229  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4954  oligoribonuclease  61.85 
 
 
180 aa  229  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.445881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07470  oligoribonuclease  61.27 
 
 
180 aa  229  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1270  oligoribonuclease  57.84 
 
 
187 aa  229  3e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.768994  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3481  oligoribonuclease  58.38 
 
 
181 aa  228  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.122162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3808  oligoribonuclease  60.12 
 
 
181 aa  228  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000372044  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3661  oligoribonuclease  60.12 
 
 
181 aa  228  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000474416  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0424  oligoribonuclease  60.12 
 
 
181 aa  228  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000286047  hitchhiker  0.000000586556 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00112  oligoribonuclease  61.27 
 
 
181 aa  228  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4693  oligoribonuclease  61.27 
 
 
180 aa  228  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1566  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  61.85 
 
 
183 aa  228  6e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>