More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A0656 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  81.68 
 
 
382 aa  659    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  95.03 
 
 
382 aa  756    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  79.84 
 
 
382 aa  639    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  88.48 
 
 
382 aa  713    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  80.1 
 
 
401 aa  642    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  79.32 
 
 
382 aa  642    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  88.48 
 
 
382 aa  712    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  78.8 
 
 
382 aa  635    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  92.41 
 
 
382 aa  743    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  89.27 
 
 
502 aa  720    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  100 
 
 
382 aa  783    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  91.88 
 
 
382 aa  739    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  97.91 
 
 
382 aa  775    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  92.15 
 
 
382 aa  736    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  92.15 
 
 
382 aa  741    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  92.41 
 
 
382 aa  740    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  80.89 
 
 
382 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  92.15 
 
 
382 aa  741    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  88.48 
 
 
382 aa  713    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  88.48 
 
 
382 aa  713    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  88.74 
 
 
382 aa  714    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  88.74 
 
 
382 aa  716    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  88.48 
 
 
382 aa  713    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  92.41 
 
 
382 aa  740    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  80.37 
 
 
382 aa  622  1e-177  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  78.01 
 
 
382 aa  620  1e-176  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  78.01 
 
 
382 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  73.56 
 
 
382 aa  599  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  72.25 
 
 
382 aa  596  1e-169  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  74.35 
 
 
382 aa  592  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  71.47 
 
 
382 aa  580  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  66.23 
 
 
384 aa  542  1e-153  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  65.45 
 
 
384 aa  533  1e-150  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  62.83 
 
 
382 aa  521  1e-147  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  65.27 
 
 
382 aa  518  1e-146  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  64.04 
 
 
400 aa  509  1e-143  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  510  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  63.87 
 
 
382 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2580  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  65.18 
 
 
382 aa  502  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2990  galactonate dehydratase  64.14 
 
 
382 aa  502  1e-141  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.554919  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  63.09 
 
 
382 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  63.09 
 
 
382 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  61.52 
 
 
378 aa  499  1e-140  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  63.09 
 
 
382 aa  501  1e-140  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  63.09 
 
 
382 aa  501  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  62.83 
 
 
382 aa  494  1e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  63.87 
 
 
382 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  60.47 
 
 
381 aa  490  1e-137  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  59.42 
 
 
382 aa  480  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3772  galactonate dehydratase  60.73 
 
 
382 aa  474  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.451307 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  60.47 
 
 
382 aa  468  1.0000000000000001e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  58.9 
 
 
382 aa  468  1.0000000000000001e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  59.69 
 
 
381 aa  468  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  53.14 
 
 
381 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  57.59 
 
 
381 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.61 
 
 
382 aa  444  1.0000000000000001e-124  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.24 
 
 
381 aa  442  1e-123  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  55.76 
 
 
381 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  57.59 
 
 
381 aa  439  9.999999999999999e-123  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  52.23 
 
 
381 aa  397  1e-109  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal 
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  51.56 
 
 
438 aa  371  1e-101  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  47.27 
 
 
415 aa  348  8e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.19 
 
 
388 aa  341  1e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  45.94 
 
 
391 aa  341  2e-92  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0120  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  46.6 
 
 
377 aa  326  4.0000000000000003e-88  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.102708  normal  0.754762 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4035  galactonate dehydratase  43.75 
 
 
382 aa  325  6e-88  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.95 
 
 
388 aa  261  1e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.35 
 
 
388 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  39.18 
 
 
398 aa  257  2e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  40.55 
 
 
392 aa  252  8.000000000000001e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.47 
 
 
395 aa  229  5e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  36.19 
 
 
375 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.25 
 
 
393 aa  223  4e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.25 
 
 
393 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  36.36 
 
 
385 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5132  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.13 
 
 
402 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4867  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.76 
 
 
387 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.823236  normal  0.123267 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.52 
 
 
393 aa  211  2e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0154  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.89 
 
 
398 aa  211  2e-53  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.434953  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4287  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.17 
 
 
405 aa  211  2e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.723676 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3665  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.76 
 
 
387 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.55 
 
 
403 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07140  D-mannonate dehydratase  34.22 
 
 
402 aa  209  5e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537507  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  38.27 
 
 
403 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2277  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.31 
 
 
402 aa  209  8e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.612864  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4599  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.65 
 
 
402 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.316488  normal  0.738385 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1162  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.25 
 
 
404 aa  207  2e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.767056 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02420  D-mannonate dehydratase  32.68 
 
 
402 aa  207  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296933  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.85 
 
 
402 aa  206  4e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1270  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.54 
 
 
404 aa  206  6e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.525682  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0790  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.58 
 
 
409 aa  206  7e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.18 
 
 
404 aa  205  9e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1004  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
403 aa  205  1e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.123594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>