More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_A0487 on replicon NC_007951
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3424  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.36 
 
 
477 aa  635  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0120  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  71.92 
 
 
463 aa  650  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0146201 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2835  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.05 
 
 
465 aa  755  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0068259  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0531  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.19 
 
 
465 aa  756  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0298409  normal  0.578451 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3543  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.48 
 
 
465 aa  765  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0078  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.4 
 
 
465 aa  758  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2723  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  80.65 
 
 
483 aa  729  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3646  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.4 
 
 
465 aa  762  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0489  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.4 
 
 
465 aa  748  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.455446  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  93.51 
 
 
464 aa  843  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3469  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  98.07 
 
 
467 aa  917  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0154582  hitchhiker  0.00481744 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0487  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  100 
 
 
467 aa  932  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0267427  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1076  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.53 
 
 
467 aa  640  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.345566  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3426  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  72.53 
 
 
471 aa  645  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.294637  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3127  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  81.06 
 
 
471 aa  738  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2268  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.23 
 
 
475 aa  638  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0144942 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3088  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  80.43 
 
 
483 aa  726  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.47524  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1119  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.48 
 
 
465 aa  772  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  79.79 
 
 
475 aa  748  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.680474  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0463  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  71.31 
 
 
469 aa  656  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.132018 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2843  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  80.65 
 
 
483 aa  729  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0471  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.26 
 
 
465 aa  762  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.26 
 
 
465 aa  762  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3524  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.48 
 
 
465 aa  765  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0822  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.88 
 
 
475 aa  639  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.921504 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3549  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.48 
 
 
465 aa  765  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3233  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.26 
 
 
465 aa  762  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2550  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  83.26 
 
 
465 aa  762  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0464  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  81.97 
 
 
465 aa  756  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.300994  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3416  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.6 
 
 
478 aa  654  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.971134 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0560  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  82.4 
 
 
465 aa  758  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.141354  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1471  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.74 
 
 
477 aa  630  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.312557  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0920  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.96 
 
 
485 aa  624  1e-178  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0182  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  64.73 
 
 
478 aa  624  1e-178  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0120552  normal  0.632755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0523  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  70 
 
 
469 aa  622  1e-177  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.610715 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3497  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  69.46 
 
 
463 aa  618  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0772832  normal  0.207308 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2493  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  67.09 
 
 
522 aa  616  1e-175  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0168  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  65.35 
 
 
478 aa  610  1e-173  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0627386  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3669  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.1 
 
 
477 aa  608  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742658  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2979  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  68.1 
 
 
477 aa  608  1e-173  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.0050212  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4571  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  66.95 
 
 
477 aa  605  1e-172  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.066051  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0923  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60 
 
 
480 aa  563  1e-159  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4511  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.3 
 
 
482 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.3 
 
 
482 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0804649  normal  0.186953 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1338  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.08 
 
 
482 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0752628 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4101  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.26 
 
 
486 aa  552  1e-156  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.506698  normal  0.60391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4672  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.3 
 
 
486 aa  552  1e-156  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0155778  normal  0.483786 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13260  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.03 
 
 
488 aa  554  1e-156  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.701175  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4407  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  58.73 
 
 
486 aa  554  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0945  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.08 
 
 
482 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2428  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  61.54 
 
 
472 aa  546  1e-154  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4218  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.52 
 
 
488 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0387  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.52 
 
 
488 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.110933  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3742  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.52 
 
 
488 aa  541  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0113506  hitchhiker  3.37645e-07 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3569  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.73 
 
 
488 aa  544  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  5.67341e-08 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57330  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.62 
 
 
480 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4983  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.62 
 
 
480 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80635  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0403  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.39 
 
 
488 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0491685  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0849  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.48 
 
 
474 aa  540  1e-152  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0402  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.39 
 
 
488 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.366897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0414  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.39 
 
 
488 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104727 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0488  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.3 
 
 
488 aa  538  1e-152  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.275208  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0428  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.39 
 
 
488 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.19875  hitchhiker  9.35532e-11 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00903  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.11 
 
 
485 aa  538  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0356  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.3 
 
 
479 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.207602  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4464  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  58.57 
 
 
503 aa  536  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.504699  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2451  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.87 
 
 
481 aa  535  1e-151  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004489  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  56.11 
 
 
485 aa  537  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0276736  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2643  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.77 
 
 
487 aa  525  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3452  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.86 
 
 
484 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000273756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0411  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.21 
 
 
489 aa  521  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.95093  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4532  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.52 
 
 
489 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.323357  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0355  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.86 
 
 
484 aa  520  1e-146  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000792879 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1978  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.64 
 
 
486 aa  516  1e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0586657  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1968  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.21 
 
 
477 aa  514  1e-145  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0316215  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3803  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.52 
 
 
485 aa  518  1e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.595794  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2613  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  56.11 
 
 
473 aa  514  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00649562  unclonable  5.96507e-12 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2192  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.33 
 
 
479 aa  511  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.604206  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2090  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  59.43 
 
 
486 aa  513  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.787988  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2047  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.77 
 
 
477 aa  512  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00131729  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3518  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.29 
 
 
484 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3810  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.3 
 
 
489 aa  510  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.144086  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0603  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.33 
 
 
478 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2031  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.15 
 
 
479 aa  501  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.345646  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0584  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  54.74 
 
 
461 aa  503  1e-141  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.44121  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2189  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  58.39 
 
 
488 aa  495  1e-139  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.916077  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0525  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  52.62 
 
 
476 aa  492  1e-138  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0132374  hitchhiker  6.36277e-05 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1750  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  53.06 
 
 
479 aa  492  1e-138  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0518  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  50.44 
 
 
490 aa  494  1e-138  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03257  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  56.21 
 
 
481 aa  491  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04366  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  57.65 
 
 
477 aa  491  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0762  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.56 
 
 
492 aa  486  1e-136  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0384116  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3779  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55.65 
 
 
486 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.60194  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0451  UDP-N-acetylmuramate/alanine ligase  53.9 
 
 
491 aa  483  1e-135  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.367175  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0770  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  60.4 
 
 
475 aa  481  1e-134  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.565626  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3591  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  55 
 
 
486 aa  479  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2917  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.03 
 
 
507 aa  480  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.813315  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2860  UDP-N-acetylmuramate--alanine ligase  56.16 
 
 
476 aa  481  1e-134  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0184261  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3517  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.03 
 
 
500 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3386  UDP-N-acetylmuramate--L-alanine ligase  54.03 
 
 
500 aa  480  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.643221  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>