More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3962 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3962  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  100 
 
 
370 aa  754    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2271  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  66.38 
 
 
369 aa  495  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.897407  normal  0.90491 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0313  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.15 
 
 
371 aa  478  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4975  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  62.15 
 
 
370 aa  475  1e-133  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0890752 
 
 
-
 
NC_004310  BR0239  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.71 
 
 
372 aa  462  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0232  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  62.98 
 
 
372 aa  464  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  60.56 
 
 
376 aa  461  1e-129  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0951632  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3395  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  58.4 
 
 
369 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.446671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2550  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  36.18 
 
 
378 aa  230  3e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000249838  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0028  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  37.54 
 
 
362 aa  228  1e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.370595  normal  0.102793 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2648  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  36 
 
 
383 aa  225  7e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000278082  normal  0.0916898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4042  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.24 
 
 
379 aa  225  9e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2394  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.36 
 
 
390 aa  223  3e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.7542  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4643  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.26 
 
 
421 aa  219  7e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3977  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.09 
 
 
398 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.618282 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4022  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.09 
 
 
398 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4083  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.09 
 
 
398 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.386649  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3915  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.09 
 
 
398 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0918  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.09 
 
 
398 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.908418  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3263  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.39 
 
 
378 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3561  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.52 
 
 
396 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1050  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.51 
 
 
381 aa  216  7e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.140519 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.81 
 
 
398 aa  215  9e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5455  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  36.54 
 
 
369 aa  214  9.999999999999999e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.262852  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0032  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.09 
 
 
375 aa  213  4.9999999999999996e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0038  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.81 
 
 
375 aa  211  2e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1717  putative racemase  39.31 
 
 
359 aa  210  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.640537  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2476  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.95 
 
 
398 aa  210  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0435  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.55 
 
 
383 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00387295  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1497  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  42.96 
 
 
351 aa  210  4e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.948555 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4686  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.56 
 
 
378 aa  206  5e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.455034  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4290  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.38 
 
 
385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0251584  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3336  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.41 
 
 
381 aa  196  5.000000000000001e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4708  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.24 
 
 
358 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5348  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.88 
 
 
396 aa  191  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.628473 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3136  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.98 
 
 
367 aa  189  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.207627 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0466  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.78 
 
 
377 aa  189  7e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5408  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
396 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00119776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2405  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.21 
 
 
374 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.44174  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4441  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.92 
 
 
366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0105953  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0822  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.43 
 
 
370 aa  184  2.0000000000000003e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2021  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  37.42 
 
 
362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4533  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.08 
 
 
384 aa  184  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00790465  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0135  putative mandelate racemase (MdlA)  31.44 
 
 
359 aa  176  8e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  29.75 
 
 
382 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.808237  normal  0.197598 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0787  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.35 
 
 
379 aa  167  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0540026 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.36 
 
 
388 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2580  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.45 
 
 
369 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5897  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.69 
 
 
382 aa  166  4e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.335458  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4981  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  34.27 
 
 
389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.713473  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0536  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.68 
 
 
364 aa  164  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.059524  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0845  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.42 
 
 
392 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0864  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.42 
 
 
373 aa  160  3e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4577  putative mandelate racemase/muconate lactonizing family protein  29.89 
 
 
360 aa  160  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.145361  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5180  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.81 
 
 
364 aa  160  4e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000039481  normal  0.486404 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0799  mandelate racemase  29.16 
 
 
361 aa  157  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934998  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2476  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.68 
 
 
378 aa  155  7e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0470  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.64 
 
 
367 aa  155  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5866  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.81 
 
 
389 aa  150  2e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0167811  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8215  phosphopyruvate hydratase  29.79 
 
 
431 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4982  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.29 
 
 
390 aa  150  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.601828  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0785  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.34 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.244096  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0947  mandelate racemase  34.34 
 
 
366 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.215309  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3195  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.9 
 
 
390 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1308  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.9 
 
 
384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.577493  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0773  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  34.34 
 
 
366 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7246  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.28 
 
 
380 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000177277  normal  0.41126 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.52 
 
 
381 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4435  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.31 
 
 
377 aa  146  7.0000000000000006e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0118641  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5071  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.83 
 
 
390 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435068  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3211  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.54 
 
 
390 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.514043  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3056  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.25 
 
 
390 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0809  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.87 
 
 
365 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5060  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.08 
 
 
402 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000000550231  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.21 
 
 
372 aa  144  3e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2836  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  27.88 
 
 
390 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.182529  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5506  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.83 
 
 
366 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.204068  normal  0.317961 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4521  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.89 
 
 
406 aa  143  4e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1285  putative mandelate racemase/muconate lactonizingenzyme  30.28 
 
 
382 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.974415  normal  0.444829 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0760  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.98 
 
 
435 aa  142  8e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2049  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.362051  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01550  predicted dehydratase  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.292633  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2062  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0579559  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01540  hypothetical protein  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1654  starvation-sensing protein RspA  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0315691  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1788  starvation-sensing protein RspA  28.42 
 
 
404 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.533189  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1619  starvation-sensing protein RspA  28.42 
 
 
404 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000210785  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5055  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  27.83 
 
 
390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.902489  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5805  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.83 
 
 
390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.598482  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2635  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.61 
 
 
404 aa  140  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0759429  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 
403 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4374  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.25 
 
 
390 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2117  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.29 
 
 
413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.457647  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1748  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  28.97 
 
 
438 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.98 
 
 
403 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1667  starvation sensing protein RspA  28.08 
 
 
404 aa  139  7.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.546434  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1012  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.25 
 
 
384 aa  139  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6386  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.33 
 
 
373 aa  139  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6459  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  26.97 
 
 
377 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0253922  hitchhiker  0.000000313702 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3074  hypothetical protein  26.13 
 
 
391 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.315148  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>