More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3945 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
264 aa  521  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.334886  normal  0.870267 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0306  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.95 
 
 
264 aa  451  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0887  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.37 
 
 
263 aa  436  1e-121  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.68 
 
 
264 aa  421  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.533361  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2522  ABC transporter, permease protein  76.14 
 
 
264 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2333  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  75.76 
 
 
264 aa  407  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.161709  normal  0.782854 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.82 
 
 
264 aa  378  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0748  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter inner membrane protein  71.21 
 
 
264 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.467059  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3539  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
264 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.447694  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5060  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.45 
 
 
264 aa  371  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.183233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
264 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186422  normal  0.676109 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4730  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
264 aa  370  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.293753  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.45 
 
 
264 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.628457 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.83 
 
 
264 aa  370  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.332864 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.97 
 
 
264 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6500  ABC transporter permease  72.9 
 
 
264 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537768  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.32 
 
 
264 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.381273  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.78 
 
 
265 aa  325  4.0000000000000003e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal  0.52762 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  59.85 
 
 
264 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1834  ABC transporter, permease protein  57.69 
 
 
269 aa  309  2.9999999999999997e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.632575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.47 
 
 
265 aa  294  9e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8304  ABC transporter  52.49 
 
 
265 aa  294  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0178234  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2705  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  53.23 
 
 
265 aa  280  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.628706  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.47 
 
 
265 aa  275  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00977235  normal  0.387076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.38 
 
 
268 aa  274  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.85 
 
 
270 aa  272  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.199847 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6002  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.37 
 
 
265 aa  255  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176391  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.23 
 
 
265 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  40.08 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
264 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1479  ABC transporter, permease protein  37.74 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0195961  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
263 aa  178  9e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
277 aa  175  7e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.715101  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
262 aa  167  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3230  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
272 aa  165  8e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0786  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2420  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  37.55 
 
 
281 aa  159  5e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.814446  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1236  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  36.99 
 
 
267 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.362839  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.62 
 
 
279 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0828593 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
275 aa  156  4e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
269 aa  155  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.46 
 
 
274 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4679  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
287 aa  153  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
268 aa  154  2e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.06 
 
 
282 aa  152  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.68 
 
 
275 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.06 
 
 
282 aa  151  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
282 aa  151  8e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  36.75 
 
 
266 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
272 aa  150  2e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
272 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.8 
 
 
269 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.98 
 
 
274 aa  149  4e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.12 
 
 
275 aa  149  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
262 aa  148  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.438917 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8169  ABC transporter membrane spanning protein  39.39 
 
 
260 aa  148  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.165008  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
275 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
269 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
268 aa  146  3e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
268 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
284 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.5 
 
 
279 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3236  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.1 
 
 
262 aa  145  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0387101  normal  0.554966 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
272 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7195  ABC transporter permease  34.94 
 
 
271 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
269 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
275 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
275 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.22 
 
 
264 aa  143  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.82 
 
 
268 aa  143  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.88 
 
 
271 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3518  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  42.22 
 
 
261 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336262  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  35.6 
 
 
258 aa  142  8e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
278 aa  141  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3163  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.610891  normal  0.0260594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0498  putative sperimidine/putrescine ABC transporter (permease protein)  37.29 
 
 
265 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.986757  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
596 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
591 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  32.73 
 
 
271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
279 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1465  spermidine/putrescine ABC transporter permease protein  29.88 
 
 
262 aa  140  3e-32  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7601  ABC transporter membrane spanning protein  35.74 
 
 
273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
267 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.68 
 
 
259 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
274 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.329946  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1647  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
262 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.29435 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1008  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  32.82 
 
 
273 aa  137  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.507644  normal  0.428884 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4689  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
276 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.363302  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.82 
 
 
259 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
606 aa  137  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.82 
 
 
259 aa  138  1e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.52 
 
 
275 aa  137  2e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  31.06 
 
 
282 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.79 
 
 
270 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.45 
 
 
284 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  39.72 
 
 
279 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.43 
 
 
272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3639  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
268 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.344703 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.19 
 
 
276 aa  135  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>