More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3346 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  669    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  43.96 
 
 		 302 aa  244  9.999999999999999e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 304 aa  205  9e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4168  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.399858 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4119  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  185  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.721357  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4046  putative transcriptional regulator  37.76 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6811  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.659925  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5866  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 298 aa  169  7e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5385  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.121363 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1221  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.301941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 305 aa  162  9e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 297 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5443  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 311 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.261718  normal  0.0544957 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 300 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 297 aa  158  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.54 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 314 aa  156  6e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  35.2 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.98 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 317 aa  154  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 317 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 305 aa  152  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1581  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1743  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1555  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.729092  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0521  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0832  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1353  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.24 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0634  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 325 aa  147  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0961605  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  33.89 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.24 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  34.24 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.24 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34.24 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  34.26 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  143  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 300 aa  143  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 297 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 297 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 293 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>