100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3151 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3151  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  100 
 
 		 196 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355427  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2172  cyclic nucleotide-binding protein  36.43 
 
 		 164 aa  82.8  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.547767  normal  0.101987 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2391  cyclic nucleotide-binding protein  31.62 
 
 		 164 aa  65.9  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3203  cyclic nucleotide-binding protein  30.4 
 
 		 165 aa  66.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3945  Crp/FNR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 240 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.0000374248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4620  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 237 aa  52  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4621  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.07 
 
 		 236 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4086  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.83 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0944516 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3025  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  23.67 
 
 		 179 aa  49.7  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339332  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4541  cyclic nucleotide-binding protein  28.97 
 
 		 426 aa  48.1  0.00009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1036  cyclic nucleotide-binding  23.81 
 
 		 245 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2437  cyclic nucleotide binding domain-containing protein  27.64 
 
 		 179 aa  46.2  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.719613  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  28.35 
 
 		 215 aa  45.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4082  cyclic nucleotide-binding  29.36 
 
 		 220 aa  46.2  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  46.2  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3749  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 228 aa  45.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.9168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2608  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 239 aa  45.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.700213  normal  0.0258786 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3827  cAMP-regulatory protein  25.41 
 
 		 210 aa  45.4  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0060  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 234 aa  45.4  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.237094  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 214 aa  45.4  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3367  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 230 aa  45.1  0.0006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3943  cAMP-regulatory protein  32.03 
 
 		 214 aa  45.1  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3331  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 258 aa  45.1  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3190  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000213612  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30628  predicted protein  26.83 
 
 		 1085 aa  45.1  0.0007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0369  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.0008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  22.95 
 
 		 211 aa  45.1  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03160  hypothetical protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0202429  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0293  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  43.9  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.160804  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0355  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0526852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4850  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 		 228 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.32 
 
 		 226 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3639  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269957 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2606  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  22.52 
 
 		 253 aa  44.3  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.193309  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4667  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00224827  normal  0.233908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2459  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 235 aa  44.3  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000341213 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3834  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.429858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3733  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3663  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.185514  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3737  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0176942 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0355  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000236327  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3663  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3771  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.275024  normal  0.523362 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3554  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03208  DNA-binding transcriptional dual regulator  24.59 
 
 		 210 aa  44.3  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0221065  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4410  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 225 aa  43.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.994375  normal  0.444525 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00075  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 231 aa  43.1  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1444  Crp/Fnr family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 236 aa  43.5  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.920255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0454  cAMP-regulatory protein  25.58 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.993891  normal  0.32004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0457  cAMP-regulatory protein  25.58 
 
 		 223 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89409  normal  0.110467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3035  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.55 
 
 		 224 aa  43.5  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.738115  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0424  cAMP-regulatory protein  25.58 
 
 		 214 aa  43.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.328198  normal  0.870698 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3784  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0916512  hitchhiker  0.00483948 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002279  cyclic AMP receptor protein  24.59 
 
 		 210 aa  43.1  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  25.89 
 
 		 211 aa  42.7  0.003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1465  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.342125  normal  0.439299 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2796  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 250 aa  42.7  0.003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4053  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 211 aa  43.1  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1785  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.62 
 
 		 225 aa  43.1  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0232074  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2492  response regulator receiver  21.9 
 
 		 352 aa  43.1  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0101485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0460  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 232 aa  42.4  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.884408 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0491  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 201 aa  42.7  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0132873  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2191  cAMP-regulatory protein  24.59 
 
 		 210 aa  42.4  0.004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0516  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.635671  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0611  hypothetical protein  26.19 
 
 		 738 aa  42.4  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3713  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  26.96 
 
 		 613 aa  42  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000235103  unclonable  0.0000000288509 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1598  hypothetical protein  28 
 
 		 407 aa  42.4  0.005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.303519  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3643  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 221 aa  42.4  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.621489  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2589  Crp/FNR family transcriptional regulator  30 
 
 		 235 aa  42  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0679634  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3652  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.27 
 
 		 153 aa  42  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.0096364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0248  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  42  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3702  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  42  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3945  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  42  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 226 aa  42.4  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0447  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 		 233 aa  42  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000251756 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.51 
 
 		 248 aa  42  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3198  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 231 aa  42  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1117  patatin  23.2 
 
 		 621 aa  42  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.142446 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0270  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.11 
 
 		 233 aa  42  0.006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.479827  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4277  Crp/FNR family transcriptional regulator  25 
 
 		 234 aa  42  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4580  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  42  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0550419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4032  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  41.6  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0236  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.21 
 
 		 179 aa  41.6  0.007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.754806 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3853  cAMP-regulatory protein  23.77 
 
 		 210 aa  41.6  0.008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3550  cAMP-regulatory protein  27.68 
 
 		 217 aa  41.2  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4779  cAMP-regulatory protein  27.13 
 
 		 214 aa  41.2  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.345439 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>