More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2948 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
142 aa  289  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  87.5 
 
 
144 aa  251  3e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  76.98 
 
 
142 aa  219  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  79.29 
 
 
141 aa  217  3.9999999999999997e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.57 
 
 
141 aa  207  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  71.13 
 
 
144 aa  205  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.57 
 
 
141 aa  204  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.57 
 
 
141 aa  204  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.99 
 
 
147 aa  191  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  68.38 
 
 
147 aa  181  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  65.44 
 
 
141 aa  175  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55 
 
 
143 aa  154  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  56.43 
 
 
143 aa  154  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  51.41 
 
 
143 aa  149  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.9 
 
 
142 aa  148  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.17 
 
 
142 aa  144  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
138 aa  139  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50 
 
 
140 aa  138  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.74 
 
 
137 aa  137  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.71 
 
 
141 aa  137  7e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  50.36 
 
 
138 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  46.32 
 
 
141 aa  126  8.000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.67 
 
 
149 aa  115  1.9999999999999998e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.04 
 
 
158 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.41 
 
 
140 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.09 
 
 
141 aa  97.1  8e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.23 
 
 
140 aa  90.5  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
140 aa  88.2  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  35.07 
 
 
143 aa  85.9  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  33.33 
 
 
154 aa  85.1  3e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.07 
 
 
140 aa  85.5  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.83 
 
 
140 aa  84.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.59 
 
 
137 aa  84  7e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.62 
 
 
145 aa  83.2  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
142 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.82 
 
 
132 aa  82.8  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.37 
 
 
142 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  34.62 
 
 
145 aa  83.2  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  32.59 
 
 
142 aa  80.5  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  33.09 
 
 
134 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
134 aa  79.7  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.81 
 
 
158 aa  79.3  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.06 
 
 
143 aa  77.4  0.00000000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.75 
 
 
141 aa  77.4  0.00000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  32.79 
 
 
146 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  32.79 
 
 
146 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
143 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  33.58 
 
 
143 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  34.15 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
138 aa  67.4  0.00000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.54 
 
 
158 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4650  TonB system transport protein ExbD  34.35 
 
 
145 aa  63.9  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.404384 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.45 
 
 
131 aa  63.5  0.0000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 
143 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  29.77 
 
 
143 aa  63.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.55 
 
 
149 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
135 aa  62.4  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.66 
 
 
137 aa  62.8  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1510  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.14 
 
 
144 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.43562  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0487  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
137 aa  61.2  0.000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.181601  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  27.91 
 
 
133 aa  61.2  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  25.74 
 
 
134 aa  60.8  0.000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2923  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.11 
 
 
144 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.986403 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
136 aa  60.5  0.000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.4 
 
 
136 aa  60.5  0.000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3116  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.58 
 
 
145 aa  60.5  0.000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.243499  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
135 aa  60.5  0.000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1433  TonB system transport protein ExbD  34.17 
 
 
145 aa  60.1  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.584969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.43 
 
 
159 aa  60.1  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.17 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0605408  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.11 
 
 
141 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  28.24 
 
 
143 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  30.71 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4210  TonB system transport protein ExbD type-1  29.23 
 
 
142 aa  58.9  0.00000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
151 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.87 
 
 
140 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  27.13 
 
 
135 aa  58.5  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0947  protein TolR  29.23 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.324869  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
158 aa  58.2  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.47 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3815  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.92 
 
 
144 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0446813  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  30.47 
 
 
142 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  28.26 
 
 
136 aa  57.8  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.54 
 
 
139 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0846  ExbD2-like biopolymer transport protein  25.78 
 
 
143 aa  57.4  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.424366  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
140 aa  57  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2417  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.58 
 
 
133 aa  57  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.978308  normal  0.103563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1899  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.46 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000511207 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  28.36 
 
 
136 aa  56.6  0.0000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000178844  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.42 
 
 
130 aa  56.2  0.0000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.203844  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
142 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.23 
 
 
136 aa  56.2  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
140 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>